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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-2 11:33:00 | 只看该作者 Only view this author
chunhuaqiushi 发表于 2016-4-2 07:51
多谢了,我看到一篇文献也是这样的。如果我还要考虑零点校正,是不是再加上零点校正能就可以了。

不是再加上,Sum of electronic and thermal Free Energies这里面已经包含了ZPE。
最好看看此贴里的文档把基础知识搞明白
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
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发表于 Post on 2016-4-2 14:36:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教您一个问题。
审稿人问我计算焓和熵是否考虑了振动的贡献。
我不大明白这句话啥意思。我只是通过freq关键词得到了热力学参数,然后选择其中的sum of electronic and thermal energies和sum of ... enthalpies来作为物质的G和H,然后再求出反应过程对应的deltaG和deltaH。
一切都是用的高斯默认的。请问振动的贡献怎么才能看出来?默认的freq计算中,热力学参数考虑振动的贡献了吗?

非常感谢sob老师,好久不见甚是想念。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-2 14:57:16 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-2 14:36
sob老师,请教您一个问题。
审稿人问我计算焓和熵是否考虑了振动的贡献。
我不大明白这句话啥意思。我只 ...

考虑了。
用shermo程序还可以把每个振动模式的贡献分别输出出来:
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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发表于 Post on 2016-4-2 15:07:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-2 14:57
考虑了。
用shermo程序还可以把每个振动模式的贡献分别输出出来:
Shermo:计算气相分子配分函数和热力 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-4-2 23:27:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2016-4-8 14:43 编辑

sob老师:
     您好!

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发表于 Post on 2016-4-3 08:07:49 | 只看该作者 Only view this author

新手请教高人!!!

初学Gaussian,本人长了一个药物的两个含结晶溶剂的晶体,分别是DMF和DMA(结构相近),但是与化合物结晶形成的氢键不一样,故采用文献方法,计算Opt+freq,想看一下两者有什么区别,但是计算到如图阶段(见附件),就一直停留在那,在不知错在哪里,请高手指教,先谢谢了!

1.docx

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发表于 Post on 2016-4-3 09:33:51 | 只看该作者 Only view this author
请问为了比较构型差异,如何在gview中重叠画出两个分子?

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发表于 Post on 2016-4-3 10:11:08 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,结构优化得到的能量E(B3LYP)、单点能计算得到的能量、freq计算得到的ZPE三者之间是什么关系啊?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 11:14:29 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-4-2 23:27
sob老师:
     您好!我想用您的程序计算热力学数据,但是我在高斯输出文件中找Principal axes and momen ...

那是因为数值太大,超过了输出时预留宽度所致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 11:14:49 | 只看该作者 Only view this author
asdf 发表于 2016-4-3 09:33
请问为了比较构型差异,如何在gview中重叠画出两个分子?

gview做不到,可以用此文的方法
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
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asdf 发表于 2016-4-3 09:33
请问为了比较构型差异,如何在gview中重叠画出两个分子?

个人感觉MS似乎好一些吧

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lastzealot 发表于 2016-4-3 10:11
请问sob老师,结构优化得到的能量E(B3LYP)、单点能计算得到的能量、freq计算得到的ZPE三者之间是什么关系啊 ...

结构优化最后一次输出的能量,和对最终结构在相同级别算的单点能是一致的。
freq给出的ZPE是对前者的热力学校正,加上了它就是0K下的内能(等价于0K下的焓、吉布斯自由能)
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发表于 Post on 2016-4-3 11:25:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 11:15
结构优化最后一次输出的能量,和对最终结构在相同级别算的单点能是一致的。
freq给出的ZPE是对前者的热 ...

首先感谢sob老师

(1)您的意思是所谓热力学校正就是从0K下的ZPE到298K下的G H所需要增加的那部分,是吧?

(2)我按照您以前告诉我的scan的方法(opt=modredundant),计算了一个键由2.50A变化至3.50A过程中能量的变化(deltaE=6kcal/mol),按照您的回复这应该是该级别下的单点能的变化趋势。我不想再逐一的计算freq得到G,那样太麻烦。那么deltaG的变化量是否与deltaE相当呢?如果相当,就可以说deltaG也约等于6kcal/mol了。不知道我是否说明白了。

谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 11:43:33 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-3 11:25
首先感谢sob老师

(1)您的意思是所谓热力学校正就是从0K下的ZPE到298K下的G H所需要增加的那部分,是 ...


1 不是。热力学校正量是对电子能量(单点能)进行校正的各种量,ZPE也是其一。0K到298K的差值那是温度产生的热贡献。

2 这种问题本来就适合用单点能讨论。用deltaG会有一定区别,因为对应键振动的那个模式在这个过程中产生的热贡献会发生很大变化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-3 11:47:19 | 只看该作者 Only view this author
mars936 发表于 2016-4-3 08:07
初学Gaussian,本人长了一个药物的两个含结晶溶剂的晶体,分别是DMF和DMA(结构相近),但是与化合物结晶形 ...

看任务管理器,应当高斯还在算着。你这个体系较大,而你的机子至多也就是4核,算起来会很慢,尤其是基组较大时。建议你总是用#P以能够监控SCF迭代过程,免得傻等着也不知道算了多少、是否SCF发生了震荡而白算。
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