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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-10-8 21:16:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-8 18:28
如果这个目录里全都是高斯的临时文件(换句话说你没有在和其他程序共用scratch目录),且没有正在跑的高 ...

您好,我把scratch目录下内容全删了,然后重新跑任务,和之前结果一模一样,生成的rwf文件很大,20多万KB,这不是陷入死循环了吗?

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发表于 Post on 2020-10-8 22:40:23 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-8 21:16
您好,我把scratch目录下内容全删了,然后重新跑任务,和之前结果一模一样,生成的rwf文件很大,20多万KB ...

那估计不是硬盘问题了,因为你硬盘能装得下好几个这么大的rwf文件,现在只剩一个,所以硬盘肯定没满。
我看一下你的输出文件?你之前贴了打开输出文件的截图,但我这里一直加载不出来,建议把文件直接贴附件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2020-10-9 10:38:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:40
那估计不是硬盘问题了,因为你硬盘能装得下好几个这么大的rwf文件,现在只剩一个,所以硬盘肯定没满。
...

麻烦您帮忙看下输入输出文件,谢谢。log文件压缩了。

1.zip

81.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

1.gjf

921 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2020-10-9 11:10:03 | 只看该作者 Only view this author
老师 请问用shermo算分子在溶剂下的构象权重比例的时候,我知道单点能是需要溶剂下计算的结果,那优化振动的输出文件是用气相下的还是溶剂条件下的呢

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发表于 Post on 2020-10-9 11:23:34 | 只看该作者 Only view this author
wangchunchun 发表于 2020-10-9 11:10
老师 请问用shermo算分子在溶剂下的构象权重比例的时候,我知道单点能是需要溶剂下计算的结果,那优化振动 ...

都可以,如果溶剂中优化出来的结构和气相的结构没有定性区别的话。

如果有,就用溶剂里的

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发表于 Post on 2020-10-9 11:46:52 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2020-10-9 10:38
麻烦您帮忙看下输入输出文件,谢谢。log文件压缩了。

大概明白了,情况应该是这样的:
IRC和Freq不能在一个输入文件里做,必须先做Freq,再在一个单独的输入文件里做IRC。
你在同一个输入文件里又做IRC又做Freq,程序先做了IRC,IRC跑完了试图做Freq,但是因为IRC产生的chk文件Freq不认,所以报错,你可以看到接近结尾的地方报Operation on file out of range.说明有些本该在chk文件里的内容找不到,读数据的时候读到文件外面去了。
以后贴报错信息的时候,不要简单贴最后几行,要自己先往前翻,试图理解之前的报错信息(比如这里的Operation on file out of range)是什么意思,然后贴最有用的信息出来。最后几行常常没有任何参考价值。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2020-10-9 13:10:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-9 11:46
大概明白了,情况应该是这样的:
IRC和Freq不能在一个输入文件里做,必须先做Freq,再在一个单独的输入 ...

原来是这样,犯了个很低级的错误,惭愧,太感谢您的回复了,对我的帮助非常大!

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发表于 Post on 2020-10-9 17:00:13 | 只看该作者 Only view this author

gaussian安装之后运行出现报错求助

本人gaussian初学者,按照sob老师博文安装方法安装了gaussian,运行的时候出现如下情况,其中报错图片,.bashrc设置情况如图 请老师指教问题出在哪里

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发表于 Post on 2020-10-9 17:12:32 | 只看该作者 Only view this author
该文件夹下没有1.gjf这文件

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发表于 Post on 2020-10-9 17:14:25 | 只看该作者 Only view this author
你在你输入文件的文件夹下用g09啊,你在高斯的程序目录下面运行啥?

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发表于 Post on 2020-10-9 17:23:59 | 只看该作者 Only view this author
谢谢二位老师的回复,我cd到1.gjf文件所在目录/home/zn这,然后g09 <1.gjf> 1.out,显示的结果是bash: g09: command not found...

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发表于 Post on 2020-10-9 17:51:58 | 只看该作者 Only view this author
退出terminal重进

或者

source ~/.bashrc

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 17:53:40 | 只看该作者 Only view this author
小米奇 发表于 2020-10-9 17:00
本人gaussian初学者,按照sob老师博文安装方法安装了gaussian,运行的时候出现如下情况,其中报错图片,.ba ...

第一个图显然1.gjf不在当前目录,提示说得非常明白

g09: command not found显然是Gaussian没恰当安装,仔细一个字一个字读此文,说得没法更清楚
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 19:55:58 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-10-4 15:34
老师,输出文件已经上传,请老师看下

Cycle后面空格写少了,而且被搜索的字符之间有空格时要有双引号
写成
grep -A 4 "Cycle   1" new.log
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-9 20:00:22 | 只看该作者 Only view this author
LPY12345 发表于 2020-10-7 08:14
算单点时的基组往往选的比几何优化振动分析大一点,请问老师,如果只谈赝势基组的话,我在几何优化时赝势用 ...

def2-TZVP是基组,不是赝势。对第五周期开始的元素它是搭配Stuttgart赝势的赝势基组。表述应当严谨

优化用def-TZVP就足够了,没必要用带更多极化函数的def2-TZVP。
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