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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-26 14:56:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-25 15:41
试过加大格点了吗

已经加了int=ultrafine,再加就要用int=superfine,以前试过这个方法,数据要全都重算,任务量有点大啊- -

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-26 20:05:00 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-26 11:08
老师能不能推荐几篇环张力定义的文献呀

一般的计算方式如下。但你那个体系比较特殊,不完全适用





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-26 20:06:47 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-1-26 10:13
各位老师好,最近在计算opt+freq的任务时,出现了几次任务正常结束,但是没有正常进行频率分析的情况。将最 ...

单独算freq之前确保之前%chk的已经删了
还不行把geom=modred去了再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-26 20:08:47 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-25 15:06
sob老师您好,我在算一个构型的时候有个CH4中C-H的虚频一直虚频消不掉,使用的是m06l泛函,6-31g*和lanl2dz ...

没特殊情况甭用这个泛函
本来M06系列对积分格点要求就高,容易出虚频
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发表于 Post on 2021-1-26 20:36:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,再请教一个问题,怎么判断一个化合物多少价态稳定呢?这个可以算出来吗?

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发表于 Post on 2021-1-26 20:42:27 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-26 20:36
sob老师,再请教一个问题,怎么判断一个化合物多少价态稳定呢?这个可以算出来吗?

把各个价态的能量算出来,看哪个最低。稍微严谨一些的做法是算自由能而非能量。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-1-26 21:37:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-26 20:06
单独算freq之前确保之前%chk的已经删了
还不行把geom=modred去了再试

感谢Sob老师回复,我们组里机器%chk这一行都是根据作业名字自己写的,单独算freq时不会有跟opt+freq时重复的现象。我下午又测试了几个单独算freq的任务,发现如果不使用D3校正的话就可以顺利完成频率计算,加上D3校正的话就还是会出现相同的情况,即任务能够正常结束,但是没有频率能计算出来。这样来讲是不是我这个体系不太适合加D3校正呢?之后您说的geom=modred去掉,然后用calcfc关键词找过渡态我也试一下,谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2021-1-26 22:24:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-26 20:42
把各个价态的能量算出来,看哪个最低。稍微严谨一些的做法是算自由能而非能量。

感谢回复,但是不同价态下,各个体系的电子数量不同呀,能量有可比性吗?

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发表于 Post on 2021-1-26 22:34:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 二饼妹 于 2021-1-26 22:36 编辑

请问老师,我想要gromacs模拟低共熔溶剂,GAFF力场,需要用gview画氯化胆碱优化计算RESP电荷,请问是应该分别画氯化胆碱阳离子和氯离子,还是说先画氯化胆碱阳离子,在旁边再放一个氯原子?电荷和自旋多重度分别是多少呢?

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发表于 Post on 2021-1-26 22:58:01 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-26 22:24
感谢回复,但是不同价态下,各个体系的电子数量不同呀,能量有可比性吗?

在外电势确定的情况下,有可比性,按照电化学的计算方法把不同氧化态的自由能换算一下就行了。
不同价态的相对稳定性,只有在外电势确定的情况下才有意义。比如Fe(II)和Fe(III),哪个更稳定?在空气里Fe(III)更稳定,在无氧的还原气氛下Fe(II)更稳定,必须知道环境的氧化还原氛围才能判断各个价态的相对稳定性。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-1-26 23:02:49 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2021-1-26 22:34
请问老师,我想要gromacs模拟低共熔溶剂,GAFF力场,需要用gview画氯化胆碱优化计算RESP电荷,请问是应该分 ...

两者等价。建议做一点简单的构型搜索,不要随便画一个结构了事,如果不经过构型搜索,你画的方法再怎么合理,也有很大概率得到局部极小值点。对于这么小的体系,完全可以搜索到全局极小值点。
这种体系的电荷和自旋多重度都不知道的话,我想你也别做计算了。你都已经知道了是阳离子和阴离子,这两个离子各带几个电,你还不知道吗?至于自旋多重度,自旋多重度等于自旋向上的电子数减去自旋向下的电子数加1,而且只需要算不成对电子(因为成对的电子一定是一个自旋向上,另一个向下,相减以后抵消了),你数一下你的体系有多少个不成对电子,几个向上,几个向下,就知道了。
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发表于 Post on 2021-1-27 10:40:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-26 22:58
在外电势确定的情况下,有可比性,按照电化学的计算方法把不同氧化态的自由能换算一下就行了。
不同价态 ...

比如酞菁铁(FePc)分子在不同价态下的稳定性要怎么算呢,就考虑常温常压的情况下。

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发表于 Post on 2021-1-27 11:12:16 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-27 10:40
比如酞菁铁(FePc)分子在不同价态下的稳定性要怎么算呢,就考虑常温常压的情况下。

光给定常温常压还不够,必须给定外电势、溶剂,如果溶剂里有电解质离子,还要知道有什么离子。
如果没有这些信息,谁也算不出来,因为问题本身就是ill-defined的。
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发表于 Post on 2021-1-27 11:35:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-26 20:05
一般的计算方式如下。但你那个体系比较特殊,不完全适用

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-1-27 15:39:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-27 11:12
光给定常温常压还不够,必须给定外电势、溶剂,如果溶剂里有电解质离子,还要知道有什么离子。
如果没有 ...

考虑最简单的情况  电解质离子就是H+  溶剂就是水   不加外电势,就是正常环境

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