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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 21:33:44 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2020-1-2 20:49
想寻找一个结构的最稳定构型,老师说用dmol3做分子模拟,请问各位大佬有相关经验吗?

用Dmol3是最差的选择,仔细看
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

用molclus做构象搜索免费方便灵活,是最佳选择,仔细看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-1-3 00:16:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,孤立原子的电子分布都是球对称的么,是否有电子分布的非0多极矩,还是说这个问题缺乏意义呢,有什么能说明这一点么。谢谢!

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发表于 Post on 2020-1-3 09:44:47 | 只看该作者 Only view this author

求助,计算小分子的pka

请问老师,如何计算小分子的pka和质子化状态?用了小分子拓扑构建软件,生成的结构自带一个电荷

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发表于 Post on 2020-1-3 09:57:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-2 19:01
原理上没有问题

谢谢!

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发表于 Post on 2020-1-3 09:57:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-2 18:48
这不是报错
出现这种提示通常是因为内存给得太小,而相对来说核数又给得太多,导致不得不自动降低并行线 ...

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-3 11:02:49 | 只看该作者 Only view this author
961106 发表于 2020-1-3 09:44
请问老师,如何计算小分子的pka和质子化状态?用了小分子拓扑构建软件,生成的结构自带一个电荷

公社论坛首页google框搜pka,有大把的讨论
有了pka和当前模拟条件的pH值,自然就知道是否该质子化了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-3 11:04:45 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-1-3 00:16
请问老师,孤立原子的电子分布都是球对称的么,是否有电子分布的非0多极矩,还是说这个问题缺乏意义呢,有 ...

从理论计算角度说,并非都是球对称的,看此文里关于球对称化的讨论
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

至于实际观测的,或者根据系综密度矩阵理论,是球对称的
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发表于 Post on 2020-1-3 11:17:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-3 11:04
从理论计算角度说,并非都是球对称的,看此文里关于球对称化的讨论
使用Multiwfn作电子密度差图
http:/ ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-1-3 15:08:54 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想用ORCA的ESD来计算氨基酸溶剂模型下的荧光光谱,但是加了水溶剂后对苯丙氨酸计算verytightopt,结果还是有一个小虚频。对其他无虚频的氨基酸计算时,因为ESD计算需要基态和激发态的hess文件,但是带有溶剂模型的激发态计算不能几何优化,计算结果有虚频,ESD算出了荧光光谱与实验也差别较大。所以想请问老师,我想要计算结果可靠的溶剂模型下的荧光光谱的话,该如何设计计算流程。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-3 18:01:50 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2020-1-3 15:08
老师您好,我想用ORCA的ESD来计算氨基酸溶剂模型下的荧光光谱,但是加了水溶剂后对苯丙氨酸计算verytightop ...

除非你的目的是考虑振动耦合,否则用ESD完全是自找麻烦
若要考虑振动耦合,用有TDDFT解析Hessian的Gaussian 16强得多
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发表于 Post on 2020-1-3 20:49:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mlzhao 于 2020-1-4 19:53 编辑

老师,这个吸附体系的吸附能是-110kJ/mol,但是在做ADCH charge发现这个汞的电荷转移量只有0.05,这个数值合理吗?我用的泛函和基组是B3LYP,def2tzvp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-3 22:58:26 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-1-3 20:49
老师,这个吸附体系的吸附能是-110kJ/mol,但是在做ADCH charge发现这个汞的电荷转移量只有0.05,这个数值 ...

没有什么不合理
吸附能的大小和电荷转移量也没直接关系
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发表于 Post on 2020-1-4 16:07:05 | 只看该作者 Only view this author
RHF ExtrapolateEP2(2/3,cc,DLPNO-CCSD(T)) TightSCF Conv
1、这种外推方法相当于CCSD(T)结合什么基组的水平?
2、能不能用于大体系,如100个主簇原子的体系?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-4 17:57:27 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2020-1-4 16:07
RHF ExtrapolateEP2(2/3,cc,DLPNO-CCSD(T)) TightSCF Conv
1、这种外推方法相当于CCSD(T)结合什么基组的水 ...

CCSD(T)/cc-pVQZ
不能
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发表于 Post on 2020-1-4 20:50:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-4 17:57
CCSD(T)/cc-pVQZ
不能

谢谢社长!

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