计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10396#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-7 17:55:45 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2020-1-6 21:27
Sob老师好

我现在在用TDDFT方法计算激发态质子转移,但是质子转移之后的体系的做优化光谱一直对不上,换 ...

这是两个独立的问题,既要泛函合适,初猜结构也得合适。通常PBE0-D3(BJ)对这类问题就表现不错,如果明显和已知情况不符,考虑其它因素是否考虑周到,诸如溶剂模型等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10397#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-7 18:10:35 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-1-7 16:13
老师好
请教一下关于不同金属离子与四肽螯合的问题,有两个想法,不知道可不可行。
1.先对四肽进行构象搜 ...

1 四肽孤立状态下能量较低的构象未必是螯合后能量低的构象,这样没什么意义

2 这不是分子对接范畴的事

建议你用xtb跑分子动力学,然后再结合molclus进行批量优化、筛选,找出能量最低复合物结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10398#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-7 18:12:28 | 只看该作者 Only view this author
ad890 发表于 2020-1-6 20:16
如图,我算了个过渡态,从振动模式上来看是正确的,但是跑IRC的时候怎么弄都只有3个点,是不是能够说明我这 ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

老生常谈问题建议发帖前先用首页google框搜索
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10399#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-7 18:14:06 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-1-6 09:57
老师好,再加一个问题,如果内部扭转是和多个振动模式耦合在一起的,即分子内部某个二面角发生扭转时,会有 ...

之前回复里说了,直接用Gaussian的hinderedroter功能,算考虑受阻转子的配分函数后代入我的excel表格直接算k,甭用kisthelp的这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

430

eV
积分
435

Level 3 能力者

10400#
发表于 Post on 2020-1-7 18:38:05 | 只看该作者 Only view this author

IRC计算正常结束,但曲线有问题

本帖最后由 675543414 于 2020-1-7 18:41 编辑

1:各位老师好,我寻找到过渡态后(#p b3lyp/6-311G** em=GD3BJ scrf(SMD,solvent=DMSO) opt=(calcfc,ts,noeigen) freq nosymm scf=xqc)
之后跑IRC(#p irc=calcfc b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(smd,solvent=dmso) nosymm em=gd3bj scf=xqc)出现如图情况 ,只跑一半就正常结束了。
最左边的点放大看如图 ,发现出现了一个能量略微升高的点,所以计算正常结束了。

所以接下来不知道如何处理这种情况。是我过渡态找的不准么?还是其他什么原因呢。

2:另外一个过渡态的IRC曲线的IRC Plot只显示一个点(但优化了21步,输出文件可以找到21个scf done能量,每个稍微下降一点点,大约0.002kcal左右),且结尾出现"Maximum number of corrector steps exceded."。然后我根据sob老师的帖子,换成 irc(calcfc,GS2),然后也是算几步就结束了,如图
这是什么原因呢?有什么解决办法嘛?而且我试过把步长增加到20,找过渡态用opt=tight,但结果还是和最初的结果一样,之后需要我怎么处理这个呢?
用的是gaussian 16 A.03版本

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10401#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-7 19:01:49 | 只看该作者 Only view this author
675543414 发表于 2020-1-7 18:38
1:各位老师好,我寻找到过渡态后(#p b3lyp/6-311G** em=GD3BJ scrf(SMD,solvent=DMSO) opt=(calcfc,ts,no ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
写得很详细,没有可补充的
对这个问题,应按照以下方式排查和尝试解决
(1)先确保初始结构是之前优化TS得到的结构,而且过渡态优化和走IRC都是在严格相同级别下进行的。
(2)提高过渡态定位精度。在找过渡态时候用tight,对于DFT再同时结合int=ultrafine(此时产生IRC也必须用int=ultrafine)。如果还不行,优化过渡态时用calcall(或者用诸如recalc=3)。
(3)如果反复尝试了(2)的方法还是不行,或者你不想尝试(2),毕竟会增加很多耗时,那也可以尝试增大IRC步长,比如20乃至30。由于步长大了,从上图红球的位置往左走的时候可能一下子就越过了TS,之后就能正常继续往左产生IRC了。不过步长大了容易导致HPC校正步不收敛、IRC不准确不平滑等问题,怎么考虑和处理前面已经说了。

