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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-5 19:38:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dali 于 2020-3-5 20:11 编辑

sob老师,请问我算一个团簇体系,前四周期主族原子组成的小团簇,原子的个数从5到7个,计算团簇与氢气之间的弱相互作用力,优化时使用B3LYP/aug-cc-pVDZ,审稿人说对于弱相互作用力不足够,请问我该如何选择方法和基组更好些呢?

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发表于 Post on 2020-3-5 19:52:34 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问您在这个贴里(乱谈激发态的计算方法,http://sobereva.com/265)写的这句话“价层局域激发,激发态是单重态的情况:最好选择是PBE0,误差约在0.1~0.3eV。”的支持文献是哪篇?

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发表于 Post on 2020-3-5 20:10:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-5 03:08
1 是
2 要么是Gaussian没有正确判断转动模式(比如出现了极低频率的内转动模式,或者优化收敛限太糙等原 ...

老师您好,我想再请教您一下。freq任务的得到的结果里面,低频部分会有分子内扭转,和分子内转动有关的模式,也是由三个方向的力常数矩阵采用谐振近似得到的吗?换句话说,freq任务里面的分子内转动其实是由多个简谐振动合成的吗?

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发表于 Post on 2020-3-6 02:03:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,为了获得近似的反应物和产物结构,我进行IRC计算时设置了Maxpoints=50,其中一侧走了20步后受力接近0而自动停止了,另一侧却一直跑完了50步。50步那侧的最终受力在0.0003~0.00035之间,且能量曲线已经看起来已经很平了。我想请教您:

1. 这种情况下我是可以直接做优化计算,还是应该继续跑IRC至受力趋0自动停止?
2. 一般IRC计算,受力在多少的范围内就可以视为受力“接近于0”了呢?

谢谢您!
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2020-3-6 09:04:25 | 只看该作者 Only view this author

高精度计算单点能输入格式

如题我想请教一下在b2plypd3/def2tzvp条件下计算单点能的输入格式是这样的吗? 谢谢各位老师1.

%nprocshared=4
%chk=D:\gsview\g16w\123\1-1-spe.chk
#p b2plypd3/def2tzvp scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) geom=connectivity

Title Card Required

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********


2.是涉及赝势的情况
%nprocshared=4
%chk=D:\gsview\g16w\123\1-1-spe.chk
#p b2plypd3/genecp scrf=(iefpcm,solvent=acetonitrile) geom=connectivity

Title Card Required

0 1

********


Ga 0
lanl2dz
****
H O C N 0
def2tzvp
****

Ga 0
lanl2dz

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-6 09:06:36 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2020-3-6 09:04
如题我想请教一下在b2plypd3/def2tzvp条件下计算单点能的输入格式是这样的吗? 谢谢各位老师:hand ...

格式没错。
但lanl2DZ比def2-TZVP档次差太远,完全不搭
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-6 09:07:31 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-3-5 20:10
老师您好,我想再请教您一下。freq任务的得到的结果里面,低频部分会有分子内扭转,和分子内转动有关的模 ...

谐振近似下,内转动就是被当成一个谐振运动模式。只不过可以说这个运动模式是由多个内坐标混合构成的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-6 09:08:18 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-3-6 02:03
Sob老师,为了获得近似的反应物和产物结构,我进行IRC计算时设置了Maxpoints=50,其中一侧走了20步后受力接 ...

1 已经完全可以优化了
2 肉眼上看能量变化曲线基本水平了就算很接近0了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-6 09:09:42 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2020-3-5 19:52
老师您好,请问您在这个贴里(乱谈激发态的计算方法,http://sobereva.com/265)写的这句话“价层局域激发 ...

具体哪篇忘了,但这里面应该有
几篇横测电子激发能计算精度的文章 http://bbs.keinsci.com/thread-470-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-6 09:10:38 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-3-5 19:38
sob老师,请问我算一个团簇体系,前四周期主族原子组成的小团簇,原子的个数从5到7个,计算团簇与氢气之间 ...

用B3LYP算弱相互作用属于完全没有基本常识的行为
仔细看这些弥补常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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发表于 Post on 2020-3-6 09:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-6 09:06
格式没错。
但lanl2DZ比def2-TZVP档次差太远,完全不搭

老师,在计算高精度单点能的情况下,对于第四周期元素镓使用哪一个基组比较合适呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2020-3-6 11:23:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-6 09:10
用B3LYP算弱相互作用属于完全没有基本常识的行为
仔细看这些弥补常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-3-6 14:21:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-6 09:09
具体哪篇忘了,但这里面应该有
几篇横测电子激发能计算精度的文章 http://bbs.keinsci.com/thread-470-1 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-3-6 18:39:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2020-3-7 00:35 编辑

我在研究一个多步反应的机理,想了解配体如何影响反应速率。因此我把机理的每一步都算出来。但是在这多步之中,活化自由能最高的那一步,是A—B complex在分子内转移H原子(但不是自由基)。过程的活化焓很低,低到对于分开的A和B来说,活化焓是负数,对于A—B complex 来说,也只有不到 2 kcal / mol。我的问题如下:

1.        我的理解是,这一步反应几乎是没有活化焓了,很容易发生,电子能的PES也所以非常平坦的。因此我找到的过渡态虚频有时候只有20 cm-1。我的理解对吗? (跑IRC的确看到H原子转移,和一些关键的键长转变)
2.        对于这些低活化焓的反应,找过渡态还有意义吗?我的是双分子反应,因此虽然活化焓很低,但活化自由能并不小。不找过渡态就算不出活化自由能,找的话就有时候基本上找不到。有时候虚频太小不好找,有时候是真的找不到(可能在电子能的PES上没有过渡态)。这一步也是整个机理里最高活化自由能的一步,因此想要忽略也不行。请问有什么建议吗?
3.        对于这种很低能垒的反应,我要如何判断到底是没有过渡态,还是只是太难找所以我没找到?我发文章的话,要怎么证明是没有过渡态吗?还是说没有就好?

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10590#
发表于 Post on 2020-3-7 00:18:38 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好 有一个问题想请教一下您 在用簇模型研究蛋白体系的催化时候 是怎么考虑截断范围更远处 比如10埃范围内的静电相互作用

我看您之前推荐的簇模型综述 J Am Chem Soc 139(20): 6780-6786.中说的是用隐式溶剂模型的介电常数(‘In most applications, ε has been set to equal 4 ’)去近似蛋白内的静电相互作用

那如果是反应的催化位点在蛋白内 以及蛋白表面两种环境下 介电常数的设置是不是应该有区别 比如在表面应该设成2 蛋白内再设成4?

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