计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10546#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-26 19:59:37 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-26 00:34
卢老师 请问在进行热力学循环计算pka 分别计算大体系(160原子)的AH 和A- 的 Ggas 时候
AH体系我在B3LYP ...

没必要全都带弥散,只要把质子解离位点的那几个原子带上弥散就足够了
双杂化时对于质子解离位点的几个带负电荷的用ma-TZVPP,再旁边一些的用def2-TZVPP,更往外的用def2-SVP甚至都可以

“Gaussian算的热力学校正量加Orca算的单点能吗”显然可以
A-和AH计算级别必须精确一致,否则求差没有意义。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

63

eV
积分
68

Level 2 能力者

10547#
发表于 Post on 2020-2-27 02:42:57 | 只看该作者 Only view this author

高斯几何优化出现”Excessive mixing of frozen core and valence orbitals“何解?

我优化一个含碘的结构时,用了混合基组,遇到了“ Excessive mixing of frozen core and valence orbitals”这样的错误,不确定原因为何。
输入文件:
%rwf=bodipyI.rwf
%chk=bodipyI.chk
%mem=3600mb
%NProcShared=24

#n pbe0/gen Opt int=ultrafine scf=qc

bodipyI

0 1
C          1.21360       -0.41405        0.04258
N          1.23185       -1.80335        0.04457
C          0.00001        0.27590        0.04922
C         -1.21355       -0.41411        0.04270
N         -1.23174       -1.80340        0.04460
B          0.00006       -2.73624        0.20952
C         -2.56184        0.04669       -0.01441
C         -2.48770       -2.21100       -0.01192
C         -3.33228       -1.10031       -0.05084
C          2.56188        0.04680       -0.01457
C          3.33236       -1.10017       -0.05090
C          2.48782       -2.21089       -0.01188
C         -3.08004        1.44348       -0.04053
H         -4.16813        1.43216       -0.02754
H         -2.75678        1.97705       -0.93472
H         -2.73182        2.02029        0.81560
C          3.08002        1.44361       -0.04081
H          4.16811        1.43233       -0.02830
H          2.73216        2.02033        0.81553
H          2.75633        1.97725       -0.93480
C         -0.00004        1.76437        0.04484
C          0.00002        2.45587        1.25976
C         -0.00006        3.84103        1.23492
C         -0.00020        4.55362        0.04306
C         -0.00027        3.84130       -1.14464
C         -0.00019        2.45251       -1.16749
C          0.00014        1.72262        2.57340
H          0.00050        2.42320        3.40686
H          0.87602        1.07862        2.67273
H         -0.87605        1.07908        2.67312
C         -0.00027        1.72067       -2.48195
H         -0.00043        2.42203       -3.31479
H         -0.87638        1.07703       -2.58251
H          0.87594        1.07720       -2.58270
C         -0.00018        6.05652        0.05193
H          0.87942        6.44594        0.56804
H         -0.87844        6.44597        0.57027
H         -0.00144        6.45989       -0.96002
H         -0.00002        4.38067        2.17588
H         -0.00040        4.37906       -2.08613
H          2.74377       -3.25829       -0.01883
H         -2.74359       -3.25841       -0.01895
F          0.00011       -3.29030        1.46810
F          0.00007       -3.70374       -0.76476
I          5.20790       -1.21453       -0.14408
I         -5.20781       -1.21471       -0.14407

C H N B F 0
6-311G(2d,p)
****
I 0
QZVP
****


输出文件:
Largest valence mixing into a core orbital is  5.93D-01
Largest core mixing into a valence orbital is  2.46D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /opt/apps/gaussian/16rA.03/g16/l801.exe at Tue Jan 21 03:21:21 2020.
Job cpu time:       7 days 16 hours  8 minutes  3.8 seconds.
Elapsed time:       0 days  7 hours 40 minutes 39.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    398 Int=      0 D2E=      0 Chk=     21 Scr=      1



希望大佬能帮我。
谢谢。




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10548#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-27 02:55:52 | 只看该作者 Only view this author
idk 发表于 2020-2-27 02:42
我优化一个含碘的结构时,用了混合基组,遇到了“ Excessive mixing of frozen core and valence orbitals ...