另外,出现这种问题还有一种可能是在IRC任务中,基于自动初猜的波函数做SCF后收敛到的波函数与找过渡态任务最终得到的波函数不同,此时相当于IRC任务所在的势能面和过渡态搜索任务所在的势能面不同,这也会导致IRC异常,因为类似于违背了前述的走IRC的“任何影响势能面的设定必须严格相同”的这个前提。出现这种情况时,你会发现IRC任务第一次输出的SCF Done能量和找过渡态最后一步的SCF Done能量明显不同。为解决此问题,走IRC的时候可以用guess=read关键词,从优化过渡态的chk文件中读取最后的波函数,这样通常可以确保IRC任务所在的势能面和优化过渡态时相同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

374

帖子

2

威望

1543

eV
积分
1957

Level 5 (御坂)

10402#
发表于 Post on 2020-1-8 02:08:22 | 只看该作者 Only view this author
想问一下关于orca中双杂化泛函中mp2部分RI加速的写法
因为有些原因我要用DSD-PBEP86
于是我就照http://sobereva.com/490中关于RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP的写法
把PWPB95换成了DSD-PBEP86
运行之后却得到了警告说MP2部分没有RI话
WARNING: The global RI flag was set to true, but no RI approximation
         for the calculation of the MP2 correction was requested
改成RI-DSD-PBEP86后就没有这个问题了

翻了翻手册发现好像官方建议的写法是写RI-前缀来表示RI-MP2
想问一下老师,为啥PWPB95不需要加RI-来将MP2部分加速 而DSD-PBEP86则需要
PWPB95是不需要写RI-的特列么?
谢谢

219

帖子

0

威望

3678

eV
积分
3897

Level 5 (御坂)

10403#
发表于 Post on 2020-1-8 09:31:43 | 只看该作者 Only view this author
计算机配置16核,64G内存,进行DLPNO-CCSD(T)计算,体系约50个主簇元素原子,如何分配CPU和内存?是多核心少内存好,还是少核心多内存好?
谢谢!

541

帖子

3

威望

6618

eV
积分
7219

Level 6 (一方通行)

10404#
发表于 Post on 2020-1-8 11:36:54 | 只看该作者 Only view this author
社长,如何理解乙醇TD计算的fchk文件读取的轨道信息中有HOMO LUMO轨道占据数都还是2这个情况。不是有电子跃迁了吗?求指点 如果我就是想看到那种激发态电子的情况 怎么去研究?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

79

帖子

0

威望

1462

eV
积分
1541

Level 5 (御坂)

10405#
发表于 Post on 2020-1-8 16:20:32 | 只看该作者 Only view this author

构型优化

优化结束后发现后两项没有yes,想请问老师这又没有影响,算主客体结合能方面  

Item                                    Value     Threshold  Converged?
Maximum Force                  0.000013     0.000450           YES
RMS     Force                     0.000002     0.000300           YES
Maximum Displacement       0.016559     0.001800          NO
RMS     Displacement           0.002245     0.001200         NO
Predicted change in Energy=-1.567267D-06
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

10406#
发表于 Post on 2020-1-8 16:51:09 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我尝试用turbomole的cc2方法优化一个过渡金属的基态结构,第一圈的out文件输出中显示了MP2的能量,请问CC2与MP2有什么关系么
  1.    **************************************************************************
  2.    *                                                                        *   
  3.    *          OPTIMIZATION OF THE GROUND STATE CLUSTER AMPLITUDES           *   
  4.    *                                                                        *   
  5.    **************************************************************************
  6.      start CC2 from scratch because restart not enabled


