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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-5-18 10:04:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-18 00:09
不是几句话就能说明白的问题,尤其是涉及到不少图片和文件的问题,应当单独发主帖咨询

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2020-5-18 10:27:38 | 只看该作者 Only view this author
thanhtam 发表于 2020-5-17 21:25
请阅读手册5.79.2节

好的谢谢老师~

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发表于 Post on 2020-5-18 11:29:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-18 00:11
对于对比中性和带电体系,看gap并不太靠谱,没什么意义。而且还牵扯到得失电子的难易程度问题
如果明确 ...

谢谢sob老师!

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10984#
发表于 Post on 2020-5-18 12:09:56 | 只看该作者 Only view this author

请问下基组和输入文件有问题吗?还可以继续跑下去吗?

刚刚开始学高斯,用这个输入文件跑了一次带Ru元素的四价阳离子目前还没有报错,想请问下会不会有问题?应该继续等下去吗?附上我的结构和文件。谢谢 dimer-opt copy.gjf (10.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
dimer-opt copy.log (399.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)


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发表于 Post on 2020-5-18 12:33:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-5-18 12:42 编辑

没有指定nprocs,只用一个核,当然慢了

过渡金属可以用更高级的基组,见http://sobereva.com/373

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发表于 Post on 2020-5-18 16:45:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zoey 于 2020-5-18 16:51 编辑

老师,做irc时XYZ坐标和内坐标表示跑出来的irc是不是不一样的?我的irc读过渡态的check跑出来的没找到中间体直接到了反应物,用内坐标irc结果会不会就不一样了?还有,这个体系的计算都用的高斯09版本,组里老师让我用高斯16做irc试试,16版本的高斯对计算有改善吗

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发表于 Post on 2020-5-18 16:48:27 | 只看该作者 Only view this author
zoey 发表于 2020-5-18 16:45
老师,做irc时XYZ坐标和内坐标表示跑出来的irc是不是不一样的?我的irc读过渡态的check跑出来的没找到中间 ...

是一样的

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发表于 Post on 2020-5-18 21:42:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naonao5205 于 2020-5-18 22:26 编辑

sob老师您好,请问使用def2-TZVP基组对仅有一个F带负电的硼团簇和芳香硼体系结构优化合适吗?还有就是您建议的硼团簇使用TPSSh泛函,文献中也是这么做的,但是我的体系除了硼团簇还有B-Ar需要进行横向比较,是否应该选取偏向性不那么强的M06-2X或者wB97XD或者pbe0进行结构优化呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 22:31:02 | 只看该作者 Only view this author
yayaishaha 发表于 2020-5-18 12:09
刚刚开始学高斯,用这个输入文件跑了一次带Ru元素的四价阳离子目前还没有报错,想请问下会不会有问题?应该 ...

继续等着
CPU慢,或者没设置并行计算自然会超慢,当前体系已经算是挺大了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 22:33:38 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-5-18 21:42
sob老师您好,请问使用def2-TZVP基组对仅有一个F带负电的硼团簇和芳香硼体系结构优化合适吗?还有就是您建 ...

合适
可以不用TPSSh,你说的那几个也合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 22:34:57 | 只看该作者 Only view this author
zoey 发表于 2020-5-18 16:45
老师,做irc时XYZ坐标和内坐标表示跑出来的irc是不是不一样的?我的irc读过渡态的check跑出来的没找到中间 ...

一样
G16在IRC方面比G09没任何改进
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 22:45:34 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-5-18 02:40
Sob老师,抱歉又麻烦您了,我想再请教一下关于IRC与过渡态的问题:

我的反应过程是气体小分子上的一个原 ...

不要用IS、FS这种不常见的缩写

过渡态的虚频只体现TS那一瞬间的情况,不足以全面描述整个反应的完整状况。既然跑了IRC,分析讨论就以IRC看到的现象为准

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发表于 Post on 2020-5-20 11:12:48 | 只看该作者 Only view this author

二体优化结构图怎么画

怎样绘制二体优化结构图以及分子图呢?十分感谢!

科音.png (13.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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发表于 Post on 2020-5-20 16:16:53 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对于弱相互作用,主体与客体之间发生电子转存在几个疑问:
1.有文献中提及电子的转移使得化学键或者主体被极化,从而与客体间发生弱相互作用,电子无论从哪一方转移都会产生极化作用吗?是接受电子的一方被极化吗?
2.电子转移多少与作用的强弱等方面有直接的关联吗?
非常感谢!

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发表于 Post on 2020-5-20 16:22:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2020-5-20 16:59 编辑

请问,GAUSSIAN或者其他量子化学软件可以计算哪些实验可以验证的属性?光电子能谱,自由能?

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