简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-2-7 21:07:24

本帖最后由 dingniu2 于 2020-2-7 21:34 编辑

请问老师，已经会用Multiwfn+VMD画自旋密度等值面填色图，最近重复一篇文献，是用gview画的，用gview时有三个问题还是拿不准：
（1）如果用gview生成cube时是选择total density还是spin density？
（2）上一步用gview生成cube后mapped surfaces时是选择total density还是spin density？（3）静电势通常要映射到分子表面考察，密度差通常不需映射到其它表面直接考察就行，请问老师自旋密度通常是映射到特定表面考察，还是不用映射直接考察呢？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-8 00:20:50

dingniu2 发表于 2020-2-7 21:07
请问老师，已经会用Multiwfn+VMD画自旋密度等值面填色图，最近重复一篇文献，是用gview画的，用gview时有三 ...

为了重复文献就非要用Gview画没啥道理

GView作图又不是说Cube就是GView算的，GView也可以载入Multiwfn生成的cube，也可以由GView调用cubegen现生成cube，唯独不是GView自己算的

你要画什么density就用什么density，显然画自旋密度就用spin density

你想map到什么surface上就选什么surface，mapped surface 要选两个cube，一个生成等值面，一个用于着色，二者不能是同一个，所以“mapped surfaces时是选择total density还是spin density”是个病句，不知道你想问什么。

考察三维cube时，映射到某个表面、等值面、截面等方法随便选用，哪个最能说明你的问题用哪个。自旋密度更常见的是等值面的方法，但选取其他实空间函数的等值面把自旋密度映射上去，只要这个实空间函数选的好，也没有什么问题，不必拘泥于传统，能解释物理意义，且能说明你想说明的问题就行了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-8 10:17:49

dingniu2 发表于 2020-2-7 21:07
请问老师，已经会用Multiwfn+VMD画自旋密度等值面填色图，最近重复一篇文献，是用gview画的，用gview时有三 ...

用gview重复没意义。所有能观看等值面的可视化程序在isovalue相同的情况下看到的图像是完全一样的，只有效果好不好的差别。gview的效果是垫底的，还收费。而且在gview里如果你调用cubegen计算自旋密度格点数据还比用Multiwfn产生慢得多得多。

自旋密度直接看等值面图最省事，映射到诸如分子表面是多此一举，也不会给分析问题带来什么额外的好处。

z1065480896 · 发表于 Post on 2020-2-9 13:11:19

本帖最后由 z1065480896 于 2020-2-9 13:16 编辑

自己用一个提氢反应跑IRC，同一个体系中不同的不同的化合物 acceptor（只是一个取代基不同），第一个成功了，第二个跑完，检查明显不对，只跑了一半。
命令是IRC(calcfc,maxpoint=20,stepsize=15,LQA) ub3lyp/6-31g(d)，不知道哪里出错了请大家看看。

g16zxt12.gjf (2.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-9 13:39:54

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-9 15:00:35

z1065480896 发表于 2020-2-9 13:11
自己用一个提氢反应跑IRC，同一个体系中不同的不同的化合物 acceptor（只是一个取代基不同），第一个成功了 ...

老生常谈的问题
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

z1065480896 · 发表于 Post on 2020-2-9 18:27:33

收到，谢谢老师，我在试一试

snljty · 发表于 Post on 2020-2-11 14:28:15

卢老师好。虽然这个事和本贴无关，但是感觉也没必要单开一贴，就发到这里了，还请您见谅。
您的上一次Gromacs培训班讲义第214页左上角，我重复的时候有时候这样部分水分子会选取不完整，导致后面报错，我是在not后面的选区里面加上same resid as xxx解决的。麻烦您看一下这个地方是不是这样调整一下比较好，谢谢。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-2-11 16:18:19

卢老师您好我想问一下如果计算比如组氨酸这种有多种质子化状态的氨基酸的pka

1. 那我在算A- 及AH自由能的时候 AH应该选哪一种质子化状态两种质子化状态需要都算吗？

2. 如果算多种质子化状态 △G应该是什么之间的差值

谢谢卢老师

snljty · 发表于 Post on 2020-2-11 23:44:47

老师好，想请教一下Orca的辅助基组的问题。
一个弱相互作用体系的单点计算，关键词是
! wB97M-V aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/JK RIJCOSX tightSCF grid4 gridx4 noautostart miniprint nopop pal2
版本是4.2.1。
大概看了一下说明书，想确认几个问题。
1. 内置的aug-cc-pVTZ的辅助基组是不是只有/JK的，没有/J的，写了会报错。
2. 内置是不是没有别的月份的月份基组。
3. 上面的关键词依然报错，提示ERROR: no AuxJ basis set in ORCA_GTOInt!，但是手册上有aug-cc-pVTZ/JK这个辅助基组有啊...
谢谢各位老师！

yiwei · 发表于 Post on 2020-2-12 11:57:24

本帖最后由 yiwei 于 2020-2-13 16:14 编辑

molpro报错求助：输入文件输出文件如附件所示。
我打算计算T1的caspt2的，输出文件总是不能正常结束，不确定是否是内存的问题，我多次修改memory部分仍报错。可能是我搞错了，求老师指点输入文件的错误！

Stefinetaipei · 发表于 Post on 2020-2-12 11:58:19

通过GaussView计算相关参数时，在ONIOM分层分别设置配体（中级层，吡啶类单体，电荷数为0，自旋多重度为0）和三价铁离子（高级层，电荷数为1，多重度设为2，查阅文献知2是合理的），但计算时，发现相关程序中的方法和自旋多重度的相关信息如下：
# oniom(ropbepbe/lanl2dz:ropbepbe/6-31g(d)) geom=connectivity
Charge =  0 Multiplicity = 1 for low level calculation on real  system.
Charge =  3 Multiplicity = 2 for high  level calculation on model system.
Charge =  3 Multiplicity = 2 for low level calculation on model system.
但事实上整体体是带有一个正电荷的，最后计算显示出现了L502错误,
所以想请问一下各位大佬这个真实体系的如何设置呢？（似乎GaussView只能分别设置 high 和 Low 的，并没有整体体系的这一个选项）。

Frank · 发表于 Post on 2020-2-12 18:56:07

自旋多重度没有0的

Stefinetaipei · 发表于 Post on 2020-2-12 22:13:11

Frank 发表于 2020-2-12 18:56
自旋多重度没有0的

不好意思，写错了，这里我设定的是1，错写成0了。
现在我已经初步确定自旋多重度的问题不大，初始结构也是基本合理的。
但计算后还是不收敛，出现l502的问题，不知道怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-13 17:13:48

Stefinetaipei 发表于 2020-2-12 11:58
通过GaussView计算相关参数时，在ONIOM分层分别设置配体（中级层，吡啶类单体，电荷数为0，自旋多重度为0） ...

看清楚板块再发贴，求助帖不要发到公社大厅板块去，这在首页公告栏已经彩色字特别强调了

没事甭用RO，SCF难收敛是自找的
仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

自己手动把输入文件里电荷设成实际的就完了

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

只跑出了一半的IRC

[求助】关于Gaussian计算配合物时高级层和整体层层自旋多重度的疑问（使用ONIOMfen...

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