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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-12-8 19:26:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-8 19:10
mpiexec -V,不是mpiexe,另外V必须大写。

不好意思,是我打错了,我输入就是mpiexec -V,然后出现的
no executable provided
setting default values failed
error parsing parameters
不知道是什么情况?

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发表于 Post on 2020-12-8 21:41:27 | 只看该作者 Only view this author

ORCA能计算扫描吗?

社长大大,orca支持计算molpro里的扫描么?精度达到CCSD(T)级别的,看帖子说DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with tightPNO and RIJK。关键词:DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCFDLPNO-CCSD(T)结合tightPNO的时候,根据J. Chem. Theory Comput., 11, 4054 (2015)的测试(注意此文里有很多在耗时方面的严重误导性说法),与CCSD(T)的误差在1 kJ/mol的程度,几乎可认为没有差别。

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发表于 Post on 2020-12-8 21:56:10 | 只看该作者 Only view this author
什么扫描?势能面扫描吗,那当然支持的

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发表于 Post on 2020-12-8 22:09:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-8 19:08
这种不需要引任何参考文献,任何讲TDDFT的教材都有

好的收到,谢谢老师,那我去找找。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 23:09:42 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2020-12-8 21:41
社长大大,orca支持计算molpro里的扫描么?精度达到CCSD(T)级别的,看帖子说DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with tigh ...

ORCA是ORCA,Molpro是Molpro,看不懂你要问什么
Molpro又不支持DLPNO-CCSD(T)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 23:10:25 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-12-8 15:24
Sob老师好,最近帮同学计算了吸收光谱和分子轨道的HOMO-LUMOgap,有审稿人就问了HOMO-LUMOgap和吸收光谱对 ...

引博文里提到的mind the gaps那篇就可以
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发表于 Post on 2020-12-9 01:53:42 | 只看该作者 Only view this author

TPSS在Gaussian中就是TPSSTPSS吗? 谢谢

TPSS在Gaussian中就是TPSSTPSS吗? 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 03:48:14 | 只看该作者 Only view this author
dahai2999 发表于 2020-12-9 01:53
TPSS在Gaussian中就是TPSSTPSS吗? 谢谢

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发表于 Post on 2020-12-9 10:21:48 | 只看该作者 Only view this author
liurui 发表于 2020-12-8 21:41
社长大大,orca支持计算molpro里的扫描么?精度达到CCSD(T)级别的,看帖子说DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with tigh ...

首先澄清一个误区,molpro里的扫描并不是molpro的特色功能,几乎每个程序都有扫描的功能。所以你的第一句话就好比“WPS里有没有Word里的宋体”一样奇怪。
另外,扫描的代码不依赖于你的理论级别,所以如果一个程序支持比如说DFT级别或者CASSCF级别下的扫描,又支持DLPNO-CCSD(T),那么它必然支持DLPNO-CCSD(T)级别下的扫描。建议把你帖子里的每一个词的意思都搞清楚再来提问。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-12-9 13:30:54 | 只看该作者 Only view this author

高斯结构优化过程出现 Link died!求助各位老师帮忙分析原因

各位老师,大家好!有个关于高斯的问题想请教一下大家。

在对我的体系进行结构优化的时,运行一段时间后,高斯出现了link died!如下图所示,



高斯的输入文件如下所示:

%nprocshared=2
%mem=200MW
%chk=D:\WLY_GS\Gly1_water_1_Opt.chk
# opt hf/6-31g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=water) geom=connectivity

