简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

非柳暗花明

两个带电的分子的输入文件怎么写？比如 亚铁Fe2+ 和 过硫酸根S2O82-，能直接在GView中直接画吗？

498746012

sob老师：
   您好！能不能请教您两个问题：1.找到的过渡态有两个虚频，一个很大，是想要的振动模式，另一个小虚频是不想要的振动模式，如何消掉？我试了沿着小虚频的方向进行移动保存结构再找过渡态还是那两个虚频，这该怎么解决？2.进行oniom计算，报错如下:ONIOM: generating point  2 -- high level on model system.
ONIOM-PCM-X: Computing reaction field of high level on model system.
ONIOM-PCM-X: Generating real system cavity information for model system.
Standard basis: 6-311++G(d,p) (5D, 7F)
The combination of multiplicity 1 and    73 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in /bin/g09d01/l301.exe 我查看了一下model system加上link atom是偶数个电子，我觉得出错原因不在多重度上而是分层有问题，因为我在输出文件Ti_II_P_TS1_oniom.out中发现有
ONIOM: Cut between C /H     2 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H     3 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H     5 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H     6 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H     7 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H    16 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H    17 and Ti    1 factor= 0.798219 0.798219
ONIOM: Cut between C /H    27 and C    25 factor= 0.723886 0.723886
ONIOM: Cut between C /H    29 and C    24 factor= 0.723886 0.723886
ONIOM: Cut between C /H    30 and C    23 factor= 0.723886 0.723886
我觉得Ti上的link atom不对，所以才造成多重度问题，是不是把茂环也加入到model system中？

498746012

sob老师：
      您好！实在对不起我写错了。输出文件Ti_II_P_TS1_oniom.out应该为question2.out

renleibeth

请问如果用QST2寻找过渡态，反应物和生成物的结构要不要优化?章永凡的PPT上讲不能使用优化后的结构。但是我在网上看到有的人说要使用优化后的结构。

14xlliu

经常看到IAST,但是一直都不理解它是什么，怎么做出来的？是用软件算的吗？

dingniu2

请问sob老师，用orca，b3lyp计算体系几何结构和能量、波函数分析，体系含有Ca原子，对于这个体采用def2-SVP, def2-TZVP，SDD，Lanl2DZ这四个基组哪一个比较适合？
另外如果体系含有Fe或Au原子，选择哪一基组比较适合？

哈哈宝

sobereva 发表于 2016-3-23 23:50
Co-Co中间是有金属键的，图上可以看出二者之间有一点ELF比周围区域高的情况。由于Co的半径比较大，所以Co ...

Sob老师，，关于这个双金属中心分子我想追问几个问题，该体系电荷-1，自旋多重度设为2。
1. 我使用BP86/6-31G*+SDD(Co)，symm=loose 做了opt+freq，结果：C2h对称，且无虚频，键长为2.31，实验值为2.22。但是自旋污染较大，<s**2> = 2.1033；这样大的自旋污染，可以只分析alpha轨道么？如果不可以怎样能改善自旋污染？
2. 我尝试使用BP86/6-31G*+LanL2DZ(Co)或是M062X/6-31G*+SDD(Co)，自旋污染值更大（2.8左右），且出现虚频，但是，M062X/6-31G*+SDD(Co)计算的Co-Co键长和实验值更为接近是2.26。主要研究的是Co-Co成键，是否应该选择此时键长更接近实验值的方法继续分析？

三石草祭

管理员sob注：回复在楼下

最近在使用chemdraw和chemoffice软件，都是试用版的，求破解版的

liyuanhe211

本论坛一搜就有
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ighlight=chemoffice

raynor257

请问苯的紫外吸收B带的大概机理是什么？为什么用TDDFT计算模拟得不到B带的吸收？

niubaotian85

请问老师，用orca计算一含过渡金属体系，遇到几个问题：
1.使用赝势ECP时，选取def2-SD和SDD哪个比较好？
2.另外什么情况下选取ECP，什么情况下必需要采用ZORA/DHK？
3.对于弱相互作用体系，含有重金属是否还可以使用gcp矫正？
谢谢老师！！！

14xlliu

sobereva 发表于 2016-3-14 20:28
可以用MS

风飞

老师：您好！经常看到文献有人用化学硬度来衡量化学硬度，请问这个化学硬度大概多时可以说这种物质稳定呢？其次是计算化学硬度用的是绝热电离势和绝热电子亲和势吗？还是用的是垂直电离势和垂直电子亲和势？谢谢！

jlx_

Sob老师，primitive cell 与conventional cell有什么区别呢？

比如MS软件本身带的Cu的结构文件一般是conventional cell的fcc结构的，有的文章说先把这个结构转为primitive cell，看上去确实不同了（不像fcc了）。它们的区别在哪呢？

我搜了一下有人说：conventional cell指的是晶胞，较好地反映了晶体的对称性，但不是最小的晶体重复单元，fcc的如cu包含4个原子。primitive cell指的是原胞只包含1个原子，计算起来更加省时。

那conventional cell的超晶胞与primitive cell的超晶胞算一回事吗？

谢谢

icc-jly

liyuanhe211 发表于 2016-3-11 12:09
opt=cartesian

谢谢回复