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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-3-28 11:17:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-11 10:26
没具体信息没法说,自己说不清楚就把输入输出文件压缩后上传

在笛卡尔坐标系优化,可以解决,但是还是有一个-6.3的小虚频。之前您提到过的,加上D3BJ,就会消不掉虚频,我也不知道咋办了?

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发表于 Post on 2016-3-28 21:15:26 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-28 11:17
在笛卡尔坐标系优化,可以解决,但是还是有一个-6.3的小虚频。之前您提到过的,加上D3BJ,就会消不掉虚频 ...

换成D3

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发表于 Post on 2016-3-29 08:43:43 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2016-3-25 08:59
Sob老师,,关于这个双金属中心分子我想追问几个问题,该体系电荷-1,自旋多重度设为2。
1. 我使用BP86/ ...

对于Co的体系一般用tpsstpss泛函优化结构,且几乎没有自旋污染,中科大傅尧老师用过此泛函。

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发表于 Post on 2016-3-29 08:48:55 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-29 08:43
对于Co的体系一般用tpsstpss泛函优化结构,且几乎没有自旋污染,中科大傅尧老师用过此泛函。

谢谢你,我试一下

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发表于 Post on 2016-3-29 08:52:50 | 只看该作者 Only view this author
renleibeth 发表于 2016-3-24 14:57
请问如果用QST2寻找过渡态,反应物和生成物的结构要不要优化?章永凡的PPT上讲不能使用优化后的结构。但是我 ...

优化不优化都可以,以下是高斯官方的解释:
In a QST2 calculation, the program tries to match the two sets of redundant internal coordinates based on the two geometries, one for the reactant complex and another for the product complex . It is advised to match the reactant and products geometries as close to each other as possible (they do not have to be minima), preferably differ only in the reaction coordinate.

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发表于 Post on 2016-3-29 09:17:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈宝 于 2016-3-29 14:58 编辑
498746012 发表于 2016-3-29 08:43
对于Co的体系一般用tpsstpss泛函优化结构,且几乎没有自旋污染,中科大傅尧老师用过此泛函。

你好,查了傅老师的文章,做Co-C键时使用这个泛函效果比较好,但是我的结构是Co-Co键,用TPSSTPSS泛函优化,仍旧产生很大的自旋污染@sobereva 老师,求您指教一下:
1. 自旋污染是随着多重度增大而成倍增大,即自旋多重度为2时是2左右,为4时是4左右,为6时是8左右,为8时是16左右. 如何改善自旋污染的情况?
2. 因为是开壳层,我分别用不同泛函(BP86、PBE0、TPSS、M062X)优化几种自旋多重度(2,4,6,8)发现趋势为:自旋多重度是6的时候能量最低,比2时低1.31eV,比4时低0.77eV,比8时低2.46eV。但是由于和自旋多重度为4时相差较小,我不能确定应该选择4还是6?


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发表于 Post on 2016-3-29 10:49:17 | 只看该作者 Only view this author

如果想用D3BJ,小虚频可以不消吗?

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发表于 Post on 2016-3-29 20:52:41 | 只看该作者 Only view this author

关于过渡态的问题

找过渡态,老是出现如下错误,从结果发现,找过渡态的过程更像是结构优化的过程,这是怎么回事?没有一点过渡态的趋势
Berny optimization.
Bend failed for angle    27 -    57 -    56
Tors failed for dihedral     9 -    27 -    57 -    56
Tors failed for dihedral    28 -    27 -    57 -    56
Tors failed for dihedral    58 -    56 -    57 -    27
Tors failed for dihedral    71 -    56 -    57 -    27
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /vol-th/opt/GaussianD_01/g09/l103.exe at Tue Mar 29 14:39:14 2016.
Job cpu time:      24 days  2 hours 50 minutes  3.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  10047 Int=      0 D2E=      0 Chk=     77 Scr=      


