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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-16 10:40:41 | 只看该作者 Only view this author
头好疼 发表于 2020-2-14 14:40
请问AMPAC是没有免费试用版申请的吗?

这程序如今没有任何使用价值
别说买这程序了,尝试用这程序都是匪夷所思的事情
本来Gaussian就支持一堆半经验方法,而MOPAC做半经验不仅速度更快支持的方法还更多还免费,AMPAC已没有任何生存余地
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-16 10:51:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-16 10:40
仔细看此文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9 ...

谢谢sob老师

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真 掘墓者

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发表于 Post on 2020-2-16 14:42:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kyuu 于 2020-2-16 21:39 编辑

搜索了有机分子的若干构象,希望做考虑构象平均的NMR,有几个问题1.是不是把全部构象NMR结果里的对应原子的位移按权重取平均值?
2. 一般构象玻尔兹曼分布比率低于多少的构象是可以不用考虑的?
3. 在换大基组计算热力学量(气相优化的结构)的时候,要不要加氯仿溶剂
4. 可以标度法结合玻尔兹曼分布做构象平均吗,还是必须用初始的NMR结果
5. J也是同样的方式做构象平均吗



圣诞刨坟忙

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发表于 Post on 2020-2-16 22:43:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-16 10:00
1 没有游离的氢。质子在水中都是以水合质子H3O+形态存在,因此也没法说这个氢是质子的还是水的
2 不是。 ...

谢谢卢老师
我对您的第二个回答(水本身会起到催化作用)这块不太明白 想请教一下卢老师

我用簇模型算一个催化中心氨基酸为Ser-His的水解酶(其中Ser是关键催化位点)去水解脂的一个过程 这个过程分为两步基元反应 分别是
1. His抢夺Ser羟基的质子后 Ser亲核进攻脂分子酯键的碳形成底物中间体
2. 底物中间体水解 生成产物

第一步找到了过渡态 第二步我找了十几次都没有成功
在第二步基元反应的水解反应(我理解的就是您说的水本身起催化作用的反应) 我在找过渡态的时候 我的做法是:手动将水分子的氢和氢氧根拉开一段距离 让氢氧根接近水解位点  这个构象作为TS的初猜 如果正常收敛 再跑IRC去验证两头是否对应的中间体和产物

我想请教卢老师 我在找这个水解反应过渡态失败的原因是不是我对水解反应的理解本身是错误的? 我不太清楚您说的“水本身起催化作用”该如何在当前情况下去摆初猜。

谢谢卢老师的耐心回答 这次我提问的比较啰嗦 水平有限担心没有和老师把问题说清楚 请老师理解

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发表于 Post on 2020-2-17 21:52:18 | 只看该作者 Only view this author
有2个过渡态,我想了解为什么其中一个能量比较低,因此想分析它们各自的位阻和弱相互作用。请问用 RDG 分析 过渡态 有什么要注意的?(因为之前看到说只能用来分析优化过的结构,但过渡态不是能量最低点。)

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发表于 Post on 2020-2-18 01:33:42 | 只看该作者 Only view this author
如果我想用 ORCA 来算过渡金属有机化学物的单点,想请教2个问题:

1.对于铜,想做高精度单点会建议用全电子基组还是 ECP?哪个比较合理?为什么?(优化时,铜用了SDD)
2.用 ECP 的话,在 ORCA 计算时该如何修改以下输入文件来让铜使用 ECP?

! PWPB95 D3 def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 1200
%pal nprocs 36 end
* xyz 0 1
[GEOMETRY]
*

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-18 12:23:26 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-2-18 01:33
如果我想用 ORCA 来算过渡金属有机化学物的单点,想请教2个问题:

1.对于铜,想做高精度单点会建议用全 ...

1 不在于用不用赝势,关键在于描述价电子的基组质量
2 就直接用def2-TZVPP就完了,没必要刻意用赝势,除非你非常想通过赝势来节约时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-18 12:25:46 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-2-17 21:52
有2个过渡态,我想了解为什么其中一个能量比较低,因此想分析它们各自的位阻和弱相互作用。请问用 RDG 分析 ...

照常分析。
只不过分析的时候要注意RDG的本质。如果两个原子间本来只是位阻作用,但由于旁边成键的关系强行导致它俩挨得比较近,有可能会导致俩原子间出现蓝色等值面,切勿以为这俩原子间本身有自发的成键作用。

PS:波函数分析问题请尽量在本帖1L里提到的波函数分析答疑专帖里提问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-18 12:30:43 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-16 22:43
谢谢卢老师
我对您的第二个回答(水本身会起到催化作用)这块不太明白 想请教一下卢老师

我指的是类似这种情况。虽然跟你的可能机制不一样,但得注意水溶剂类似的催化作用,该考虑时候考虑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-18 12:42:28 | 只看该作者 Only view this author
kyuu 发表于 2020-2-16 14:42
搜索了有机分子的若干构象,希望做考虑构象平均的NMR,有几个问题1.是不是把全部构象NMR结果里的对应原子的 ...

1 如果不同构象之间可以快速互变,是这样取构象权重平均
2 没有前提的话,建议考虑到5%。如果用这个标准要考虑的构象太多算着费劲,再提升一些也可以考虑。
3 要
4 原理上可以
5 是
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发表于 Post on 2020-2-18 21:10:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-18 12:23
1 不在于用不用赝势,关键在于描述价电子的基组质量
2 就直接用def2-TZVPP就完了,没必要刻意用赝势,除 ...

如果分子比较小,计算资源可能,想用 DLPNO-CCSD(T) 作更高精度的单点,但 cc-pVTZ 基组没有对 Cu 定义,那应该换什么基组?该如何修改以下修键词?

! DLPNO-CCSD(T) tightPNO cc-pVTZ cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop


谢谢老师

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发表于 Post on 2020-2-19 12:28:55 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-19 13:04:17 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-2-18 21:10
如果分子比较小,计算资源可能,想用 DLPNO-CCSD(T) 作更高精度的单点,但 cc-pVTZ 基组没有对 Cu 定义, ...

cc-pVTZ对Cu有定义,只不过Cu的/JK辅助基组不是自带的。不用RIJK就完了。
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发表于 Post on 2020-2-19 17:25:10 | 只看该作者 Only view this author
社长大人,某分子S1结构和T1结构会是一样的吗?经常看到有人求单重激发态几何结构还有三重激发态几何结构,他们是一样的吗?如果不是,我该如何理解做TD计算加了50-50关键词后得到三重态能量之类的事情?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2020-2-20 22:31:48 | 只看该作者 Only view this author

新手想问下关于chk转成fchk文档的事情

如题,在尝试转chk文档的时候选择图中这个选项就出现了这个提示框,没有看到想要的fchk文档,请问是操作不对还是chk文件有问题,我试了好几个都这样。
我的chk文件是在作结构优化+频率或者只做单点的时候生成的,两种都有40M+,都是这样的弹窗。
请教各位正确的操作方式,谢谢!

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