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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-17 23:53:45 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-17 21:51
g09版本,机子物理内存怎么看?

开机自检的时候就显示了内存多大
linux下可以用top看,windows下可以进入 控制面板-系统 里面看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-18 16:52:53 | 只看该作者 Only view this author
请问,orca优化计算中采用OPT关键词优化出错,采用COPT关键词优化成功,请问OPT(using internal redundant coordinates)、COPT(Optimization in Cartesian coordinates)、ZOPT(Optimization in Z-matrix coordinates)所得结果有什么区别?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-18 17:24:30 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-3-18 16:52
请问,orca优化计算中采用OPT关键词优化出错,采用COPT关键词优化成功,请问OPT(using internal redundant ...

在不同坐标系休下优化,只要能收敛,结构就可以用
优化时不同坐标系的讨论见
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2016-3-18 18:22:31 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师。请问对于多数体系的优化、过渡态计算时,文献中B3lyp-d3为什么不如m06-2x和wb97xd用的广泛,B3lyp-d3哪些方面不如m06-2x和wb97xd,它们之间差距很大吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-18 18:50:51 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-3-18 18:22
谢谢老师。请问对于多数体系的优化、过渡态计算时,文献中B3lyp-d3为什么不如m06-2x和wb97xd用的广泛,B3ly ...

B3LYP-D3用得也很多,只不过D3是2010年出来的,比那两个都晚2年,而且D3可以用到各种泛函上,因此恰好用在B3LYP的没那么多。另外,M06-2X算热力学数据比B3LYP-D3更准,比B3LYP-D3在大多数问题上性能更好,而D3只是主要提升了B3LYP在弱相互作用计算上的性能而已。
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发表于 Post on 2016-3-18 19:33:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-18 18:50
B3LYP-D3用得也很多,只不过D3是2010年出来的,比那两个都晚2年,而且D3可以用到各种泛函上,因此恰好用 ...

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2016-3-18 21:20:48 | 只看该作者 Only view this author
各位量化前辈:
     好!能不能请教一个问题:图中的金属有单电子配体上也有单电子,该用什么方法基组优化?什么方法基组进行溶剂校正?

反应.PNG (14.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-19 00:01:13 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-18 21:20
各位量化前辈:
     好!能不能请教一个问题:图中的金属有单电子配体上也有单电子,该用什么方法基组优 ...

B3LYP或BP86,溶剂用SMD就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-3-19 02:35:07 | 只看该作者 Only view this author
1.请问做ts优化的时候,notrust和noeign这两个关键字在G09里面是默认的吗?还有maxcyc的默认值是多少?maxstep的默认值是3对吗?
2.体系中有Ti H O C ,请问用什么溶剂模型?

谢谢各位~

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发表于 Post on 2016-3-19 08:52:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-19 00:01
B3LYP或BP86,溶剂用SMD就可以

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-3-19 11:33:42 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob,
我尝试使用ORCA,照网上模板套的输入文件,但出现“ERROR: expect a '$', '!', '%', '*' or '[' in the input”错误,请教下在哪边改?

输入文件如下:

! RKS PBE0               # Restricted Kohn-Sham Method
! IGLOIII                # NMR recomended basis set
! TightSCF               # SCF threshold criteria
! PAL4                   # Number of CPU's

! Opt                    # Geometry Optimization Run

%method
Grid        4           # Lebedev 320 points (NMR recomended)
end

%output
Print [ P_Hirshfeld ] 1  # Hirshfeld Charge Population
Print [ P_Mayer ] 1      # Mayer Bond Orders
end


# Coordinate type     Charge  Multiplicity
* xyz -1 1
X                  1.05712400    0.39557800   -0.00001500
X                  0.70284900   -0.88317400   -0.00000700
X                 -0.62278400   -0.94134800    0.00002600
X                 -1.08771500    0.30147000   -0.00003500
X                 -0.04947300    1.12747500    0.00003100
*

%eprnmr ori IGLO   # alternative OwnNuc
        LocMet FB  # localization method for IGLO
                   # FB=Foster-Boys PM=Pipek-Mezey (default)
        Nuclei = all  { shift }
end

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-19 11:36:20 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-19 02:35
1.请问做ts优化的时候,notrust和noeign这两个关键字在G09里面是默认的吗?还有maxcyc的默认值是多少?maxs ...

不是默认
maxstep默认30
maxcyc正比于体系原子数

SMD就行
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发表于 Post on 2016-3-19 11:49:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-19 11:36
不是默认
maxstep默认30
maxcyc正比于体系原子数

PCM不可以吗?SMD和PCM有什么区别?两者分别适合什么体系呢?(IEFPCM是PCM吗?)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-19 12:08:46 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-3-19 11:49
PCM不可以吗?SMD和PCM有什么区别?两者分别适合什么体系呢?(IEFPCM是PCM吗?)

SMD里极性部分用的IEFPCM,高斯里PCM就等于IEFPCM,直接用PCM没有考虑非极性部分的贡献
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-19 12:21:31 | 只看该作者 Only view this author
alexwpch 发表于 2016-3-19 11:33
请教Sob,
我尝试使用ORCA,照网上模板套的输入文件,但出现“ERROR: expect a '$', '!', '%', '*' or '['  ...


些简单点,比如

! PBE0 def2-TZVP miniprint TightSCF pal4
* xyz 0 1
O     -0.85608288   -1.01834482    0.00010120
H     -0.26424410   -1.78398197   -0.00065022
C     -0.13310420    0.13803591   -0.00012441
O     -0.69812738    1.20058344    0.00000022
C      1.37492612   -0.04040301    0.00003941
H      1.69772059   -0.59766933    0.88656978
H      1.69795642   -0.60088306   -0.88436044
H      1.85131758    0.93882801   -0.00186044
*
%eprnmr
Nuclei = all  { shift }
end

目前版本没法用IGLO来算NMR。
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