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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-4-14 21:44:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-14 21:43
对,gCP对整体和片段都应该用

哦,谢谢sob老师!非常感谢!

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发表于 Post on 2016-4-17 17:36:15 | 只看该作者 Only view this author
请问下采用AIM区别H键时候,看文献一般是同时看电子密度和拉普拉斯算子的大小范围,如图1.但是在看RDG原文中说道,拉普拉斯算子为负数,说明很强的作用;正数表弱作用,基于此才采用第二个特征值的符号结合电子密度来判断作用类型。
问题在于图1中的氢键判断是否漏了拉普拉斯为负数的情况。我看很多文献基本都是采用正值范围来划分AIM的临界点拉普拉斯算子

dsfsdfd.png (26.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

图1

图1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-17 18:05:19 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2016-4-17 17:36
请问下采用AIM区别H键时候,看文献一般是同时看电子密度和拉普拉斯算子的大小范围,如图1.但是在看RDG原文 ...


AIM那个判断是看拉普拉斯值(三个本征值总和)的大小,RDG是看第二大本征值。第二大本征值为负,不代表总拉普拉斯值为负,因为氢键BCP的为正值的那个本征值是较大的。所以并不矛盾。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-4-18 19:31:50 | 只看该作者 Only view this author
我做氧负离子和甲烷的反应。以氧和碳的距离为变量进行势能面扫描。
输入:
# mp2/6-31+G(d)  scan   nosymm

O-+CH4

-1,2,0,1,-1,2
C(fragment=1)              
H(fragment=1)                  1            B1
H(fragment=1)                  1            B2    2            A1
H(fragment=1)                  1            B3    3            A2    2            D1   
H(fragment=1)                  1            B4    3            A3    2            D2   
O(fragment=2)                  1            B5    3            A4    2            D3   

   B1             1.07000000
   B2             1.07000000
   B3             1.07000000
   B4             1.07000000
   B5             1.0  200  0.05
   A1           109.47120255
   A2           109.47125080
   A3           109.47121829
   A4           109.47121829
   D1          -119.99998525
   D2           120.00000060
   D3           120.00000060
为什么一运行就出错呢。到底是哪里的问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-18 22:19:52 | 只看该作者 Only view this author
renleibeth 发表于 2016-4-18 19:31
我做氧负离子和甲烷的反应。以氧和碳的距离为变量进行势能面扫描。
输入:
# mp2/6-31+G(d)  scan   nosy ...

逗号必须是半角的,你打成全角的了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-4-19 09:17:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-18 22:19
逗号必须是半角的,你打成全角的了

sobereva老师,我把逗号改掉以后,运行还是出错。出错提示如下:

Small interatomic distances encountered:      6     5
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in d:\G09\l202.exe at Tue Apr 19 08:51:36 2016.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

请问这是什么意思啊?麻烦老师给解释下,谢谢啦。

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发表于 Post on 2016-4-19 10:00:47 | 只看该作者 Only view this author

MO6 混合基组

我想问问,混合基组的作用是什么?为什么要用混合基组?什么情况下用混合基组?
像我看的一篇文献中,它的大的取代基与核心结构用的基组不一样,是因为取代基用小基组算可以节省机时吗?

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发表于 Post on 2016-4-19 10:35:01 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2016-4-19 10:53:11 | 只看该作者 Only view this author

关于Gau09计算溶剂化效应

[size=13.3333px]遇到两个问题,请各位老师不吝赐教
[size=13.3333px]1.计算溶剂化效应,SMD模型,自定义了氮氮二甲基甲酰胺(DMF),程序直接报错,请教遇到自定义溶剂,该如何写代码?
[size=13.3333px]2. 我获得了一个溶剂合物中含有两个溶剂分子,吡啶和水,遇到这种情况,如何计算溶剂化效应?
[size=13.3333px]谢谢大家了!

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发表于 Post on 2016-4-19 15:05:47 | 只看该作者 Only view this author
renleibeth 发表于 2016-4-19 09:17
sobereva老师,我把逗号改掉以后,运行还是出错。出错提示如下:

Small interatomic distances encou ...

-----------------------------------------------
我已经解决了。错误提示是讲我定义的扫描变量的距离不正确,经过修改,可以进行。谢谢啦。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-19 17:21:25 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-4-19 10:00
我想问问,混合基组的作用是什么?为什么要用混合基组?什么情况下用混合基组?
像我看的一篇文献中,它的 ...

有两种情况
1 体系中有不同元素,某些基组只有其中一部分元素的定义,对于其它元素你就得用另一种基组。比较常见的就是计算配合物,往往给金属用赝势基组,轻原子用全电子基组。
2 为了节省时间。感兴趣的区域用大基组,不感兴趣的区域用小基组。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-19 17:33:44 | 只看该作者 Only view this author
mars936 发表于 2016-4-19 10:53
遇到两个问题,请各位老师不吝赐教
1.计算溶剂化效应,SMD模型,自定义了氮氮二甲基甲酰胺(DMF),程序直 ...

1 高斯里能直接写哪些溶剂,看手册SCRF关键词的说明。DMF得写n,n-Dimethylformamide

2 搞不懂你的具体情况、要算什么。
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发表于 Post on 2016-4-20 22:43:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请教您一个问题。
MBO大小是共价性的标准之一。那么U-S键的MBO比U-O键的MBO大能否说明U-S键的共价性大于U-O键呢?继而,能否说明U/S之间的作用程度大于U/O之间的作用程度呢?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-20 23:23:59 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-20 22:43
sob老师,想请教您一个问题。
MBO大小是共价性的标准之一。那么U-S键的MBO比U-O键的MBO大能否说明U-S键的 ...


Mayer键级完全不能衡量共价性。只能衡量共享电子对数。LiF和H2的Mayer键级基本是一样的,但显然键的极性不同。

对于元素不同的情况,和强度也没太直接的关系。
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发表于 Post on 2016-4-20 23:31:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-4-21 00:44 编辑
sobereva 发表于 2016-4-20 23:23
Mayer键级完全不能衡量共价性。只能衡量共享电子对数。LiF和H2的Mayer键级基本是一样的,但显然键的极 ...

谢谢老师
那WBI呢?和MBO一样也不能衡量共价性吗?不同元素能比较吗?
另外1. U与不同元素成键的占据数可以说明成键强度的关系吗?比如U-N占据数1.93,U-S占据数1.97,能说U-S比U-N强吗?
2. AIM分析中的BCP点处的电子密度是否可以用来比较U与不同元素的配位强度呢?比如BCP(U-S)的电子密度大于BCP(U-N)的电子密度?

谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

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