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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-4-22 12:20:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 乐平 于 2016-4-22 06:24 编辑

应该是 guess=read 吧
Gaussian 程序会读取 *.chk 文件里的参数设置初始猜测。
如果是优化结构,一般还要跟 geom=check 关键词一起使用,读取 *.chk 文件里的结构信息。

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发表于 Post on 2016-4-22 15:01:55 | 只看该作者 Only view this author

关于能垒的计算

本帖最后由 dingliping1108 于 2016-4-22 15:06 编辑

请教sob老师,我用orca计算一个A + B -> C 反应的能垒。对A、B 优化得到A、B的稳定结构,优化后有Final Singal point energy,ZPE及Final Gibbs free enthapy,这三项分别是A、B的电子能E(A),E(B)、零点能ZPE(A),ZPE(B)以及三者的自由能G(A),G(B),计算了AB无限接近得到的过渡态A-B的电子能E(A-B)、零点能ZPE(A-B)以及自由能G(A-B).
请问您我想要的该反应的能垒用电子能考虑是不是{E(A-B)+ZPE(A-B)-[E(A)+ZPE(A)+E(B)+ZPE(B)} ,如果用自由能考虑是不是G(A-B)-G(B)-G(A)
我理解的是AB无限接近得到的过渡态A-B的E(A-B)、零点能ZPE(A-B)以及自由能G(A-B)这几项能量是中间体A-B对应的能量.
另外计算得到的能量单位Eh 是电子伏吗?

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发表于 Post on 2016-4-22 16:29:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-22 08:08
你还得同时写savenbo,这样才是用NAOMO方法分析NBO轨道的成份。
或者你直接从NBO输出文件中读取两个原子 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-4-22 16:41:04 | 只看该作者 Only view this author

molopro

群论里面的特征标表与做激发态了里面的molopro之间的关系是什么?有谁知道吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 17:03:12 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-4-22 10:54
高斯计算里的guess=chk是什么意思?

这种问题先看手册。根本就没有这个选项。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 17:04:34 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-4-22 16:41
群论里面的特征标表与做激发态了里面的molopro之间的关系是什么?有谁知道吗?

一个是基本概念,一个是计算程序,没直接关系。
大多数量化程序都涉及到对称性,要理解就必须学点群论基础。
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发表于 Post on 2016-4-22 17:14:21 | 只看该作者 Only view this author

关于方法和基组的uncertainty问题

请问各位老师们,在发论文的过程中有没有遇到让讨论所用方法和基组的uncertainty的,这种情况怎么办,应该从哪里得到这些数据呢?
我是新手,对这方面的理解不是很透彻,请各位老师指教。谢谢。

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发表于 Post on 2016-4-22 17:23:08 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师,我在计算苯的ICSS时载入out文件后选择isotropic选项时multiwfn闪退是因为什么原因?是out文件没有正常读取吗?out文件全部normal termination,格点是按照算例来设定的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 17:47:05 | 只看该作者 Only view this author
sheila 发表于 2016-4-22 17:23
请教sob老师,我在计算苯的ICSS时载入out文件后选择isotropic选项时multiwfn闪退是因为什么原因?是out文件 ...

一般都是因为这些.out文件的格点设定和你ICSS计算设的的格点不一致所致
当初产生.gjf时用的格点设定,包括格点质量、延展距离等等,和你现在做ICSS图时设的必须一致。否则格点数不对应,读取过程中就会崩溃。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 17:50:14 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2016-4-22 17:14
请问各位老师们,在发论文的过程中有没有遇到让讨论所用方法和基组的uncertainty的,这种情况怎么办,应该 ...

理论计算相关的期刊都不会要求这个,uncertainty这个表述也不对。理论方法、基组没法给出不确定度这个量。理论计算本身就是能重现的,只能说误差大概多少,可以从相关的benchmark文章中得到大概多少。找不到合适的benchmark就根据一般的经验来讨论一下。
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发表于 Post on 2016-4-22 18:07:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-22 17:47
一般都是因为这些.out文件的格点设定和你ICSS计算设的的格点不一致所致
当初产生.gjf时用的格点设定,包 ...

我只在生成输入文件时设定了一次格点,还没有做ICSS图,是和哪个设定一致?

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发表于 Post on 2016-4-22 18:57:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-22 08:08
你还得同时写savenbo,这样才是用NAOMO方法分析NBO轨道的成份。
或者你直接从NBO输出文件中读取两个原子 ...

请问您的意思是不是关键词写成pop=savenbo
末尾写成$NBO NAOMO $END
才可以用Multiwfn来分析NBO轨道成分啊?
谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 19:24:43 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-22 18:57
请问您的意思是不是关键词写成pop=savenbo
末尾写成$NBO NAOMO $END
才可以用Multiwfn来分析NBO轨道成 ...

pop(nboread,saveNBO),末尾再写那些
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发表于 Post on 2016-4-22 19:25:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-22 19:24
pop(nboread,saveNBO),末尾再写那些

太感谢了(^~^)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 19:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sheila 发表于 2016-4-22 18:07
我只在生成输入文件时设定了一次格点,还没有做ICSS图,是和哪个设定一致?


一般流程是:进入ICSS功能,设定格点,产生.gjf文件,高斯运算后得到.out文件,载入.out文件,作图。整个过程Multiwfn一直开着。
如果你产生.gjf后,由于高斯计算耗时多而把Multiwfn关了,等.out都算完后重新又启动了Multiwfn,那么再次进ICSS功能的时候格点必须和上次设的一致,否则没法正常读入.out文件
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