犯了低级错误。仔细看
http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

你都没给碘设置赝势,结果毫无意义,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

PBE0下优化居然给碘用QZ级别的基组,完全缺乏常识,仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373

没事甭写scf=qc,自找麻烦还特别慢。PBE0根本就不需要用ultrafine。
24核才给3600MB内存十分莫名其妙
初学者不要随便写不是特别懂的关键词。仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

太长的输出不要直接贴出来,应当直接上传成为附件,否则严重刷屏。我已经把你帖子里无用的信息删了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

63

eV
积分
68

Level 2 能力者

10549#
发表于 Post on 2020-2-27 11:47:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-27 02:55
犯了低级错误。仔细看
http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

十分感谢

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

10550#
发表于 Post on 2020-2-27 13:50:53 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我关于Opt=tight有个问题想向您请教。我做了一系列优化,其中有几个结构的freq计算结果中出现了No以及很小的虚频。于是我采用了Opt=tight关键词对它们进行了重新优化,并得到了符合默认收敛限的结果(没有虚频)。请问这些结果的能量可以直接与不采用tight的优化结果进行对比吗?

我自己的理解是,这个参数没有改变计算精度(势能面),而是通过将收敛限变严格使结构找的更准确了。但是相对而言,其他优化结果则没有找的这么准。那这样直接进行对比是否会有问题?

谢谢社长!
It's my life and it's now or never

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

10551#
发表于 Post on 2020-2-27 19:12:17 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问不可约表示的乘法表需要记住吗还是可以推导出来啊C4v点群乘法表

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

10552#
发表于 Post on 2020-2-27 22:28:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-26 19:59
没必要全都带弥散,只要把质子解离位点的那几个原子带上弥散就足够了
双杂化时对于质子解离位点的几个带 ...

谢谢社长

请问社长 “A-和AH计算级别必须精确一致” 我理解的是

1.除了气相下单点能的计算之外 A-和AH的结构优化也都需要保持相同的计算级别
2.在使用混合基组进行结构优化和单点计算的时候 A-加弥散的区域 AH也同样需要加弥散

请问这个理解对吗 谢谢社长

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10553#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-28 02:58:51 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-2-27 13:50
Sob老师,我关于Opt=tight有个问题想向您请教。我做了一系列优化,其中有几个结构的freq计算结果中出现了No ...

可以对比

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
wrtgcn + 3 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10554#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-28 02:59:16 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-27 22:28
谢谢社长

请问社长 “A-和AH计算级别必须精确一致” 我理解的是

1 是
2 对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10555#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-28 02:59:38 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-2-27 19:12
Sob老师,请问不可约表示的乘法表需要记住吗还是可以推导出来啊C4v点群乘法表

没必要记住,用的时候现查就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

11

帖子

0

威望

53

eV
积分
64

Level 2 能力者

10556#
发表于 Post on 2020-2-28 15:15:11 | 只看该作者 Only view this author

求助:用高斯和TD-DFT如何计算分子激发态偶极矩

请教一个问题。用TD-DFT方法,计算分子处于某一激发态时的总偶极矩(不是跃迁偶极),在Gaussian输入文件应该怎样写命令?结果文件怎样查看?谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10557#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-28 16:41:43 | 只看该作者 Only view this author
小磊磊爱无机 发表于 2020-2-28 15:15
请教一个问题。用TD-DFT方法,计算分子处于某一激发态时的总偶极矩(不是跃迁偶极),在Gaussian输入文件应 ...

此文里明确写了,加上density就完了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

如果计算一批,而且不需要弛豫密度,看
使用Multiwfn计算激发态间的跃迁偶极矩和各个激发态的偶极矩
http://sobereva.com/227
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

10558#
发表于 Post on 2020-2-28 23:38:58 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问您之前在培训里提到过一种由核磁解析的PDB格式的文件 里面有很多结构 请问进行簇模型以及MD分析的时候我直接选第一种可以吗 我看文件里re没有标注每一种构象的分布概率或者类似数据

谢谢卢老师

22

帖子

0

威望

268

eV
积分
290

Level 3 能力者

10559#
发表于 Post on 2020-2-29 12:36:46 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,想请教您一个问题。在做freq任务时,需要用能量(势能)对坐标求二阶导,得到质权坐标下的Hessian矩阵。那么,这里的势能函数是怎么得到的呢?

11

帖子

0

威望

53

eV
积分
64

Level 2 能力者

10560#
发表于 Post on 2020-2-29 22:25:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-28 16:41
此文里明确写了,加上density就完了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http:/ ...

谢社长,问题已经解决

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 16:57 , Processed in 0.381039 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list