  7.    Iter.   MP2 energy       Norm(Omega)    Norm(t1)  Norm(t2)     cpu    wall
  8.    ...........................................................................
  9.     1   -962.7082941891    0.2371789234     0.00000   0.62604    5.42    0.49
  10.    ...........................................................................
  11.      time in total         cpu:  5 min 27 s  wall:  0 min 30 s  ratio: 11.1


  12.               *****************************************************
  13.               *                                                   *   
  14.               *   RHF  energy           :   -959.0096190843       *   
  15.               *   correlation energy    :     -3.6986751048       *   
  16.               *                                                   *   
  17.               *   Final MP2 energy      :   -962.7082941891       *   
  18.               *   D1 diagnostic         :      0.0487             *   
  19.               *                                                   *   
  20.               *****************************************************



  21.    Iter.   CC2 energy       Norm(Omega)    Norm(t1)  Norm(t2)     cpu    wall
  22.    ...........................................................................
  23.     1   -962.7683793061    0.0606283090     0.17009   0.64285    6.69    0.61
  24.     2   -962.7855659579    0.0107120403     0.22761   0.64848    6.50    0.59
  25.     3   -962.7895801252    0.0024047771     0.24552   0.64998    6.52    0.59
  26.     4   -962.7894648737    0.0003764390     0.24635   0.64997    6.71    0.62
  27.     5   -962.7894733280    0.0000809919     0.24650   0.64998    6.93    0.63
  28.     6   -962.7894749317    0.0000202947     0.24650   0.64998    6.84    0.65
  29.     7   -962.7894742354    0.0000051662     0.24650   0.64998    6.74    0.62
  30.     8   -962.7894743559    0.0000012958     0.24650   0.64998    6.81    0.65
  31.     9   -962.7894743526    0.0000002481     0.24650   0.64998    6.80    0.63
  32.    ...........................................................................
  33.    CC equations converged in  9 iterations.

  34.    last energy change         :  0.33E-08
  35.    convergence threshold      :  0.10E-06
  36.    norm of the vector function:  0.25E-06
  37.    convergence threshold      :  0.10E-05

  38.      time in total         cpu:  1 h  0 min  wall:  0 h  5 min  ratio: 10.8


  39.      **********************************************************************
  40.      *                                                                    *
  41.      *   RHF  energy                             :   -959.0096190843      *
  42.      *   correlation energy                      :     -3.7798552683      *
  43.      *                                                                    *
  44.      *   Final CC2 energy                        :   -962.7894743526      *
  45.      *                                                                    *
  46.      *   D1 diagnostic                           :      0.0821            *
  47.      *                                                                    *
  48.      **********************************************************************


  49.       A SCF based gradient calculation with 4-index ERIs will be done.
  50.       Solution of CPHF equation will be preoptimized using RI-CPHF.
  51.       A "cbas" type auxiliary basis is used for RI-SCF and/or RI-CPHF.

  52.       The semi-canonical algorithm will be used for densities
复制代码
(汗)

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

10407#
发表于 Post on 2020-1-8 19:13:59 | 只看该作者 Only view this author
请问如何优化一个分子中的1[TT]呀?见下图

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10408#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-8 20:39:27 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2020-1-8 16:20
优化结束后发现后两项没有yes,想请问老师这又没有影响,算主客体结合能方面  

Item                    ...

以后发帖不要用“构型优化”这种严重违规标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

基本可以接受。
问问题时应当贴关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10409#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-8 20:39:54 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2020-1-8 19:13
请问如何优化一个分子中的1[TT]呀?见下图

没语境没法说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10410#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-8 20:40:24 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-1-8 16:51
Sob老师,我尝试用turbomole的cc2方法优化一个过渡金属的基态结构,第一圈的out文件输出中显示了MP2的能量 ...

用高阶后HF方法会顺带输出低阶后HF方法的结果
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 23:23 , Processed in 0.263271 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list