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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-1 10:19:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2020-3-1 10:24 编辑

Sob老师好

我想问您一下,我做的激发态优化,刚开始体系震荡了,后来看了您的帖子,把关键词改成了下图所示,优化了大概一个周,体系跑成了这个样子,我看了一下,没有震荡,但是每一步能量变化都很小,就是不收敛,想问一下这是正常的吗

谢谢您






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 23:27:19 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-2-29 12:36
卢老师好,想请教您一个问题。在做freq任务时,需要用能量(势能)对坐标求二阶导,得到质权坐标下的Hessia ...

就是你当前的计算级别定义的,不同结构下有不同的电子能量,构成了势能面,这就是这里说的势能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 23:31:21 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-2-28 23:38
卢老师 请问您之前在培训里提到过一种由核磁解析的PDB格式的文件 里面有很多结构 请问进行簇模型以及MD分析 ...

如果你是问跑MD的时候用哪一帧当初始结构,完全无所谓,通常用第一帧就行了,除非pdb里注明了各帧有什么明确差异需要考虑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 23:32:34 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2020-3-1 10:19
Sob老师好

我想问您一下,我做的激发态优化,刚开始体系震荡了,后来看了您的帖子,把关键词改成了下图 ...

看看输出文件末尾,弄清楚跑到什么情况了
本来激发态优化耗时就高,还用TZVP太贵了,也没必要
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发表于 Post on 2020-3-3 07:27:21 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算时的力常数

在过渡态计算时,opt+freq计算工作下有一个
Forece Constants选项中 Calculate at First Point 和Defalut 区别在哪里呐?
谢谢各位老师

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发表于 Post on 2020-3-3 09:18:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-3-3 09:19 编辑

default不报错?

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发表于 Post on 2020-3-3 09:22:55 | 只看该作者 Only view this author

老师 opt=calcfc 就是对应于Calculate at First Point吗?如果选择了Calculate at First Point再在关键词中写了opt=calcfc可以吗?
谢谢老师解答

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发表于 Post on 2020-3-3 10:03:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-3-3 10:16 编辑

这就是为什么不要用GaussView构造输入文件关键词。
就算用,构造完了也拿记事本打开看一眼gjf文件,Route那行也就是#后面那行一看便知。opt=TS要求必须提供初始Hessian矩阵,如果你没写还没报错那你用的应该是opt=QST2,这个方法基本没有好处,通常不要用。而且不提供初始Hessian的话收敛概率更低。
题外话,提问建议写明所用的软件名,以及,Default拼写错了。
具体参考http://sobereva.com/460

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-3 10:42:14 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2020-3-3 07:27
在过渡态计算时,opt+freq计算工作下有一个
Forece Constants选项中 Calculate at First Point 和Defalut  ...

别用gview的calculation setup功能产生输入文件,那个垃圾界面几乎没有任何内行人用,用那个玩意别人都不知道你在表达什么。Gaussian用于一定要自己手写关键词。
找过渡态基本相关知识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
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sobereva 发表于 2020-3-3 10:42
别用gview的calculation setup功能产生输入文件,那个垃圾界面几乎没有任何内行人用,用那个玩意别人都不 ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2020-3-3 10:43:55 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-3 10:03
这就是为什么不要用GaussView构造输入文件关键词。
就算用,构造完了也拿记事本打开看一眼gjf文件,Route ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2020-3-4 10:29:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-1 23:27
就是你当前的计算级别定义的,不同结构下有不同的电子能量,构成了势能面,这就是这里说的势能

老师好,那是不是就是说1.需要分子中的所有原子,共计3N个方向上运动,计算其能量的变化,然后对坐标求导,最后去掉分子平动和转动的那部分,按照谐振子的计算公式,计算出分子振动的频率?2.在Gview中,我还看到做freq任务后得到了一些转动模式,这些转动模式是怎么得到的呢?Sob老师可不可以帮忙推荐一些和freq相关的文章呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-5 03:08:25 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-3-4 10:29
老师好,那是不是就是说1.需要分子中的所有原子,共计3N个方向上运动,计算其能量的变化,然后对坐标求导 ...

1 是
2 要么是Gaussian没有正确判断转动模式(比如出现了极低频率的内转动模式,或者优化收敛限太糙等原因,使之被误当成了整体转动),要么就是那并非真的是纯粹的整体转动
“freq相关的文章”问题太宽泛,google一搜一堆
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发表于 Post on 2020-3-5 08:58:33 | 只看该作者 Only view this author
想请问下楼主高斯计算,出现l510报错是什么问题呢?

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发表于 Post on 2020-3-5 11:03:48 | 只看该作者 Only view this author
苏小小小师妹 发表于 2020-3-5 09:03
您好!打扰楼主了   我想问一个简单的高斯计算问题,当提示是L502报错是什么原因呢?

强烈建议先看看http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

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