计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1111#
发表于 Post on 2016-4-3 11:52:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 11:43
1 不是。热力学校正量是对电子能量(单点能)进行校正的各种量,ZPE也是其一。0K到298K的差值那是温度 ...

非常感谢sob老师的解答

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1112#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 13:17:14 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-29 20:52
找过渡态,老是出现如下错误,从结果发现,找过渡态的过程更像是结构优化的过程,这是怎么回事?没有一点过 ...

如果你用opt=TS找过渡态,在opt里同时写上cartesian改用笛卡尔坐标来搜索过渡态就行了。你的情况往往是寻找过渡态中途某三、四个原子排成直线所致,此时用默认的冗余内坐标会出现这样的报错。

本来找过渡态用的算法和几何优化就大同小异,参看
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

40

帖子

0

威望

3916

eV
积分
3956

Level 5 (御坂)

1113#
发表于 Post on 2016-4-3 14:24:31 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-3 11:14
个人感觉MS似乎好一些吧

MS visualizer不是免费的吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1114#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:42:57 | 只看该作者 Only view this author
非柳暗花明 发表于 2016-3-24 10:47
两个带电的分子的输入文件怎么写?比如 亚铁Fe2+ 和 过硫酸根S2O82-,能直接在GView中直接画吗?

没法画。高斯中计算也只能定义整个体系的电荷,没法指定某个部分带多少电荷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1115#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:45:13 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-3-24 12:51
sob老师:
   您好!能不能请教您两个问题:1.找到的过渡态有两个虚频,一个很大,是想要的振动模式,另一 ...

1 用int=ultrafine结合tight收敛限,还不成就calcall。

2 这种体系用ONIOM很糟糕,甭用。想节约时间用混合基组就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1116#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:47:27 | 只看该作者 Only view this author
renleibeth 发表于 2016-3-24 14:57
请问如果用QST2寻找过渡态,反应物和生成物的结构要不要优化?章永凡的PPT上讲不能使用优化后的结构。但是我 ...


一般最好使用优化后的结构,用较低级别粗略优化就够了。不要被网上乱七八糟的讨论和资料所误导,网上的中文资料绝大部分都是错的。
只有极少数体系不能用分别把反应物和产物优化,比如H-C-N向C-N-H的氢转移异构化,如果直接用优化后的结构(都是直线型),那么QST2自动插值产生的过渡态初始结构就严重不合理了(还是直线),而应当人为地把键角掰一点。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1117#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:49:31 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-3-24 22:44
请问sob老师,用orca,b3lyp计算体系几何结构和能量、波函数分析,体系含有Ca原子,对于这个体采用def2-SVP ...

对整个体系(即便包含Fe或Au),又简单又可靠的做法是先用def2-SVP优化,然后再用def2-TZVP算单点。
如果你想图便宜,Fe、Au可以用Lanl2DZ。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1118#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:55:02 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-3-25 17:35
请问老师,用orca计算一含过渡金属体系,遇到几个问题:
1.使用赝势ECP时,选取def2-SD和SDD哪个比较好?
...

1 都可以。注意一个明显差别是对第四周期,def2-SVP是全电子基组,SDD是赝势,后者速度快一些。
2 没有特殊必要的情况都用赝势。当你需要很准确考虑相对论效应,特别是旋轨耦合效应,或者需要明确将内核电子表现出来时才需要全电子基组结合ZORA/DKH。
3 可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1119#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:55:36 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-3-27 01:58
老师:您好!经常看到文献有人用化学硬度来衡量化学硬度,请问这个化学硬度大概多时可以说这种物质稳定呢? ...


用垂直的。
没有确切标准,通常用于横向讨论比较多,你也可以找一些比较稳定和不稳定的体系算算试试。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1120#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 14:57:51 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-3-29 10:49
如果想用D3BJ,小虚频可以不消吗?

小虚频可以不管,这不是优化的问题,而是D3BJ时频率计算的问题。
或者你用G09 E.01版算频率。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1121#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 15:01:11 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2016-3-29 09:17
你好,查了傅老师的文章,做Co-C键时使用这个泛函效果比较好,但是我的结构是Co-Co键,用TPSSTPSS泛函优 ...

TPSS对于Co-Co也是没问题的。不过对于过渡金属体系,我还是倾向于用比较稳妥的BP86。
1 DFT计算不用管自旋污染
2 如果这几种泛函(最好再考虑B3LYP*),结果都是6最低,你就把6当成基态。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

7

帖子

0

威望

29

eV
积分
36

Level 2 能力者

1122#
发表于 Post on 2016-4-3 16:02:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 节奏旅行家 于 2016-4-3 16:05 编辑

请问sob大大
能否用GaussView“强行”修改分子的对称性,由C2V改为Cs?我算的这个分子文献上说基态是C2V,优化后成了Cs,但是我怎么都算不成Cs...
这是文献的部分原文:The A˜1A1←X˜1A1Ã1A1←X̃1A1 electronic band system of H2C3H+ in a Ne matrix was first measured by Wyss et al.16 The band system, extending from 268 down to 240 nm, displayed a strong vibronic progression that was assigned to a CCH bending vibrational mode, implying a reduction of symmetry from the C2v ground state to a Cs excited state. The observed bands were relatively broad, possibly concealing weaker transitions.


这是文献网址:http://scitation.aip.org/content ... 8/10.1063/1.4935169


QQ截图20160403155258.jpg (79.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

QQ截图20160403155258.jpg

545

帖子

0

威望

5974

eV
积分
6519

Level 6 (一方通行)

1123#
发表于 Post on 2016-4-3 19:10:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 14:49
对整个体系(即便包含Fe或Au),又简单又可靠的做法是先用def2-SVP优化,然后再用def2-TZVP算单点。
如果 ...

多谢sob老师。有两个问题向您请教,1.有文献说,对于过渡金属掺杂体系用纯泛函BP86和杂化泛函PBE0很好,请问BP86,PBE0以及常用的B3LYP这三种方法如何选择?(主要过渡金属掺杂体系计算几何、能量、波函数分析)
2.另外orca中有两种B3LYP方法,即B3LYP(VWN5)和B3LYP/G(VWN3),这两种选哪个比较好

581

帖子

0

威望

1680

eV
积分
2261

Level 5 (御坂)

1124#
发表于 Post on 2016-4-3 22:47:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 11:14
那是因为数值太大,超过了输出时预留宽度所致

谢谢sob老师,能不能再问一个问题:惯性矩太大,显示星号,那么进行热力学计算,惯性矩的三个数值该写什么呀?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120180

管理员

公社社长

1125#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 01:12:53 | 只看该作者 Only view this author
节奏旅行家 发表于 2016-4-3 16:02
请问sob大大
能否用GaussView“强行”修改分子的对称性,由C2V改为Cs?我算的这个分子文献上说基态是C2V, ...

这么修改没意义。非要强行修改,你就调一下结构,破坏对称性使之降到Cs。但是如果C2V在当前计算级别下是极小点,优化后一般还会回到C2v。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 02:31 , Processed in 0.528052 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list