简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

yyf · 发表于 Post on 2020-1-4 20:52:04

sobereva 发表于 2020-1-3 18:01
除非你的目的是考虑振动耦合，否则用ESD完全是自找麻烦
若要考虑振动耦合，用有TDDFT解析Hessian的Gauss ...

谢谢老师的回复，我想再请问一下，我用ORCA算激发态出的结果，用Multiwfn模拟激发光谱，写nroot=5，在紫外光谱这里的显示。
（1）如果我要模拟荧光光谱，我是该选择第一个数据，还是选Osci1.str.强度最大的那个数据呢？
（2）这里的index1-5，是指第几激发态，还是其他的意思。

YanLiu · 发表于 Post on 2020-1-4 21:10:04

老师好，想问一下您，KiSThelP 中所说的‘’ a hindered rotor approach has been implemented in KiSThelP (HRDS treatment)‘’，是不是就是对于1-D hindered rotor的处理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-5 10:47:32

YanLiu 发表于 2020-1-4 21:10
老师好，想问一下您，KiSThelP 中所说的‘’ a hindered rotor approach has been implemented in KiSThelP ...

是

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-5 10:51:45

yyf 发表于 2020-1-4 20:52
谢谢老师的回复，我想再请问一下，我用ORCA算激发态出的结果，用Multiwfn模拟激发光谱，写nroot=5，在紫 ...

Multiwfn绘制光谱的界面里没法直接选择绘制哪个跃迁。怎么绘制荧光光谱此文里有说
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
假设满足kasha规则的情况，你把2~5的振子强度在Multiwfn绘制光谱界面里设为0，然后照常绘制UV-Vis光谱，对应的就是荧光光谱

961106 · 发表于 Post on 2020-1-5 10:56:16

sobereva 发表于 2020-1-3 11:02
公社论坛首页google框搜pka，有大把的讨论
有了pka和当前模拟条件的pH值，自然就知道是否该质子化了

谢谢老师

YanLiu · 发表于 Post on 2020-1-5 21:59:03

老师好，使用KiSThelP计算1-D hindered rotor处理方式下的反应速率及热力学量时，需要计算转动能垒。计算转动能垒时，直接采用柔性扫描对应的二面角的策略是否合理？计算的级别应该和freq任务的级别相同还是和计算EE的级别相同？或者是越准确越好？

YanLiu · 发表于 Post on 2020-1-6 09:57:56

本帖最后由 YanLiu 于 2020-1-6 10:05 编辑

老师好，再加一个问题，如果内部扭转是和多个振动模式耦合在一起的，即分子内部某个二面角发生扭转时，会有其他的诸如二面角扭转、某个角的剪切等运动的时候，应该如何考虑？比如这个分子的振动，应该处理哪个低频下的扭转呢？

yyf · 发表于 Post on 2020-1-6 10:07:14

sobereva 发表于 2020-1-5 10:51
Multiwfn绘制光谱的界面里没法直接选择绘制哪个跃迁。怎么绘制荧光光谱此文里有说
使用Multiwfn绘制红外 ...

谢谢老师

ad890 · 发表于 Post on 2020-1-6 20:16:17

如图，我算了个过渡态，从振动模式上来看是正确的，但是跑IRC的时候怎么弄都只有3个点，是不是能够说明我这个过渡态结构有问题？
优化过渡态命令是：opt=(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj；算IRC时候命令是： IRC=(calcall,stepsize=5,maxpoints=200, LQA) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj；

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-1-6 20:28:24

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

elvisng · 发表于 Post on 2020-1-6 21:07:03

要看輸出檔案是什麼原因3個點就停止了。單純看圖, 我的猜測是 stepsize 太小, 所以到下一個 step 時能量變化太小, 系統判定已經到了 stationary point 所以停止了。如果是這種情況, 可以嘗試加大 stepsize。詳細還是要看輸出文件怎麼寫。

陈小北 · 发表于 Post on 2020-1-6 21:27:33

Sob老师好

我现在在用TDDFT方法计算激发态质子转移，但是质子转移之后的体系的做优化光谱一直对不上，换了几个泛函算，效果都不理想，我想问一下您调整初猜结构和换泛函哪一种方式对激发态产生的光谱的影响更大呢？

以及什么样的泛函会对激发态光谱产生怎样的影响呢？

谢谢您

xxu若白 · 发表于 Post on 2020-1-7 16:13:01

老师好
请教一下关于不同金属离子与四肽螯合的问题，有两个想法，不知道可不可行。
1.先对四肽进行构象搜索，选择能量较低的构象放到Gaussian里优化，然后手动加上金属离子，优化后再计算能量，通过比较能量大小来判断螯合能力。
2.能不能将金属离子作为配体，四肽作为受体进行分子对接，来寻找可能的结合模式？如果能，有哪些对接软件推荐使用？

函数与激情 · 发表于 Post on 2020-1-7 17:07:36

Sob老师您好，我在turbomole手册中看到如下一句话：RI-MP2: We strongly recommend the use of auxiliary basis sets optimized for the corresponding (MO) basis sets.请问auxiliary basis sets是什么啊？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 17:54:36

函数与激情发表于 2020-1-7 17:07
Sob老师您好，我在turbomole手册中看到如下一句话：RI-MP2: We strongly recommend the use of auxiliary b ...

看这里对RI、辅助基组的介绍

大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

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