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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-1-26 22:34:31 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 还有一个问题想请教您 我研究的反应是一个两步基元反应 从底物到产物涉及两个过渡态一个中间体 目前找到了TS1

我想问一下 1. 第一步基元反应生成的产物如果不参与第二步的基元反应 那我在计算M1的自由能时 我是否应该连着第一步的产物一起计算?
2. 第二步反应需要水参与反应 那在第一步找TS1的时候我否应该提前吧水分子加进去 还是在M1的时候加?

谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-27 02:22:20 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-1-26 21:35
卢老师您好 我最近遇到了一个问题一直没有解决想请教一下您 我在进行寻找过渡态TS任务进行L1002的时候 总会 ...

没输出文件没法判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-27 02:25:16 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-1-26 22:34
卢老师 还有一个问题想请教您 我研究的反应是一个两步基元反应 从底物到产物涉及两个过渡态一个中间体 目前 ...

1 和底物求差的时候带着那个中间产物,和第二步的TS、最终产物之间求差的时候不带着那个中间产物
2 第二步基元反应再考虑
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发表于 Post on 2020-1-28 18:09:32 | 只看该作者 Only view this author
ricc2可以用到中等体系的激发态优化上。别的软件里有可用于60个原子以上体系几何优化的耦合簇方法么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-29 01:06:01 | 只看该作者 Only view this author
shalene 发表于 2020-1-28 18:09
ricc2可以用到中等体系的激发态优化上。别的软件里有可用于60个原子以上体系几何优化的耦合簇方法么?

没有
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发表于 Post on 2020-1-30 23:09:07 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问grimme的xtb程序可以优化激发态吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-1 02:16:00 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-1-30 23:09
Sob老师,请问grimme的xtb程序可以优化激发态吗?

不能
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发表于 Post on 2020-2-1 21:34:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CharlesGe 于 2020-2-3 16:18 编辑

谢谢老师的回答,请管理员删除该帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-3 04:54:03 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2020-2-1 21:34
我在算几个分子的binding energy的时候涉及了不同的重原子的能量计算(每个分子中涉及一个重原子,用公式E( ...

你用的公式毫无问题
审稿人缺乏理论计算常识瞎问,表述得语义不明

另外,binding energy这个词不适合当前语境,应当叫atomization energy,因为是打散成一个个原子,而不是分裂为两个片段
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发表于 Post on 2020-2-3 21:16:29 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,一个gaussian 09计算,方法B3LYP/6-31G*/SDD,得到的fchk文件读Mulilken原子电荷时,gaussian计算的数值在小数点第二位与Multiwfn有差别,请问为什么?哪个准一点?

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发表于 Post on 2020-2-3 23:49:25 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想问一下。已知反应速率常数,求其逆反应速率常数时,需要计算出ΔG,这里的ΔG是指反产物的包含电子能量的自由能减去反应物的包含电子能量的自由能吗?还是说计算时不应该加上电子能量?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-4 10:02:51 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-2-3 21:16
请问老师,一个gaussian 09计算,方法B3LYP/6-31G*/SDD,得到的fchk文件读Mulilken原子电荷时,gaussian计 ...

结果应当精确一样。不一样的话肯定是那里搞错了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-4 10:04:10 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-2-3 23:49
老师好,想问一下。已知反应速率常数,求其逆反应速率常数时,需要计算出ΔG,这里的ΔG是指反产物的包含电 ...

仔细看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
文中计算k的做法对于正向反应和逆向反应都一样用
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发表于 Post on 2020-2-4 11:08:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-4 10:04
仔细看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506(http://bbs.keinsci.com/thre ...

谢谢老师,问题已经解决。还有一个问题想请教您,当计算平衡常数K时,需要计算反应物和产物自由能的差值,这里的自由能差值也是包含电子能量在内的差值吗?(如,用CBS-QB3方法中输出的EE+Thermal free energy correction项进行计算)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-6 02:48:18 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-2-4 11:08
谢谢老师,问题已经解决。还有一个问题想请教您,当计算平衡常数K时,需要计算反应物和产物自由能的差值 ...

你对热力学组合方法的输出理解得大错特错
热力学组合方法必须直接从末尾读热力学量
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