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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-5-20 23:32:50 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,学生新近接触ORCA,提交使用如下命令的计算:
! B3LYP/G D3 def2-TZVP def2/JK RIJK opt freq tightSCF noautostart miniprint nopop
然而计算中止并输出warning:
WARNING: Analytical Hessian not available with RIJK approximation
       : If you want approximation for Coulomb AND Exchange please choose RIJCOSX!
  ===> : Skipping actual calculation

[file orca_main/mainchk.cpp, line 3744]: Error (ORCA_MAIN): ... aborting the run

想向您咨询一下这个意思是RIJK无法进行freq的计算吗?如果是的话,RIJK可以进行numfreq的计算吗?谢谢!

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发表于 Post on 2020-5-20 23:53:51 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2020-5-20 23:32
老师您好,学生新近接触ORCA,提交使用如下命令的计算:
! B3LYP/G D3 def2-TZVP def2/JK RIJK opt freq t ...

RI-J COSX他不香嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 06:55:51 | 只看该作者 Only view this author
我问问 发表于 2020-5-20 11:12
怎样绘制二体优化结构图以及分子图呢?十分感谢!

gview直接就能画结构。
虚线、数字是作者自行ps的
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 06:56:20 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2020-5-20 23:32
老师您好,学生新近接触ORCA,提交使用如下命令的计算:
! B3LYP/G D3 def2-TZVP def2/JK RIJK opt freq t ...

用RIJK自找麻烦。numfreq远比freq昂贵得多得多,精度还差。用RIJCOSX就完了,功能限制少,对于中、大体系还明显比RIJK快。
不懂ORCA就用以下方式产生,别自己瞎写
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 06:57:50 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2020-5-20 16:22
请问,GAUSSIAN或者其他量子化学软件可以计算哪些实验可以验证的属性?光电子能谱,自由能?

多了去了,几句话列举不完,上百种都有。你说的这俩都可以

光电子谱看
使用Multiwfn绘制光电子谱
http://sobereva.com/478http://bbs.keinsci.com/thread-13013-1-1.html

自由能和各种热力学量看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 07:00:51 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-5-20 16:16
请问sob老师,对于弱相互作用,主体与客体之间发生电子转存在几个疑问:
1.有文献中提及电子的转移使得化 ...

1 这种说法不当。即便忽略极化作用,照样有弱相互作用。通常极化作用对弱相互作用起到的贡献是相当小的,看此文对氢键弱相互作用本质的讨论
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
电子转移和极化也是两码事,没有必然联系

2 看具体情况。电荷转移对弱相互作用通常贡献得并不大,所以从相关性上来说,和总相互作用能关系也不算特别好。
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发表于 Post on 2020-5-21 10:03:03 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-20 23:53
RI-J COSX他不香嘛?

老师您好,主要是因为在使用RIJCOSX需要指定Gridx(论坛上有人测试表明默认的Gridx效果不是很好。),而Gridx的具体取值各种帖子从4到9都出现过,个人目前不是很能掌控,因而就想用RIJK规避一下,没想到还会有这种问题。

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发表于 Post on 2020-5-21 10:05:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-21 06:56
用RIJK自找麻烦。numfreq远比freq昂贵得多得多,精度还差。用RIJCOSX就完了,功能限制少,对于中、大体系 ...

老师您好,感谢您的答复。选用RIJK主要是因为在使用RIJCOSX需要指定Gridx(论坛上有人测试表明默认的Gridx效果不是很好。),而Gridx的具体取值各种帖子从4到9都出现过,个人目前不是很能掌控,因而就想用RIJK规避一下,没想到还会有这种问题。
另外还想咨询一下,ORCA中要如何指定同位素呢?例如将第一个原子(是一个碳原子)指定为碳13。谢谢!

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发表于 Post on 2020-5-21 22:17:40 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2020-5-21 10:05
老师您好,感谢您的答复。选用RIJK主要是因为在使用RIJCOSX需要指定Gridx(论坛上有人测试表明默认的Grid ...

同位素看手册7.3节

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发表于 Post on 2020-5-22 10:27:20 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算电脑内存怎么选择

大家好,我想请教一下用高斯计算时电脑内存怎么设置,如果不设置的话,它会是多少呢?谢谢啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-22 11:01:44 | 只看该作者 Only view this author
哥本哈根026 发表于 2020-5-22 10:27
大家好,我想请教一下用高斯计算时电脑内存怎么设置,如果不设置的话,它会是多少呢?谢谢啦

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-22 11:02:42 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2020-5-21 10:05
老师您好,感谢您的答复。选用RIJK主要是因为在使用RIJCOSX需要指定Gridx(论坛上有人测试表明默认的Grid ...

别想多了。在实际研究中用RIJK的弊远大于利
直接用Multiwfn产生ORCA输入文件,里面的gridx的设置对于绝大多数情况都是适合的
极偶然碰到异常的时候再考虑提升gridx
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发表于 Post on 2020-5-22 13:17:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-22 11:01
仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/thre ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-5-22 22:56:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-22 11:02
别想多了。在实际研究中用RIJK的弊远大于利
直接用Multiwfn产生ORCA输入文件,里面的gridx的设置对于绝 ...

谢谢卢老师!
您的程序真的很好用!

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发表于 Post on 2020-5-24 13:55:11 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在Gaussian 09-e01版本,B3LYP-D3/6-311G(d)的计算水平下优化结构,出现了103错误,Maximum of*** iterations exceeded in RedStp。但是构型优化是正常结束的。我将最后一步提出来单独计算频率,仍然是这个结果,换到d01里也是这样。请问该如何解决呢?

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