简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-7 10:58:01

LPY12345 发表于 2020-10-7 08:14
算单点时的基组往往选的比几何优化振动分析大一点，请问老师，如果只谈赝势基组的话，我在几何优化时赝势用 ...

可以，不过这种情况下建议同时提高一下泛函的级别，比如几何优化用的杂化泛函，单点能计算可以用双杂化泛函，相当于是基组可提高的空间有限，所以你可以投入更多的计算资源在泛函上。如果你用ORCA，甚至可以用DLPNO-CCSD(T)

劲仔小鱼干 · 发表于 Post on 2020-10-7 11:16:33

wzkchem5 发表于 2020-10-7 10:49
你起码得给出你的scan coordinate的定义，我们才能讨论

您好！不好意思，我做的是激发态分子内氢键的势能曲线

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-7 12:45:31

劲仔小鱼干发表于 2020-10-7 11:16
您好！不好意思，我做的是激发态分子内氢键的势能曲线

scan coordinate是O-H键键长还是N-H键键长？
基态结构是O-H成键还是N-H成键？

劲仔小鱼干 · 发表于 Post on 2020-10-7 12:52:25

wzkchem5 发表于 2020-10-7 12:45
scan coordinate是O-H键键长还是N-H键键长？
基态结构是O-H成键还是N-H成键？

是O-H键长，基态结构是O-H成键

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-7 13:49:23

劲仔小鱼干发表于 2020-10-7 12:52
是O-H键长，基态结构是O-H成键

那就是说明，当分子激发到激发态上以后，氢会自动从O上跑到N上，激发态的稳定结构是形成N-H键。这可能会导致荧光的Stokes位移很大，但不一定导致荧光猝灭，因为荧光猝灭是S1到S0的过程，而你只研究了S1。还需要对激发态稳定结构的内转换过程有了解，才能知道这个激发态质子转移过程是否明显加速了荧光猝灭

劲仔小鱼干 · 发表于 Post on 2020-10-7 22:28:04

wzkchem5 发表于 2020-10-7 13:49
那就是说明，当分子激发到激发态上以后，氢会自动从O上跑到N上，激发态的稳定结构是形成N-H键。这可能会 ...

非常感谢您的回复！

还有个问题想请教一下：从S1-S0态，是指分析激发态势能曲线能量最低点的优化后的结构吗？可以通过什么方法来判断激发态稳定结构是否发生了内转换呢？有相关的文献可以分享一下吗？

非常感谢您的回复！对我的帮助很大！

AndrewX · 发表于 Post on 2020-10-8 02:23:20

请问输出文件最后出现如下情况是什么原因？我算的是铀酰和有机配体跑IRC。在网上查询了有人说是因为内存不够大，有人说是chk文件太大。我的chk文件为8192KB。
Number          0
Base       131072
End       262144
End1       262144
Wr Pntr    131072
Rd Pntr    131072
Length    131072
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

输入文件如下：
%chk=A.chk
%nprocshared=8
%mem=16GB
# irc=(calcfc,lqa,maxpoints=40,stepsize=20) freq b3lyp/genecp scf=(novaracc,noincfock,conver=6)

Title Card Required

-1 1
坐标

U 0
SDD
****
H C O Cl 0
6-31+G*
****

U 0
SDD

AndrewX · 发表于 Post on 2020-10-8 02:30:56

AndrewX 发表于 2020-10-8 02:23
请问输出文件最后出现如下情况是什么原因？我算的是铀酰和有机配体跑IRC。在网上查询了有人说是因为内存不 ...

打开输出文件后显示如下：

把输出文件中任务正常结束后又接着算的那部分文字删掉后就能用高斯view打开了，如下图，下图是因为过渡态没有找准吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 09:50:51

劲仔小鱼干发表于 2020-10-7 22:28
非常感谢您的回复！

还有个问题想请教一下：从S1-S0态，是指分析激发态势能曲线能量最低点的优化后的 ...

可以看一下帅志刚老师的文章。我手头没有什么这方面的基础的学习材料可以分享

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 09:52:52

AndrewX 发表于 2020-10-8 02:23
请问输出文件最后出现如下情况是什么原因？我算的是铀酰和有机配体跑IRC。在网上查询了有人说是因为内存不 ...

不一定是chk文件太大，也可能是其他临时文件（rwf）太大
你的分子有多大？有铀这么重的元素的话，没准100多个原子一般机器就已经算不动频率了

AndrewX · 发表于 Post on 2020-10-8 12:18:29

wzkchem5 发表于 2020-10-8 09:52
不一定是chk文件太大，也可能是其他临时文件（rwf）太大
你的分子有多大？有铀这么重的元素的话，没准10 ...

体系不大，就是U和有机酸配体，一共就不到三十个原子。
请问rwf文件在哪里看呢？我只有chk和log文件。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 12:40:09

AndrewX 发表于 2020-10-8 12:18
体系不大，就是U和有机酸配体，一共就不到三十个原子。
请问rwf文件在哪里看呢？我只有chk和log文件。

在scratch目录下，取决于你把高斯的scratch目录设在了哪里。
不到30个原子应该不至于算不动，你检查一下你的硬盘是不是快满了

AndrewX · 发表于 Post on 2020-10-8 13:16:52

wzkchem5 发表于 2020-10-8 12:40
在scratch目录下，取决于你把高斯的scratch目录设在了哪里。
不到30个原子应该不至于算不动，你检查一下 ...

我是在超算里计算的，如何看超算硬盘里的高斯scratch目录呢？

AndrewX · 发表于 Post on 2020-10-8 17:50:43

wzkchem5 发表于 2020-10-8 12:40
在scratch目录下，取决于你把高斯的scratch目录设在了哪里。
不到30个原子应该不至于算不动，你检查一下 ...

您好，我在超算中找到了scratch目录，如下，rwf文件的确非常大，那我该怎么做呢？是把整个目录清空还是只删除rwf文件？感谢您的回复。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 18:28:02

AndrewX 发表于 2020-10-8 17:50
您好，我在超算中找到了scratch目录，如下，rwf文件的确非常大，那我该怎么做呢？是把整个目录清空还是只 ...

如果这个目录里全都是高斯的临时文件（换句话说你没有在和其他程序共用scratch目录），且没有正在跑的高斯任务，那么全部删掉就好。

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