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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-2-20 22:57:02 | 只看该作者 Only view this author
你没讲你的chk是在linux下算的还是在win下算的。如果是linux下算的chk文件,不能跨平台转化,你得回到linux下用formchk a.chk a.fchk
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2020-2-21 13:41:55 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-2-20 22:57
你没讲你的chk是在linux下算的还是在win下算的。如果是linux下算的chk文件,不能跨平台转化,你得回到linux ...

哦哦!懂了,原来是这样!我的确实是通过超算平台的Linux系统算的,谢谢!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-21 19:38:49 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2020-2-19 17:25
社长大人,某分子S1结构和T1结构会是一样的吗?经常看到有人求单重激发态几何结构还有三重激发态几何结构, ...

S1和T1势能面极小点结构肯定不同。
50-50是对当前几何结构下同时算单重态和三重态能量,和结构是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-22 20:54:58 | 只看该作者 Only view this author

有机小分子的单三线态能级差高斯模拟

小白一枚,哪位大神能否告知有机小分子的单三线态能级差,高斯如何设置,怎么计算查看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-22 22:35:35 | 只看该作者 Only view this author
cynh1119 发表于 2020-2-22 20:54
小白一枚,哪位大神能否告知有机小分子的单三线态能级差,高斯如何设置,怎么计算查看?:handsha ...

自旋多重度设1和3,分别算能量,求差就完了
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发表于 Post on 2020-2-23 21:00:53 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,ORCA已经完整算过一遍谐振频率并保留了.hess文件下,有办法可以用一个新的频率校正因子计算热力学数据么?手册只查到了在hess文件里面改frequency_scale_factor然后用orca_vib命令跑这个文件,但是结果只有频率数据没有热力学数据。手册大概看了一下,没有找到。不好意思还不太熟悉ORCA。谢谢您。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-24 20:25:20 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-23 21:00
请问老师,ORCA已经完整算过一遍谐振频率并保留了.hess文件下,有办法可以用一个新的频率校正因子计算热力 ...

据我所知没有
实在没办法就把乘了校正因子的频率自行写到shermo输入文件里用shermo来算
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315http://bbs.keinsci.com/thread-2440-1-1.html
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发表于 Post on 2020-2-24 20:30:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-24 20:25
据我所知没有
实在没办法就把乘了校正因子的频率自行写到shermo输入文件里用shermo来算
Shermo:计算气 ...

明白了,谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2020-2-24 21:14:55 | 只看该作者 Only view this author
社长 想请教一下 我想比较精确的计算一个蛋白内氨基酸的pka 之前用Propka 和 H++算出来的数值特别诡异(两者差的非常大并且H++算出来的是负数,我也不太理解负数的pka是什么意思) 所以想用簇模型进行Thermodynamic cycles用量化的方法去计算pka

1. 请问一下在DOI 10.1016/S1574-1400(10)06008-1文章中提到的在计算自由能的时候存在的1.36 kcal/mol的误差 这个误差和体系大小有关系吗?

2. 我截取蛋白的一部分去搭建簇模型 在SMD下算溶解自由能 但被抠出来的区域可能实际是在蛋白内不接触溶剂的 但在我的簇模型下是在溶剂下暴露的 请问卢老师这个会影响到最后的结果吗?

3. 本来报了科音的量化基础班学习用Gaussian下的QMMM解决这个问题 但由于疫情可能需要等到四月份 在没有参加培训前不敢瞎算 怕算了也白算(前车之鉴) 想问一下卢老师 对于我的问题是不是QMMM比簇模型更适合解决?如果QMMM更适合解决我就等到四月份参加完培训再来解决这个问题

谢谢社长

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发表于 Post on 2020-2-24 21:55:36 | 只看该作者 Only view this author
新人刚上手遇到两个问题
1:我计算一个分子的红外振动,优化计算完振动之后,想在这个结果的chk文件基础上将一个氢原子替换为氘进行计算,改完之后计算文件中也有 H(Iso=2) ,但算出来的结果分子中又变成了氢原子,这是什么原因?
2:我计算了一个分子的振动,然后想算一下形成氢键对振动频率的影响,这个时候应该如何设置?我的做法是在这个分子的氮原子旁边添加了一个水分子,调整N与H之间的距离作为初始进行优化,优化结果只剩下了原分子,水分子脱去了,这是我设置的不对还是计算方法不对?我现在用的是B3LYP 6-311+G**基组
请教一下,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-25 18:28:30 | 只看该作者 Only view this author
youmu 发表于 2020-2-24 21:55
新人刚上手遇到两个问题
1:我计算一个分子的红外振动,优化计算完振动之后,想在这个结果的chk文件基础上 ...

