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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-11 15:44:59 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2020-1-11 07:44
请问对于小分子团簇体系,用什么程序可以跑非PBC得dft-md呢

ORCA

如果图快,用xtb亦可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-11 15:45:24 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2020-1-10 10:16
请问一下,对于实验方向的工作,使用理论计算作为支撑,如果在supporting information里面提供柔性扫描结果 ...

有个扫描结果就够了,没必要给每一帧的结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-11 15:46:27 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2020-1-10 22:45
能不能实现两个F原子以X原子为轴旋转呢?想了好久没想出来,谢谢各位了

看不懂你的意思,在图上标出来你想怎么旋转
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发表于 Post on 2020-1-11 16:16:16 | 只看该作者 Only view this author
哆啦A梦 发表于 2020-1-11 14:29
我计算的是纯硼体系,每次计算很容易出现这两个错误,向高手们求助一下

谢谢老师,我再看看

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发表于 Post on 2020-1-12 01:26:48 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian 09 D.01 error

I performed the optimization of 8 organometallic catalysts using different level of theory (B3LYP,wb97xd and M06-L). The optimization succeeded for a few catalysts, and the others failed to converge.

When i check the end of the output file to find out the kind of error i didn't understand it despite i did some research about the errors.
I hope you can help me understand those errors and fix it.


error3.jpg (378.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

error3.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-12 01:33:04 | 只看该作者 Only view this author
zako 发表于 2020-1-12 01:26
I performed the optimization of 8 organometallic catalysts using different level of theory (B3LYP,wb ...

This is a quite common error due to unconvergence of SCF iteration. See my blog article on how to solve it:
http://sobereva.com/61

As you can see, there are many possible solutions, you need to try one by one.
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发表于 Post on 2020-1-12 11:44:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian16支持AVX2,请问AVX2会不会导致CPU降频,最终导致计算速度还没有原来的AVX,SSE4.2的快?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-12 14:43:32 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-12 11:44
请问老师,gaussian16支持AVX2,请问AVX2会不会导致CPU降频,最终导致计算速度还没有原来的AVX,SSE4.2的快 ...

不用考虑这个
反正我用G16 A.03的AVX2版明显比AVX版要快
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发表于 Post on 2020-1-12 17:13:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-11 15:44
ORCA

如果图快,用xtb亦可

谢谢sob老师。还请问一下,如果量化做出来的结果是,化学键键能大,但是共价成分和电子离域贡献又比较小,那么分析什么特性能够得知强化学键键能的来源。

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发表于 Post on 2020-1-12 22:44:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-12 14:43
不用考虑这个
反正我用G16 A.03的AVX2版明显比AVX版要快

谢谢老师。还有一个问题请教,我计算一个铱Ir原子掺杂的富勒烯体系,算出来二重态稳定,可这时我要算Ir原子与富勒烯的结合强度,用吸附能。但Ir原子能量最低状态是四重态,不是二重态。请问老师这时算吸附能用Ir的四重态能量还是二重态能量呢?

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发表于 Post on 2020-1-13 15:30:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,感谢您之前的回答。
还是四肽与金属离子螯合的问题,您建议用xtb跑分子动力学,然后再结合molclus进行批量优化、筛选,找出能量最低复合物结构。
因为不知道金属离子与四肽螯合的位置,跑动力学时,金属离子该如何处理?

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发表于 Post on 2020-1-13 20:34:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,这个过渡态一直优化不出来,老师看一下方法有没有问题?优化过程哪里出问题了?

TS.gjf

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终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-13 20:39:37 | 只看该作者 Only view this author
xxu若白 发表于 2020-1-13 15:30
sob老师,感谢您之前的回答。
还是四肽与金属离子螯合的问题,您建议用xtb跑分子动力学,然后再结合molclu ...

不需要任何特殊的处理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-13 20:41:21 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-1-13 20:34
sob老师,这个过渡态一直优化不出来,老师看一下方法有没有问题?优化过程哪里出问题了?

信息不充分,没法说,输出文件也没有
关键词本身没什么问题,如果优化飞了,8成是初猜结构不理想,如果震荡之类的,仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-13 20:43:06 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2020-1-12 17:13
谢谢sob老师。还请问一下,如果量化做出来的结果是,化学键键能大,但是共价成分和电子离域贡献又比较小 ...

俩原子间的化学键一般不说“电子离域”

另外,键能也并非衡量键强度的绝对客观的标准,看比如
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364http://bbs.keinsci.com/thread-5175-1-1.html
以及其中提到的文章
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