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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 01:15:24 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-4-3 22:47
谢谢sob老师,能不能再问一个问题:惯性矩太大,显示星号,那么进行热力学计算,惯性矩的三个数值该写什 ...


你可以用Multiwfn的主功能100里的选项21来计算惯性矩,或者利用高斯输出的转动常数折算出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-4 01:18:28 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-4-3 19:10
多谢sob老师。有两个问题向您请教,1.有文献说,对于过渡金属掺杂体系用纯泛函BP86和杂化泛函PBE0很好 ...

参见
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
过渡金属体系不怎么建议用PBE0。B3LYP还可以,但BP86往往表现更好。结构、能量、波函数分析都适用。

B3LYP/G好
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发表于 Post on 2016-4-5 00:03:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2016-4-8 14:44 编辑

sob老师您好!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-5 00:26:27 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2016-4-5 00:03
sob老师您好!能不能问您几个问题?一般情况下闭壳层单重态能不能通过旋轨耦合跳到三重态?对于d0无价电子 ...


单重态原理上有可能通过非绝热过程跑到三重态(系间窜越)。那种配合物是否容易发生我不清楚
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发表于 Post on 2016-4-5 07:21:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-5 00:26
单重态原理上有可能通过非绝热过程跑到三重态(系间窜越)。那种配合物是否容易发生我不清楚

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-4-5 08:43:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-20 11:05

这是比较粗略的溶液下的自由能,要是想准确考虑,要把高精度单点能、合适级别下计算的溶解自由能、 ...

请问,可以甩两篇用这种精确方法计算溶液下自由能的文献吗?我只找到了这篇“Universal solvation model based on solute electron density and a continuum model of the solvent defined by the bulk dielectric
constant and atomic surface tensions”,是有关SMD的,麻烦您了。。

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发表于 Post on 2016-4-5 10:17:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-3 14:42
没法画。高斯中计算也只能定义整个体系的电荷,没法指定某个部分带多少电荷

哦,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-5 12:03:54 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2016-4-5 08:43
请问,可以甩两篇用这种精确方法计算溶液下自由能的文献吗?我只找到了这篇“Universal solvation model  ...


比如Struct Chem (2014) 25:1521–1533
自己查阅引用SMD原文的文献也能很容易找到
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sobereva 发表于 2016-4-3 11:47
看任务管理器,应当高斯还在算着。你这个体系较大,而你的机子至多也就是4核,算起来会很慢,尤其是基组 ...

谢谢

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发表于 Post on 2016-4-5 23:00:53 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,室温下自发反应的能垒是多少kcal/mol?有文献参考吗?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-6 00:30:45 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-5 23:00
请问sob老师,室温下自发反应的能垒是多少kcal/mol?有文献参考吗?
谢谢老师。

没有严格的界定,Computational Chemistry-A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems一书第17章说是21kcal/mol,但实际上有这么高的势垒,反应速率常数已经很低了。
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sobereva 发表于 2016-4-5 12:03
比如Struct Chem (2014) 25:1521–1533
自己查阅引用SMD原文的文献也能很容易找到

知道啦,谢谢~~

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发表于 Post on 2016-4-6 11:35:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2016-4-8 14:45 编辑

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-4-7 18:37:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!请教您一下:我通过计算氧气在金属团簇上的吸附,发现氧气的键长从气相中的1.23埃变化到1.26-1.41埃不等,我想判断超氧根离子和过氧根离子之间的界限,通过参考文献,发现文献上说超氧根离子键长在1.37-1.42埃之间,同时也用了键级进行判定。我计算了Mayer键级,发现键长为1.26埃的,键级为1.38(接近超氧根离子),而键长增加到1.41埃(超氧根离子)时,键级为0.94(接近过氧根离子),这明显与文献的结果相差较大。不知是哪里出了问题?还有,如何能够更好的区别超氧根和过氧根这两个物种?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-7 18:45:28 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-4-7 18:37
sob老师您好!请教您一下:我通过计算氧气在金属团簇上的吸附,发现氧气的键长从气相中的1.23埃变化到1.26- ...

那个文献具体情况我不清楚,二者关键差别是相差一个电子,可以通过计算O2所带电荷来考察应该属于哪种。
和文献比较的话,也得注意计算级别、计算体系是否有可比性。
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