Gly1_water_1

0 1
O                  5.58390000    8.11250000   -2.49940000
O                  3.63740000    6.97790000   -2.70640000
C                  4.52550000    7.57920000   -2.03480000
C                  4.37120000    7.72040000   -0.51940000
H                  5.25610000    7.28410000   -0.03920000
H                  4.34890000    8.78650000   -0.26330000
N                  3.16540000    7.07110000    0.05390000
H                  3.14240000    6.04250000   -0.16540000
H                  2.26370000    7.50550000   -0.28250000
H                  3.19120000    7.18400000    1.09830000
O                  3.14930000    4.30110000   -0.51350000
H                  2.71890000    3.83030000    0.22400000
H                  4.06820000    3.97670000   -0.48440000
O                  0.64510000    7.99320000   -0.75070000
H                  0.66940000    8.89920000   -1.10830000
H                  0.61590000    7.40690000   -1.56180000
O                  3.37150000    7.65180000    2.80540000
H                  2.96160000    6.96130000    3.35770000
H                  4.31340000    7.61790000    3.05340000
O                  0.99800000    6.25080000   -2.80170000
H                  0.71060000    6.62840000   -3.65240000
H                  1.97140000    6.44400000   -2.76240000
O                  4.12270000    6.55690000   -5.46600000
H                  3.89720000    6.70350000   -4.51510000
H                  5.05120000    6.89100000   -5.48980000
O                  6.71170000    7.65540000   -4.93710000
H                  6.29200000    7.82520000   -4.04660000
H                  7.28860000    6.88680000   -4.78010000
O                  7.91680000    8.15320000   -1.00910000
H                  7.06730000    8.19050000   -1.51950000
H                  7.90510000    8.97410000   -0.48750000

1 3 2.0
2 3 1.0
3 4 1.0
4 5 1.0 6 1.0 7 1.0
5
6
7 8 1.0 9 1.0 10 1.0
8
9
10
11 12 1.0 13 1.0
12
13
14 15 1.0 16 1.0
15
16
17 18 1.0 19 1.0
18
19
20 21 1.0 22 1.0
21
22
23 24 1.0 25 1.0
24
25
26 27 1.0 28 1.0
27
28
29 30 1.0 31 1.0
30
31

高斯输出文件的末尾如下所示:



查看.out文件,发现体系已经优化了156步,如下图所示,

图中的意思是不是由于我的体系优化已经超过了一定步数,依旧没有收敛,所以程序直接终止了呢?



还请各位老师能帮忙分析一下原因,感谢!


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发表于 Post on 2020-12-9 13:35:26 | 只看该作者 Only view this author
看卢老师博文《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》
http://sobereva.com/list.html
你贴的第一第二张图没有任何意义。最后一张才是关键。

另外,永远不要用HF方法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 13:41:11 | 只看该作者 Only view this author
Jerry_Wang 发表于 2020-12-9 13:30
各位老师,大家好!有个关于高斯的问题想请教一下大家。

在对我的体系进行结构优化的时,运行一段时间后 ...

看12146L的回复

并且仔细看此文了解理论方法基本选用常识
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-9 13:43:29 | 只看该作者 Only view this author

求解决激发态chk转fch错误

使用g16进行TDDFT激发态计算,输入  B3LYP/def2tzvp TD(nstates=10) em=GD3BJ IOp(9/40=4) scrf(smd,solvent=chloroform)
得到的chk文件转fch时候,出现以下错误,对于基态单点计算结果不会有此错误,请教各位高手,是什么问题?如何解决?

Out-of-memory error in routine WrCIDn-1 (IEnd=     107962501 MxCore=     104857348)
Use %mem=120MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Wed Dec  9 11:38:35 2020.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00000000058d99f8, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000004253, rsp 00007ffcb2672b28, rbp 00007ffcb2672b80
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000004253, r8  00002aba088c2f80
   r9  00002aba088c2f80, r10 00007ffcb2672560, r11 0000000000000206
   r12 00007ffcb2672cb0, r13 00000000058d9e80, r14 0000000000000003
   r15 00007ffcb2674208
addr2line: 'formchk': No such file
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf5d0) [0x2aba08dab5d0]
addr2line: 'formchk': No such file
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2aba092f04d7]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x461f15]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x430200]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x45554e]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x456e92]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x416c61]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x410d90]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x40ffe4]
addr2line: 'formchk': No such file
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2aba092dc3d5]
addr2line: 'formchk': No such file
  formchk() [0x40a729]
./chk.sh: line 2: 16979 Aborted                 (core dumped) formchk ${inf}


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 13:46:54 | 只看该作者 Only view this author
zikuzi 发表于 2020-12-9 13:43
使用g16进行TDDFT激发态计算,输入  B3LYP/def2tzvp TD(nstates=10) em=GD3BJ IOp(9/40=4) scrf(smd,solven ...

看此文3.3节关于设置GAUSS_MEMDEF环境变量的说明
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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发表于 Post on 2020-12-9 14:02:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 13:46
看此文3.3节关于设置GAUSS_MEMDEF环境变量的说明
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转 ...

谢谢sob老师,解决了,环境变量直接可以用GB的单位

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