计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1186#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-21 01:52:59 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-20 23:31
谢谢老师
那WBI呢?和MBO一样也不能衡量共价性吗?不同元素能比较吗?
另外1. U与不同元素成键的占据数 ...


1 WBI和MBO大同小异,特点一样。
2 占据数指什么?重叠布居?这也说明不了
3 不能。
不同元素的情况,还是算键能最有说服力。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1187#
发表于 Post on 2016-4-21 08:41:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-21 01:52
1 WBI和MBO大同小异,特点一样。
2 占据数指什么?重叠布居?这也说明不了
3 不能。

谢谢老师
请问比较复杂的体系中如何计算键能呢?我的体系是三齿络合,配体上有三个配位点。

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1188#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-21 09:01:37 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-21 08:41
谢谢老师
请问比较复杂的体系中如何计算键能呢?我的体系是三齿络合,配体上有三个配位点。


只能根据具体情况设计计算方法了,可能需要借助一些模型体系来辅助才能近似计算出这个键能,一步算不出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

323

帖子

0

威望

4399

eV
积分
4722

Level 6 (一方通行)

1189#
发表于 Post on 2016-4-21 09:41:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!请问计算吉布斯自由能时,是用校正吉布斯自由能+电子能量,还是校正吉布斯自由能+电子能量+零点能修正
计算非谐振频率时,出现错误:
For representation A1  
    7 Vibrations with frequencies:
    -50.26    -16.72   3743.95   2249.03    212.26    116.17
     88.92
  At most 1 imag.freq.allowed
Error termination via Lnk1e in /opt/local/gaussian/g09/C.01/g09/l716.exe at Wed Apr 20 08:40:53 2016.
算的是HO-CO弱相互作用,分子是线性的,原来没有虚频。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1190#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-21 10:01:44 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2016-4-21 09:41
老师,您好!请问计算吉布斯自由能时,是用校正吉布斯自由能+电子能量,还是校正吉布斯自由能+电子能量+零 ...

吉布斯自由能=吉布斯自由能热校正量+电子能量

吉布斯自由能热校正量里面已经包含了ZPE

非谐振那个,用calcall结合tight收敛限以及int=ultrafine之后再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1191#
发表于 Post on 2016-4-21 10:08:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-21 09:01
只能根据具体情况设计计算方法了,可能需要借助一些模型体系来辅助才能近似计算出这个键能,一步算不出 ...

哦,谢谢sob老师。
看来要想比较同一原子与不同元素之间的作用还是一件很麻烦的事情。

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1192#
发表于 Post on 2016-4-21 10:25:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-20 23:23
Mayer键级完全不能衡量共价性。只能衡量共享电子对数。LiF和H2的Mayer键级基本是一样的,但显然键的极 ...

sob老师,请问 如果对于相同的键,比如都是U-O键,MBO或WBI的大小能否反应共价性的强弱呢?
共价性强是否能说明配位键强呢?

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1193#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-21 17:37:46 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-21 10:25
sob老师,请问 如果对于相同的键,比如都是U-O键,MBO或WBI的大小能否反应共价性的强弱呢?
共价性强是 ...

共价性是和离子性相对的,这个不是靠Mayer或Wiberg键级来判断的
这两种键级只能能量共享电子对数。
对同种元素情况它们和强度有近似正比关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1194#
发表于 Post on 2016-4-21 20:12:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-4-21 17:37
共价性是和离子性相对的,这个不是靠Mayer或Wiberg键级来判断的
这两种键级只能能量共享电子对数。
对 ...

谢谢老师

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1195#
发表于 Post on 2016-4-21 20:53:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-4-21 21:17 编辑

sob老师,不好意思又来麻烦您。
在您关于原子轨道成分计算的文章中,第四节——NAO方法中提到:
关键词中加入pop=nboread
末尾空一行$NBO NAOMO $END
然后把得到的输出文件拖入Multiwfn,然后7——8——0选择轨道。
在输出文件中,我想计算的轨道是第三个,即O1-U14所形成的键,如下:
       (Occupancy)   Bond orbital/ Coefficients/ Hybrids
---------------------------------------------------------------------------------
     1. (1.98867) BD ( 1) O   1 - C   2  
             省略
     2. (1.98858) BD ( 1) O   1 - C   3  
             省略
     3. (1.96892) BD ( 1) O   1 - U  14  
             省略
于是我输入3。Multiwfn输出的内容如下:
Condensed above result to atoms:
   Center   Composition
     1(O )    0.000006%
     2(C )    0.000001%
     3(C )    0.000000%
     4(C )    0.000004%
     5(H )    0.000000%
     6(H )    0.000000%
     7(C )    0.000003%
     8(H )    0.000000%
     9(H )    0.000000%
    10(O )    0.000014%
    11(O )    0.000000%
    12(O )    0.000010%
    13(O )    0.000000%
    14(U )    0.055233%
    15(O )    0.000025%
    16(O )    0.000017%
    17(O )   99.787717%
    18(H )    0.068644%
    19(H )    0.068644%
    20(O )    0.003861%
    21(H )    0.000000%
    22(H )    0.000000%
但这不是我想要的O1-U14键。
我记得您另一篇文章中提到关键词用了pop=savenbo后轨道会重新排列并在最后的reordering中会显示新的位置,于是我找到了第三条NBO轨道在第45个,于是在轨道数那里写上45,但是得到的依然不是我想要的轨道信息。

请问老师这是怎么回事?如何才能找到我想要的轨道并输入Multiwfn中得到想要的结果。
谢谢老师,麻烦您了。


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1196#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-21 22:04:53 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-21 20:53
sob老师,不好意思又来麻烦您。
在您关于原子轨道成分计算的文章中,第四节——NAO方法中提到:
关键词中 ...

如果你当前没写savenbo,保存到chk里的是MO轨道,你这里分析的也是MO轨道。
如果你确实已经写了savenbo,先到主功能0里看一下那个轨道是不是你要的那个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1197#
发表于 Post on 2016-4-21 22:37:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-4-22 00:03 编辑
sobereva 发表于 2016-4-21 22:04
如果你当前没写savenbo,保存到chk里的是MO轨道,你这里分析的也是MO轨道。
如果你确实已经写了savenbo ...

我没有写savenbo,我写的是nboread和naomo。请问如何才可以得到nbo轨道的成键成分,而不是MO轨道的成分?

可能我的表述不大清楚,不好意思。

我的意思是说,如图所示的U-N之间NBO轨道的图,应该如何来获取和表述如何来成键的呢?(比如,图中U主要参与成键的是6d还是5f还是其它原子轨道?N中参与的主要是2px、2py还是2pz呢?U的6d、5f轨道是如何与N的2p轨道作用的呢?)


我的问题都比较弱,没看过您推荐的Levine的量子化学书,基础弱,不好意思,浪费您宝贵时间了。

U-N.png (275.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

U-N.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120181

管理员

公社社长

1198#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-4-22 08:08:37 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-4-21 22:37
我没有写savenbo,我写的是nboread和naomo。请问如何才可以得到nbo轨道的成键成分,而不是MO轨道的成分? ...

你还得同时写savenbo,这样才是用NAOMO方法分析NBO轨道的成份。
或者你直接从NBO输出文件中读取两个原子的NAO组成NBO的组合系数,也能直接分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1199#
发表于 Post on 2016-4-22 10:54:36 | 只看该作者 Only view this author

guess=chk

高斯计算里的guess=chk是什么意思?

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

1200#
发表于 Post on 2016-4-22 11:33:32 | 只看该作者 Only view this author
没听说过这个选项。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 13:12 , Processed in 0.190696 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list