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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-22 13:21:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-22 13:02
从每一步的输出文件判断,弄清楚结构、能量、怎么变的

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-1-22 14:07:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 王晓东 于 2021-1-22 15:07 编辑
我本是个娃娃 发表于 2021-1-22 12:08
1. 内存太小;核太多,一般16以内足矣。
2. opt=tight去掉;限制性优化做频率一般没啥意义。
3. int=ultr ...

%chk=1.chk
%mem=5GB
%nprocshared=16
#p opt=modredundant freq gen guess=mix ub2plypd3 nosymm
谢谢你,但是我把输入文件改成这样了还是不行,救救孩子

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发表于 Post on 2021-1-22 14:56:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-22 12:57
参考我的计算文件

谢谢老师!我认真看看。

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发表于 Post on 2021-1-22 15:42:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-22 12:56
Sb、Pt改成SDD

是否需要D3校正和是否无机毫无直接关系,看

sob老师您好,我觉得我这个可以加上d3矫正。我后面是不是应该进一步加大基组算一下电子能量。如果我加大基组算电子能量,我泛函依旧用b3lyp+d3矫正,基组用6-311+g*算O原子,用def2-TZVP算Sb,Pt原子应该是合理的吧?

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发表于 Post on 2021-1-22 16:15:22 | 只看该作者 Only view this author
王晓东 发表于 2021-1-22 14:07
%chk=1.chk
%mem=5GB
%nprocshared=16

show me the error.

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发表于 Post on 2021-1-22 20:10:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师打扰了,过渡金属配合物我是用m06-L/6-31G**优化的,溶解自由能我能不能用m06-L/6-31G**来算呀?

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发表于 Post on 2021-1-22 21:58:34 | 只看该作者 Only view this author
在用molpro计算时 一些案例总是报错通讯错误 请问各位老师该如何解决

屏幕截图 2021-01-22 215344.jpg (141.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

屏幕截图 2021-01-22 215344.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 06:49:41 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-1-22 20:10
sob老师打扰了,过渡金属配合物我是用m06-L/6-31G**优化的,溶解自由能我能不能用m06-L/6-31G**来算呀?

没有文章表明M06L结合SMD算的溶解自由能精度一定理想
仍然应当用M05-2X/6-31G*算溶解自由能。虽然这对于金属和配位键描述不咋地,但起码对于占绝大部分原子的配体部分是适合的,总比起用M06L说得过去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 06:50:38 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-22 15:42
sob老师您好,我觉得我这个可以加上d3矫正。我后面是不是应该进一步加大基组算一下电子能量。如果我加大 ...

不知道该不该加D3就一律都加

单点能都用def2-TVZP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 06:50:59 | 只看该作者 Only view this author
王晓东 发表于 2021-1-22 14:07
%chk=1.chk
%mem=5GB
%nprocshared=16

上传压缩后的输出文件
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发表于 Post on 2021-1-23 10:30:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-23 06:49
没有文章表明M06L结合SMD算的溶解自由能精度一定理想
仍然应当用M05-2X/6-31G*算溶解自由能。虽然这对于 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-1-24 01:04:57 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 我想请教一下 一个反应算出TS后 跑IRC IRC两边对应的结构一个如果是中间体 另一个也就是初始的结构可不可以认为是反应的Pre-reaction state?
一个反应往往会存在多个 Pre-reaction state吗?
如果存在 通过算能垒可以选择出最优的Pre-reaction state吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-24 05:04:16 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-1-24 01:04
社长您好 我想请教一下 一个反应算出TS后 跑IRC IRC两边对应的结构一个如果是中间体 另一个也就是初始的结 ...

这不就相当于是第一步的基元反应
我不知道“最优”是谁和谁比,最好结合具体情况说明
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发表于 Post on 2021-1-24 12:38:03 | 只看该作者 Only view this author

高斯结构优化出现问题

各位老师,  这几天优化了一个结构,一个纯有机分子,电荷数是3,自旋多重度是1,跑高斯没有问题。
  然后,用优化完的构型配位一价银,电荷数是4,自旋多重度是1,高斯一直提示L301错误,我知道L301是电荷数和自旋多重度不匹配,
但是,我没有感觉我的自旋多重度赋予的有问题。

加入一价银之后的输入文件:
# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity empiricaldispersion=gd3bj

[No Title]

4 1


输出文件:
Standard basis: 6-31+G(d,p) (6D, 7F)
Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in F:\Gaussian\Gaussian_16143\G09W\l301.exe at Sun Jan 24 12:36:29 2021.



我查过我们以前的帖子,好像说是bug,如果是bug的话,如何解决呢?谢谢

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发表于 Post on 2021-1-24 12:57:20 | 只看该作者 Only view this author
“L301是电荷数和自旋多重度不匹配”是错的。Gaussian报错永远不要说Lxxx报错,直接贴最后的报错信息才对。具体看http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

下面报错信息写的很清楚,6-31G系列在Gaussian中不包含Ag元素。没有特殊需求的话,对Ag用赝势基组和赝势即可。看卢老师博文《谈谈赝势基组的选用》http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

本版积分规则 Credits rule

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