计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

430

eV
积分
435

Level 3 能力者

10456#
发表于 Post on 2020-1-15 15:54:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-7 19:01
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1 ...

感谢sob老师的回复,根据帖子我对反应的过渡态又进行了探索(苯基自由基和烯烃反应),目前的结果如下:
1,无论是在真空下还是在溶剂下,找到的过渡态振动方式都对,其中真空下跑出的IRC只有一半(成键方向的)是正确的,另外一般刚开始就任务就正常停止了。而溶剂下的无法跑出类似的IRC曲线,但我分开跑时,在调大stepsize后,也只有成键方向时正确的(虽然不是特别平坦。)
于是,我对过渡态进行了柔性扫描,得到的图如下   其中最低点时已经成键了,过渡态的键长在2.6埃左右。
所以我想请问老师,我找到的这个共振方式是否是正确的过渡态?而且我根据该过渡态去计算能垒,发现只有1kcal左右,请问这个数据能放到文章中吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10457#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-15 23:45:43 | 只看该作者 Only view this author
675543414 发表于 2020-1-15 15:54
感谢sob老师的回复,根据帖子我对反应的过渡态又进行了探索(苯基自由基和烯烃反应),目前的结果如下:
...

势垒这么低的情况,是否真正存在这个过渡态不容易打包票,和用的计算级别关系很密切
如果在IRC难以跑成功的情况下想证明在当前级别的势能面下过渡态确实存在,可以按照虚频模式微调结构,然后用较小的步长上限做几何优化,如果能优化到期望的结构去就算对了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

10458#
发表于 Post on 2020-1-16 17:14:09 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 我想请教一下 我想精确计算蛋白内某一位氨基酸在对应溶剂环境下的pka 我之前分别用Propka和H++分别进行预测 发现和实验差距比较大 因为存在氨基酸的相互作用 那是否可以使用簇模型进行计算 选取目标氨基酸周围的氨基酸 固定Cα 饱和处理氨基酸的CN端?

谢谢卢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10459#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-17 02:41:04 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-1-16 17:14
卢老师您好 我想请教一下 我想精确计算蛋白内某一位氨基酸在对应溶剂环境下的pka 我之前分别用Propka和H++ ...

PROPKA本来就已经考虑了残基间的相互作用对pKa的影响
这么用簇模型也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6206

eV
积分
6765

Level 6 (一方通行)

10460#
发表于 Post on 2020-1-17 15:54:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian09用b3lyp/方法,基组主族6-31G(d,p),过渡金属 SDD,计算Pt掺杂C60对O2的吸附,考虑其间的电子转移情况,请问老师,Mulliken,NPA,Hirshfeld三种原子电荷对这这种情况选哪一个较好?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10461#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-18 16:47:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-17 15:54
请问老师,gaussian09用b3lyp/方法,基组主族6-31G(d,p),过渡金属 SDD,计算Pt掺杂C60对O2的吸附,考虑 ...

先尝试ADCH,如果有问题再改成Mulliken
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6206

eV
积分
6765

Level 6 (一方通行)

10462#
发表于 Post on 2020-1-18 19:39:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-18 16:47
先尝试ADCH,如果有问题再改成Mulliken

谢谢老师,文献类似体系用ADCH,Mulliken,Hirshfeld的都有,NPA少一些但也有,请问老师几个关于原子电荷计算两者的电子转移的问题:
(1)对于有过渡金属体系是否不适合NPA?
(2)首选ADCH,如有问题再选Mulliken,为什么没有选Hirshfeld?是因为Hirshfeld重在预测活性位点,对电子转移大小算不准吗?
(3)如果对于非过渡金属体系的电子转移计算,优先选择按顺序NPA>ADCH>Mulliken>Hirshfeld,请问这个顺序合理吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10463#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-18 19:48:55 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-18 19:39
谢谢老师,文献类似体系用ADCH,Mulliken,Hirshfeld的都有,NPA少一些但也有,请问老师几个关于原子电荷 ...

1 NPA也不是不可以,但是对于某些过渡金属配合物,诸如二茂铁,有的版本NBO得出的NPA明显有问题。
2 如《原子电荷计算方法的对比》一文所示,Hirshfeld的原子电荷数量级偏小,有可能低估转移量
3 NPA并非总是首选,地位绝对没这么高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6206

eV
积分
6765

Level 6 (一方通行)

10464#
发表于 Post on 2020-1-18 21:55:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-18 19:48
1 NPA也不是不可以,但是对于某些过渡金属配合物,诸如二茂铁,有的版本NBO得出的NPA明显有问题。
2 如 ...

多谢老师!

71

帖子

0

威望

1782

eV
积分
1853

Level 5 (御坂)

10465#
发表于 Post on 2020-1-19 23:33:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 朙天儿 于 2020-1-20 13:46 编辑

请问社长,虚拟机容量这种情况了,怎么解决比较好...


--------------------
PS:知道了。。我看花眼了。。。

aaya.png (33.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

aaya.png

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

10466#
发表于 Post on 2020-1-20 21:42:40 | 只看该作者 Only view this author
CCSD(T)校正完过渡态能量比中间体的能量低,为什么会出现这种情况?是不是这种能量校正不适合CCSD(T)的方法。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10467#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-21 00:34:49 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2020-1-20 21:42
CCSD(T)校正完过渡态能量比中间体的能量低,为什么会出现这种情况?是不是这种能量校正不适合CCSD(T)的方法 ...

这不叫“校正”,而是对比高精度单点
如果用便宜级别,过渡态电子能量比相邻的极小点高,而CCSD(T)下反过来,说明之前优化用的级别精度不足以正确描述当前情况的势能面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

10468#
发表于 Post on 2020-1-26 14:40:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师新年好呀!最近在拜读您的xtb程序接口高斯软件优化的帖子(http://sobereva.com/421),我想研究下数据提取的fortran源码,无奈fortran小白,代码有点不明白请教下,请问下面的while循环中c80指代是什么呢?还有最后一行的0D0是什么意思呀?
  1. if (alive==.false.) then
  2.     write(*,*) "Error: xtbout is not existed in current folder!"
  3.     stop
  4. end if
  5. open(10,file="xtbout",status="old")

  6. do while(.true.)
  7.     read(10,"(a)") c80
  8.     if (index(c80,"total energy")/=0) exit
  9. end do
  10. close(10)
  11. read(c80,"(30x,f24.12)") ene
  12. write(11,"(4D20.12)") ene,0D0,0D0,0D0
复制代码

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10469#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-26 18:55:38 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-1-26 14:40
Sob老师新年好呀!最近在拜读您的xtb程序接口高斯软件优化的帖子(http://sobereva.com/421),我想研究下 ...

就是0,只不过这是明确以双精度浮点数的方式去写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

10470#
发表于 Post on 2020-1-26 21:35:20 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 我最近遇到了一个问题一直没有解决想请教一下您 我在进行寻找过渡态TS任务进行L1002的时候 总会遇到 hangup这个报错
我搜索了论坛里的帖子 我更改了机器的Default.Route里内存和核数 并且按照您的建议更换了另一台电脑 但依然出现了同样的错误
我的关键词是#p opt=(calcfc,ts,noeigen,loose,cartesian) freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=heptane) em=gd3bj 结尾加上surface=sas
我使用nohup &提交的任务
想请教一下您 我还可以调节什么去做尝试 谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 23:19 , Processed in 0.213022 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list