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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-22 08:32:21 | 只看该作者 Only view this author
请问,用orca算过NBO后,用Multiwfn绘制轨道时,要用.47文件还是.gbw转molden文件?以及算过NBO的.gbw文件会对绘制HOMO-LUMO这样的MO轨道有影响吗?

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发表于 Post on 2016-3-22 13:00:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-20 18:15
加上nosymm看能否解决,不行的话把输入输出文件传上来

直接在输入文件里面关键词那一栏后面添上nosymm吗?

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发表于 Post on 2016-3-23 10:30:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
    您好!能不能请教您一个问题,用gview如何生成水的pdb文件,如果不能的话用什么软件可以生成水的pdb文件?

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发表于 Post on 2016-3-23 11:03:54 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在优化一个分子结构时总是失败,输入文件的关键词部分
%chk=123.chk
%mem=8000MB
%nprocshared=8
#p opt=(calcall,maxstep=3,notrust) freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water,smd) int=ultrafine symm=tight gfinput

还没算完,但是在优化过程中能量和力是这样的


请问用什么办法才可以避免震荡呢?

谢谢老师

无标题.png (78.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2016-3-23 11:25:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈宝 于 2016-3-23 15:17 编辑

Sob老师,我做了个类平面结构分子的ELF,得到图像如图,结构如图。请问ELF函数值在Co-Co中间区域不大,Co-Co的Mayer键级约等于1,键长是2.22,正好等于单键Co-Co的长度。这个ELF图可以说明其不存在Co-Co金属金属键么?我还做了MO图,可以看到HOMO-4有很明显的pi成键(98%由两个Co的dxz原子轨道组成)。那么ELF图和MO、键级、键长矛盾吗?

2.PNG (271.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

2.PNG

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粉色是Co,蓝色是N,灰色是Si

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发表于 Post on 2016-3-23 16:53:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我用Multiwfn做轨道成分分析来研究激发过程的跃迁,导入.molden文件后,我是分别用两种方法做的:(1)选择8进入轨道成分分析,选择3 SCPA方法,比如我想看第70个轨道,输入70,然后分别把所有的s,p,d加起来得到s=2.97%,p=5.63%,d=82.63%。(2)选择8进入轨道成分分析,输入-1进行定义碎片部分,我先找出所有s轨道对应的基函数,记下来,定义成一个碎片,然后输入q,输入6(也是SCPA方法),这时显示所有轨道的s成分,我找到第70个轨道,记下s的成分,p和d也是这么做的,发现这种方法做完s=8.34%,p=23.56%,d=99.93%,后者明显是错的,不知道这是为什么?还是自己哪个步骤出了问题?希望老师指点一二,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-23 23:36:42 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-23 10:30
sob老师:
    您好!能不能请教您一个问题,用gview如何生成水的pdb文件,如果不能的话用什么软件可以生 ...

gview里画个水,保存文件时候选pdb格式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-23 23:37:48 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-3-22 13:00
直接在输入文件里面关键词那一栏后面添上nosymm吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-23 23:39:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-3-22 08:32
请问,用orca算过NBO后,用Multiwfn绘制轨道时,要用.47文件还是.gbw转molden文件?以及算过NBO的.gbw文件 ...

.nbo文件改名成gbw后转molden,或者用.47在GENNBO里生成NBO plot文件后再用Multiwfn作图。
对储存MO的gbw文件无影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-23 23:40:31 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-3-23 11:03
sob老师,我在优化一个分子结构时总是失败,输入文件的关键词部分
%chk=123.chk
%mem=8000MB

看轨迹,考察结构具体是怎么震荡的,以判断怎么处理好
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wdhzl1015 发表于 2016-3-23 16:53
sob老师您好!我用Multiwfn做轨道成分分析来研究激发过程的跃迁,导入.molden文件后,我是分别用两种方法做 ...

这说明你之后每次定义片段的时候没有把之前片段里的定义清空,所以累加上了。
PS:Multiwfn相关问题建议在波函数分析与Multiwfn专版里面发帖提问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-23 23:50:52 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2016-3-23 11:25
Sob老师,我做了个类平面结构分子的ELF,得到图像如图,结构如图。请问ELF函数值在Co-Co中间区域不大,Co-C ...

Co-Co中间是有金属键的,图上可以看出二者之间有一点ELF比周围区域高的情况。由于Co的半径比较大,所以Co-Co之间几遍有共价作用,图上看起来也比较淡、稀薄,这是正常的
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发表于 Post on 2016-3-24 07:56:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-23 23:50
Co-Co中间是有金属键的,图上可以看出二者之间有一点ELF比周围区域高的情况。由于Co的半径比较大,所以Co ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-3-24 10:24:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-23 23:48
这说明你之后每次定义片段的时候没有把之前片段里的定义清空,所以累加上了。
PS:Multiwfn相关问题建议 ...

恩,明白了,谢谢老师!非常感谢!

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发表于 Post on 2016-3-24 10:40:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-23 23:36
gview里画个水,保存文件时候选pdb格式

谢谢sob老师

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