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发表于 Post on 2016-4-1 11:27:27 | 只看该作者 Only view this author

gauss 计算自由能讨论系统稳定性,如何计算

评审要求计算吉布斯自由能讨论系统稳定性,该找到哪些能量,进行计算呢? 这是评审意见: The way the authors define their "binding energies of the clusters" (Page 3, equations 1-3) indicate that they simply mean the fragmentation energies. Since the authors have the frequency calculations available at hand, the zero-point energy corrections, thermal corrections and the entropy contributions should be also accounted for. By doing so, the authors will calculate the Gibbs free energies of the fragmentation reactions and this will allow them to judge the stability of their species (against fragmentation) in a more proper way. Hence, the authors should discuss the stability of their systems in terms of <DELTA>G.
我是采用B3lyp进行opt和freq,用mp2计算的单点能,我从网上查到说自由能是单点能加上零点能修正再加上gibbs自由能修正,那么能不能通过计算反应前后化合物的自由能就能计算ΔG。而不用ΔG=ΔH-TΔS 这个公式,这个公式里比较复杂还要计算内能,热能还有pv等等,还有温度,我在计算时并没有设置温度,那gauss里面是有温度的默认值吗?而且里面的内能输出文件中是哪一个呢?我比较倾向与第一种方法,所以,请高手指点一下。多谢了。
Zero-point correction=                           0.030631 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.040359
Thermal correction to Enthalpy=                  0.041303
Thermal correction to Gibbs Free Energy=        -0.007907
Sum of electronic and zero-point Energies=           -723.260969
Sum of electronic and thermal Energies=              -723.251241
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -723.250297
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -723.299507

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发表于 Post on 2016-4-1 13:02:56 | 只看该作者 Only view this author
马上要研究生毕业了,博士正在申请

研究生三年中花了一年多时间用MS算了MD和DFT。因为以后可能要用到lammps所以打算学一下。

目前在32位win7尝试安装运行成功,但接下来不知道该干嘛了,是先学着把win7换成乌班图并配置环境呢还是先学学in文件?没有人带领,只能自己摸索。

希望Sob老师能给些意见和建议

谢谢

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发表于 Post on 2016-4-1 21:59:03 | 只看该作者 Only view this author

作业老是没算完就停止

作业老是没算完就停止,是什么原因?也没有显示出错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-2 02:34:20 | 只看该作者 Only view this author
jlx_ 发表于 2016-4-1 13:02
马上要研究生毕业了,博士正在申请

研究生三年中花了一年多时间用MS算了MD和DFT。因为以后可能要用到lam ...

Linux是计算离不开的,建议先在win7里装个vmware虚拟机,在里面装CentOS或RHEL系统,把Linux的操作熟悉熟悉。vmware虚拟机里可以建立镜像,也不必担心把系统玩坏,瞬间就能恢复。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-2 02:36:06 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-4-1 21:59
作业老是没算完就停止,是什么原因?也没有显示出错

没具体信息没法说。
首先把运行条件、运行的任务说得尽可能清楚
既可能程序bug,也可能机子不稳定,也可能程序和硬件有兼容性问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-2 02:52:38 | 只看该作者 Only view this author
chunhuaqiushi 发表于 2016-4-1 11:27
评审要求计算吉布斯自由能讨论系统稳定性,该找到哪些能量,进行计算呢? 这是评审意见: The way the auth ...

默认是298.15K下做热力学分析
你直接取Sum of electronic and thermal Free Energies=就完了,后面的值就是当前级别下的吉布斯自由能。

如果你要用MP2单点能加上B3LYP的吉布斯热力学校正能来得到体系的自由能,就用MP2能量加上这里的Thermal correction to Gibbs Free Energy=后面的值。
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发表于 Post on 2016-4-2 07:51:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-2 02:52
默认是298.15K下做热力学分析
你直接取Sum of electronic and thermal Free Energies=就完了,后面的值 ...

多谢了,我看到一篇文献也是这样的。如果我还要考虑零点校正,是不是再加上零点校正能就可以了。

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