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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-4-7 19:47:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-4-7 19:49 编辑

帮人优化如下反应的过渡态,优化过程震荡。

使用的路径,具体输入输出见附件:
  1. #p m062x/tzvp opt=calcfc,noeigentest,ts) int=ultrafine freq empiricaldispersion=gd3
复制代码
(上传的输入文件中有些其他的关键词,是脚本自动加上去的,如nofreeze、5d 7f、nosymm,可忽略)

已尝试的无效的解决方法:

  • maxstep=3, notrust
  • calcall
  • calcall, maxstep=1, notrust
  • calcall, maxstep=1, notrust; 并去掉 D3
  • 稍微改变初猜(初猜有镜面对称)

有什么其他可能解决此问题的方法么?




4_5_TS_Away_Fluc_Max1.zip (191.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-7 19:54:55 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-4-7 19:47
帮人优化如下反应的过渡态,优化过程震荡。
使用的路径,具体输入输出见附件:(上传的输入文件中有些其他 ...

对C-C做一下柔性扫描看看吧
也可以用B3LYP试试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-4-7 20:46:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-7 19:54
对C-C做一下柔性扫描看看吧
也可以用B3LYP试试

好,我试一下~~十分感谢~~

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发表于 Post on 2016-4-7 20:59:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-7 18:45
那个文献具体情况我不清楚,二者关键差别是相差一个电子,可以通过计算O2所带电荷来考察应该属于哪种。
...

谢谢sob老师,文献的金属团簇和我做的是一样的,文献采用的是Gaussian,B3PW91,LANL2DZ和6-311G-(d)基组,我采用的是ORCA,B3LYP,DEF2-tzvp基组,文献的团簇大小是n=2-6,我做的是在此基础上增大到n=27,应该是有可比性的吧,sob老师?同时,我计算了NPA电荷,发现O2的电荷分布在-0.29到-0.78,并且随着O-O键长的增加,O2上的电荷越负,这个趋势是正确的,有个疑问就是超氧根和过氧根之间相差一个电子,但NPA电荷由于金属与O之间的共价成分,使得O2的电荷不可能是-1或者-2,那么根据电荷分析的话,这两种离子之间的界限怎么判断?不知道我说清楚没?谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2016-4-7 21:06:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-6 00:30
没有严格的界定,Computational Chemistry-A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Pr ...

非常感谢sob老师的帮助

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发表于 Post on 2016-4-7 21:11:20 | 只看该作者 Only view this author
我想咨询sob老师一个问题。
有反应A+B-->C+D,想计算一下反应的deltaG deltaH deltaS
原先我用的方法是把每一个都进行优化,然后用生成物的G H减去反应物的G H就得到了deltaG deltaH 然后deltaS=(1/T)(deltaH-deltaG)

现在听朋友说需要把反应物放在一起,二者距离>10A;生成物放在一起,二者距离>10A。然后在把G和H相减。

请问这两种方法哪一种靠谱呢?

我尝试了一下这种放在一起算的方法,把原先优化好的结构放在一起,距离>10A,然后没有进行优化直接计算freq,结果出现了很多虚频!
我不知道这是怎么回事。难道还需要再优化一次?如果直接用这个有虚频的结构的热力学参数,会不会有问题?

谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-7 22:56:37 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-4-7 20:59
谢谢sob老师,文献的金属团簇和我做的是一样的,文献采用的是Gaussian,B3PW91,LANL2DZ和6-311G-(d)基组 ...

这两种离子,实际上只有离子性很强化合物中的情况,或者孤立存在时,有明确的电荷值,才能明确划分,相当于是极限情况。而有共价作用的话,并没有什么标准来区分这两种东西。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-7 22:59:02 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-7 21:11
我想咨询sob老师一个问题。
有反应A+B-->C+D,想计算一下反应的deltaG deltaH deltaS
原先我用的方法是把 ...

你原先的做法是对的。你那个朋友的做法并没有什么意义,因为实际中并不可能超过10埃了还维持束缚态而需要当做整体看待,并作为整体计算平动、转动对热力学量的贡献。
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发表于 Post on 2016-4-7 23:51:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-7 22:59
你原先的做法是对的。你那个朋友的做法并没有什么意义,因为实际中并不可能超过10埃了还维持束缚态而需要 ...

首先谢谢老师的解答
那个朋友提到了“自由度”的概念。他说放在一起算自由度会统一,这样算熵会更准确。
我不懂自由度是啥,但是按照我原先的计算,deltaS和实验值并不能吻合,但是deltaG的趋势还是没有错误。
请问老师自由度是什么?得到一个准确的熵变应该如何做?比较计算和实验的熵变有意义吗?
谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-4-8 11:30:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-7 22:56
这两种离子,实际上只有离子性很强化合物中的情况,或者孤立存在时,有明确的电荷值,才能明确划分,相当 ...

恩,是,谢谢sob老师!老师辛苦了!

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lastzealot 发表于 2016-4-7 23:51
首先谢谢老师的解答
那个朋友提到了“自由度”的概念。他说放在一起算自由度会统一,这样算熵会更准确。 ...


自由度大抵他的意思就是平动、转动模式数目

他那么做绝对不会更准确(除非你算的是A+B和C+D复合物),因为你计算的是无限远离的A和B,变化成为无限远离的C和D,就独立算ABCD就完了。
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发表于 Post on 2016-4-8 15:37:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-8 12:00
自由度大抵他的意思就是平动、转动模式数目

他那么做绝对不会更准确(除非你算的是A+B和C+D复合物) ...

谢谢老师指导

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发表于 Post on 2016-4-8 15:43:14 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-4-7 19:47
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请问noeigentest起什么作用?D3在这么小的结构中作用明显吗?

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发表于 Post on 2016-4-8 16:25:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-7 19:54
对C-C做一下柔性扫描看看吧
也可以用B3LYP试试

问题解决了。B3LYP一样不能成功。最终通过柔性扫描确定了鞍点的大致范围后,以之为初猜,用 calcall maxstep=1 最终找到了一个活化能为 4.4 kJ/mol 的过渡态。十分感谢~~


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发表于 Post on 2016-4-10 20:08:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,最近用朋友的服务器,用nohup g09 < x.gjf > .out命令,但是每次一开始就停掉,结果显示
Error: interrupt
   rax 0000000000000005, rbx 0000000000000003, rcx 0000000000000002
   rdx 0000000000000002, rsp 00007fffb05957b0, rbp 00007fffb0595a20
   rsi 00002b94b8e84e50, rdi 0000000000000004, r8  00002b94b8e81108
   r9  0000000000000002, r10 0000000000000008, r11 00002b94b8e83b58
   r12 0000000000000005, r13 00002b94b8ec1328, r14 0000000000000000
   r15 000000000000000a
  --- traceback not available
请问这是为什么呀
谢谢老师

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