1 没你的输入文件不好说
正常情况下,你写了H(iso=2)肯定会在振动分析的时候当成氘来考虑

2 B3LYP计算弱相互作用完全是搞笑的
弱相互作用计算常识看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
倘若用像样的方法还是不行,说明存在初始结构不合理之类其它问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-25 18:38:10 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-24 21:14
社长 想请教一下 我想比较精确的计算一个蛋白内氨基酸的pka 之前用Propka 和 H++算出来的数值特别诡异(两 ...

1 那个是一家之言,不用管它。我看过的其它的计算文章里都没这种说法,而且我之前算出来的结果都和实验吻合不错
2 即便是蛋白内也会有水跑进去,如果水都不可能进去,根本都不会质子解离了
3 不要盲目用QMMM,对这个问题不会有任何好处,只会徒增麻烦
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发表于 Post on 2020-2-25 19:35:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-25 18:28
1 没你的输入文件不好说
正常情况下,你写了H(iso=2)肯定会在振动分析的时候当成氘来考虑

%mem=1GB
%chk=D:\DATA\HAMD\DAMD+dp.chk
# freq rb3lyp/6-311+g(d,p) guess=read geom=allcheck

Title Card Required

0 1
C                 -0.10546676    0.98185650   -0.04586188
N                  0.70364981   -0.12531644   -0.28032998
H(Iso=2)           0.18914621   -0.98980250   -0.26933791
C                  0.55433335    2.34408299    0.00856102
H                 -0.21954451    3.07369241    0.23449461
H                  1.33378278    2.40647226    0.77058323
H                  1.00700530    2.59444838   -0.95459238
C                 -2.26774569   -0.19786392   -0.00251271
C                 -2.22306517   -0.89975743   -1.37891871
H                 -1.26422050   -1.37753643   -1.59355738
H                 -2.99584690   -1.67232417   -1.43457000
H                 -2.41204630   -0.17242841   -2.17248955
C                 -1.99828457   -1.19996297    1.14471063
H                 -2.00186926   -0.67697764    2.10441983
H                 -2.78252486   -1.96218213    1.16979629
H                 -1.04312264   -1.72380832    1.05691702
C                 -3.69086099    0.36281215    0.19455193
H                 -3.91779795    1.08865799   -0.58964533
H                 -4.44114074   -0.43356855    0.16700815
H                 -3.76039166    0.87910583    1.15498752
N                 -1.38558035    0.98064540    0.05065963
C                  2.14678377   -0.34811793    0.00286698
C                  2.41121545   -1.81043289   -0.40171183
H                  2.20263512   -1.96274858   -1.46392187
H                  3.45449951   -2.07449538   -0.21592858
H                  1.78708035   -2.49910777    0.17707855
C                  3.05493519    0.55396769   -0.85295610
H                  3.01241903    1.59961884   -0.55146965
H                  4.09338963    0.22636192   -0.75221691
H                  2.77507936    0.48681237   -1.90697109
C                  2.46806274   -0.18110504    1.50259885
H                  3.52073232   -0.40786231    1.69607103
H                  2.27926317    0.83668970    1.84830101
H                  1.85754243   -0.85919507    2.10476681

这是我的输入文件内容,计算结果的分子中氘又变回了氢原子,麻烦帮忙看看问题出在哪里,谢谢

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发表于 Post on 2020-2-26 00:34:47 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问在进行热力学循环计算pka 分别计算大体系(160原子)的AH 和A- 的 Ggas 时候
AH体系我在B3LYP(D3)/6-31G* 级别下优化结构并得到了热力学校正量 在B2PLYP(D3)/def2TZVP 算单点然后相加

1. A-体系我想在B3LYP(D3)/6-31+G*下优化结构并得到了热力学校正量 但在B2PLYP(D3)下选择带弥散的基组我有点困惑 不知道该选什么基组?
2. 看了您关于月份基组和给def2系列加弥散的方法那两篇文章 感觉在当前体系下都算不动 这种情况是不是最好在ORCA下计算大体系的单点?可以直接用Gaussian算的热力学校正量加Orca算的单点能吗?需不需要与前面算的AH体系的计算级别保持一致?

谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-26 19:55:56 | 只看该作者 Only view this author
youmu 发表于 2020-2-25 19:35
%mem=1GB
%chk=D:\DATA\HAMD\DAMD+dp.chk
# freq rb3lyp/6-311+g(d,p) guess=read geom=allcheck

显然不能写geom=allcheck,这样就会忽略掉你下面的信息
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