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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-13 17:19:03 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-11 14:28
卢老师好。虽然这个事和本贴无关,但是感觉也没必要单开一贴,就发到这里了,还请您见谅。
您的上一次Grom ...

这样更稳妥
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-13 17:25:40 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-11 23:44
老师好,想请教一下Orca的辅助基组的问题。
一个弱相互作用体系的单点计算,关键词是
! wB97M-V aug-cc-p ...

1 是
2 对
3 手动指定J用的就行了,即加上
%basis
AuxJ "aug-cc-pVTZ/JK"
end
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-13 17:29:05 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-11 16:18
卢老师您好 我想问一下 如果计算比如组氨酸这种有多种质子化状态的氨基酸的pka

1. 那我在算A- 及AH自由 ...

1 不同位点有不同的pka
2 研究的那个位点解离质子前后的deltaG
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发表于 Post on 2020-2-13 20:16:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-13 17:29
1 不同位点有不同的pka
2 研究的那个位点解离质子前后的deltaG

卢老师 关于这个问题我还有几个问题想麻烦请教一下
1..如果想用簇模型想去相对精确地计算一个氨基酸在蛋白环境下的pka 那在计算自由能的时候 A-和AH两个状态的自由能是计算整个簇模型的自由能吗?
2. 对于160原子的体系 请问卢老师在用B3LYP/6-31G*进行结构优化之后 应该用什么计算级别计算振动频率加单点能的计算? (实在不好意思卢老师 我在google搜索框里搜索 大体系 自由能 两个关键词没有找到 所以麻烦请教您一下 )
3. 如果这个氨基酸在蛋白质的内部(疏水区域)我是否就不需要加隐式溶剂模型了? 如果要计算pka的氨基酸比较接近蛋白表面 但不在蛋白表面 这种时候我该如何判断是否加隐式溶剂模型?

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发表于 Post on 2020-2-13 21:10:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-13 17:25
1 是
2 对
3 手动指定J用的就行了,即加上

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-2-14 14:40:58 | 只看该作者 Only view this author
请问AMPAC是没有免费试用版申请的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-14 15:56:09 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-13 20:16
卢老师 关于这个问题我还有几个问题想麻烦请教一下
1..如果想用簇模型想去相对精确地计算一个氨基酸在 ...

1 是
2 如果你用的Gaussian,应当用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*,必须加D3。
如果截出来的团簇总共就是160个原子,有个像样服务器的话B3LYP-D3(BJ)/6-31G*直接做opt freq也不成问题。如果吃力的话,蛋白环境可以用更破的基组表现。
3 对。只要和整个体系的分子表面没有接触,换句话说被计算的氨基酸对整个体系非分子表面没有贡献,就不用考虑隐式溶剂模型。如果模棱两可不好判断的话就带着溶剂模型,耗时高几分之一。
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发表于 Post on 2020-2-15 11:31:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,都是Mulliken方法,自旋密度等值面图中自旋密度分布与原子电荷分布有正相关性吗?gaussian09 DFT计算一个体系,没加弥散,一个原子带的负电荷不小,但自旋密度图显示没有分布,请问老师这种现象如何解释?

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发表于 Post on 2020-2-15 17:00:46 | 只看该作者 Only view this author
求助
  计算蛋白质多糖等物质在水溶剂中的反应自由能,水热炭化温度120-300℃,我应该选择隐式溶剂模型还是显示溶剂模型

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发表于 Post on 2020-2-15 17:44:53 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师
1. 一般在中性水溶液中 氨基酸在不同质子化状态切换的时候 这个氢主要来自水溶液中游离的氢还是对从水分子中获得?
2. 卢老师 对于水解反应来说 反应物的水分子是先分解为 H+和OH-再进行反应吗?如果是这样 水分子分解的驱动力一般是什么(我可能没有表述清楚,我觉得水分子相对是稳定的分子 那在水解反应的时候一般是有外力促进了这个过程吗)?
3. 大部分水解反应是存在过渡态的吗?
谢谢卢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-16 09:52:46 | 只看该作者 Only view this author
Passerby1121 发表于 2020-2-15 17:00
求助
  计算蛋白质多糖等物质在水溶剂中的反应自由能,水热炭化温度120-300℃,我应该选择隐式溶剂模型还 ...

隐式
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dingniu2 发表于 2020-2-15 11:31
请问老师,都是Mulliken方法,自旋密度等值面图中自旋密度分布与原子电荷分布有正相关性吗?gaussian09 DFT ...

毫无相关性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-16 10:00:48 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-15 17:44
请问卢老师
1. 一般在中性水溶液中 氨基酸在不同质子化状态切换的时候 这个氢主要来自水溶液中游离的氢还 ...

1 没有游离的氢。质子在水中都是以水合质子H3O+形态存在,因此也没法说这个氢是质子的还是水的
2 不是。水本身会起到催化作用
3 是
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发表于 Post on 2020-2-16 10:26:46 | 只看该作者 Only view this author

我在走IRC时遇到生成的反应物不理想

我的反应物为氯磺酸根离子和丙酰氯,我的氯磺酸根离子应该是一个硫氧单键和两个硫氧双键,可是走到最后为三个硫氧双键了,这怎么解决?

catalyst.zip

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郭德来 发表于 2020-2-16 10:26
我的反应物为氯磺酸根离子和丙酰氯,我的氯磺酸根离子应该是一个硫氧单键和两个硫氧双键,可是走到最后为三 ...

仔细看此文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

没必要上传chk文件,不知道你具体版本前提下,上传了别人也打不开,而且对于解决当前问题没有意义
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