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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-13 20:45:10 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-12 22:44
谢谢老师。还有一个问题请教,我计算一个铱Ir原子掺杂的富勒烯体系,算出来二重态稳定,可这时我要算Ir原 ...

从完整过程来看(包含了其中出现的自旋翻转过程),Ir的四重态应当作为始端
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-1-13 22:44:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问我做计算的时候一直语法报错,不明白这个问题出在哪里?高斯版本是G09D01
%chk=H.chk
%nprocshared=16
Will use up to   16 processors via shared memory.
%mem=8GB
-------------------------
# opt M06-2x-D3/6-311+G**
-------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt M06-2x-D3/6-311+G**
           '
Last state= "GCL"
TCursr=      3523 LCursr=        10

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发表于 Post on 2020-1-13 23:15:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2020-1-13 23:17 编辑
sobereva 发表于 2020-1-13 20:41
信息不充分,没法说,输出文件也没有
关键词本身没什么问题,如果优化飞了,8成是初猜结构不理想,如果 ...

老师,优化结果已压缩上传,优化过渡态11个小时,觉得时间太长,能否缩短时间在5小时内?

TS.rar

2.12 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

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发表于 Post on 2020-1-14 07:52:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-13 20:43
俩原子间的化学键一般不说“电子离域”

另外,键能也并非衡量键强度的绝对客观的标准,看比如

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2020-1-14 10:13:06 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2020-1-13 22:44
sob老师,请问我做计算的时候一直语法报错,不明白这个问题出在哪里?高斯版本是G09D01
%chk=H.chk
%np ...

看一下说明书dft那节,Gaussian里面不是这么写的。M06-2X写作M062X,0阻尼的D3色散校正额外写关键词EmpiricalDispersion=GD3,可以适当缩写。另外G09对Minnisota系列泛函一般建议加上Integral=UltrafineGrid提高积分格点精度。最后希望你的G09版本不是太早。

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发表于 Post on 2020-1-14 15:51:50 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-1-14 10:13
看一下说明书dft那节,Gaussian里面不是这么写的。M06-2X写作M062X,0阻尼的D3色散校正额外写关键词Empir ...

嗯嗯,试了下可以运行了,非常感谢

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发表于 Post on 2020-1-14 16:52:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2020-1-14 19:49 编辑

卢老师 我在进行几何优化的时候出现了这个L502报错 Inv3 failed in PCMMkU 我根据帖子 http://bbs.keinsci.com/thread-6682-1-1.html 中的做法把关键词改成了
scrf=(smd,solvent=heptane,read) surface=sas解决Gaussian几何优化报错

1. 请问我之后再进行溶剂环境下自由能的计算的时候 当用SMD模型 M05-2X/6-31G*级别进行计算时 需不需要也加上surface=sas?
2. 请问老师 我在进行过渡态搜索的时候 如果出现同样报错 也需要加上surface=sas吗?
3. 在计算自由能时 surface=sas得到的几何优化结构可以直接用吗?需要在文章中特别注明吗?
4. 还有想请教一下社长 用surface=sas还有什么需要注意的地方?

谢谢卢老师

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发表于 Post on 2020-1-14 17:13:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-13 20:45
从完整过程来看(包含了其中出现的自旋翻转过程),Ir的四重态应当作为始端

谢谢老师,也就是吸附能为E(doublet-Ir-C60)-E(quartet-Ir)-E(singlet-C60),老师,这个公式虽然用的都是各自的基态,但三个能量的自旋态都不相同,这样算会不会有什么问题?以前没接触过自旋态不同的物质能量相减。

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发表于 Post on 2020-1-14 21:25:11 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 还有一个问题想请教一下
1.对于过渡态的搜索 在不考虑显示溶剂分子对反应的影响的前提下 用不同SMD溶剂(比如水和乙醇)模型计算出的过渡态会有很大差异吗?
2.我计算同一个反应在不同溶剂条件下的反应自由能能垒 去说明在不同溶剂条件下反应的难易程度并和实验结果作比较 这种思路是可以接受的吗
谢谢卢老师

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发表于 Post on 2020-1-14 22:43:10 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,文献中自旋布居单位用cps是什么意思,这么表示对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-14 23:48:43 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-1-14 22:43
请问老师,文献中自旋布居单位用cps是什么意思,这么表示对吗?

没听说过cps
单位就写a.u.就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-14 23:49:09 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-14 17:13
谢谢老师,也就是吸附能为E(doublet-Ir-C60)-E(quartet-Ir)-E(singlet-C60),老师,这个公式虽然用 ...

没有问题。但计算结合能的时候最好说清楚每个物质的自旋多重度,并且说明自旋翻转造成的能量变化已经体现在里面了
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土拔鼠 发表于 2020-1-14 21:25
卢老师您好 还有一个问题想请教一下
1.对于过渡态的搜索 在不考虑显示溶剂分子对反应的影响的前提下 用不 ...

1 溶剂的介电常数相差大的话,对某些反应可能严重影响过渡态结构
2 对于溶剂分子不直接参与反应,只作为外环境效应的情形,可以说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-14 23:55:21 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-1-13 23:15
老师,优化结果已压缩上传,优化过渡态11个小时,觉得时间太长,能否缩短时间在5小时内?

你的这个优化从50步就已经明显看出继续跑下去完全没希望,早该停了
当前涉及到氢转移,氢的地位很高,应当至少改用6-31G**
用SMD溶剂模型有时造成不容易收敛,把smd去掉,改成默认的IEFPCM。实际上二氯甲烷极性很低,不考虑溶剂模型都没什么关系。
如果还难收敛,按照我前面回复的加上帮助收敛的关键词
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-14 23:56:07 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-1-14 16:52
卢老师 我在进行几何优化的时候出现了这个L502报错 Inv3 failed in PCMMkU 我根据帖子 http://bbs.keinsci. ...

1 不需要
2 可
3 可。不用注明
4 没
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