计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1156#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-10 21:55:10 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-10 20:08
sob老师,最近用朋友的服务器,用nohup g09 < x.gjf > .out命令,但是每次一开始就停掉,结果显示
Error:  ...

别.out啊,得有文件名,你只给了个后缀
如果还这样,看.out里具体提示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1157#
发表于 Post on 2016-4-10 22:50:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-10 21:55
别.out啊,得有文件名,你只给了个后缀
如果还这样,看.out里具体提示

输入命令时是x.out
输出文件中没有提示,只有上面的这些内容。
我朋友说他的服务器是什么mpi并行,他们用vasp都用mpirun文件提交。可是高斯是linda并行的呀,不是mpi啊。
真不知道该怎么办。有没有可能服务器不适合计算高斯啊

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

1158#
发表于 Post on 2016-4-11 00:50:17 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-10 22:50
输入命令时是x.out
输出文件中没有提示,只有上面的这些内容。
我朋友说他的服务器是什么mpi并行,他们 ...

和mpi无关;更和Linda无关。这种计算机的问题(不是计算软件内部的问题)经常远程不容易说清楚。。。建议找个Linux较熟练的人帮你现场看看,或者找个人给你SSH~~

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1159#
发表于 Post on 2016-4-11 09:13:28 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-4-11 00:50
和mpi无关;更和Linda无关。这种计算机的问题(不是计算软件内部的问题)经常远程不容易说清楚。。。建议 ...

谢谢老师

207

帖子

1

威望

3855

eV
积分
4082

Level 6 (一方通行)

1160#
发表于 Post on 2016-4-12 01:41:54 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师,APFD这个泛函,我在G09 B01上一运行就说有语法错误,是这个版本不支持它吗?还是其他原因?谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1161#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-12 12:21:22 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-4-12 01:41
请教Sob老师,APFD这个泛函,我在G09 B01上一运行就说有语法错误,是这个版本不支持它吗?还是其他原因?谢 ...

版本原因,D01可以用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

207

帖子

1

威望

3855

eV
积分
4082

Level 6 (一方通行)

1162#
发表于 Post on 2016-4-12 16:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-12 04:21
版本原因,D01可以用

非常感谢。是的,我换了一个D01就好了。

另外,再请教一个问题:稀土配合物三重态优化,体系比较大,ub3lyp/6-31g*,能量总震荡(如下图),象这种情况,增加哪些关键词可能最有效?尝试 opt=gdiis? 谢谢!

Screenshot from 2016-04-12 09_28_16.png (74.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

Screenshot from 2016-04-12 09_28_16.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1163#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-12 19:57:46 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-4-12 16:42
非常感谢。是的,我换了一个D01就好了。

另外,再请教一个问题:稀土配合物三重态优化,体系比较大,u ...

就是此文说的那些,并没有什么特殊性
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

430

帖子

0

威望

783

eV
积分
1213

Level 4 (黑子)

1164#
发表于 Post on 2016-4-13 21:02:28 | 只看该作者 Only view this author

如何确定HOMO/LUMO分布的具体原子

       基态的opt+freq优化完毕,通过GV可以看到HOMO的分布情况,但是不能明确的确定HOMO具体分布在那些原子上面。
通过什么方法可以知道HOMO分布的具体原子?
谢谢!

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

1165#
发表于 Post on 2016-4-13 21:28:55 | 只看该作者 Only view this author
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1166#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-14 00:20:26 | 只看该作者 Only view this author
yezhonghua 发表于 2016-4-13 21:02
基态的opt+freq优化完毕,通过GV可以看到HOMO的分布情况,但是不能明确的确定HOMO具体分布在那些原 ...


用Multiwfn计算轨道成份,通常建议用Hirshfeld方法,参看Multiwfn手册4.8.3节的例子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

41

帖子

0

威望

201

eV
积分
242

Level 3 能力者

1167#
发表于 Post on 2016-4-14 18:09:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!用ORCA对金属团簇吸附氧气体系做ZPE和BSSE校正来计算吸附能:
(1)对氧气进行ZPE校正,得到能量:-150.33036138+0.00372618=-150.3266351
(2)对金属团簇进行ZPE校正,得到能量:-238.58845422+0.00052245=-238.5879318
(3)对金属团簇吸附氧气结构进行BSSE校正,得到能量:-388.947045994926,
       之后再加上ZPE,为:-388.947045994926+0.00539999=-388.9416459。
这样计算吸附能为:-388.9416459-(-150.3266351-238.5879318)*27.2113=-0.74eV,发现校正之后的吸附能反而降低了(没有校正时是-0.83eV),这样对吗?还是我计算的有问题,谢谢老师!下面是能量值的输出文件。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1168#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-14 18:19:01 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-4-14 18:09
sob老师您好!用ORCA对金属团簇吸附氧气体系做ZPE和BSSE校正来计算吸附能:
(1)对氧气进行ZPE校正,得到 ...


这是正常情况啊。不考虑BSSE校正的时候体系能量过低,导致相互作用能太负(或者说作用强度被高估)
但要注意你在计算氧气和金属团簇的时候也应当同时使用gCP,否则不能很好抵消。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

41

帖子

0

威望

201

eV
积分
242

Level 3 能力者

1169#
发表于 Post on 2016-4-14 21:03:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-14 18:19
这是正常情况啊。不考虑BSSE校正的时候体系能量过低,导致相互作用能太负(或者说作用强度被高估)
但 ...

太感谢老师了!sob老师,是在单算氧气或者团簇的时候也考虑BSSE校正这个意思吗?谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1170#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-14 21:43:23 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-4-14 21:03
太感谢老师了!sob老师,是在单算氧气或者团簇的时候也考虑BSSE校正这个意思吗?谢谢!

对,gCP对整体和片段都应该用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 11:21 , Processed in 1.405741 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list