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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-27 18:04:57 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-27 15:39
考虑最简单的情况  电解质离子就是H+  溶剂就是水   不加外电势,就是正常环境

不加外电势的话,不同价态稳定性是没有定义的。只有在特定的外电势情况下,才能讨论不同价态的稳定性。不过这个外电势不一定要用电化学的方法加,比如如果你的体系里有氧气,相当于加了O2/H2O电对的电势。
还是那个例子,不加外电势,你告诉我Fe2+稳定还是Fe3+稳定?
你要先确定你问的问题是有良好定义的,再来问。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-1-28 10:56:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-27 18:04
不加外电势的话,不同价态稳定性是没有定义的。只有在特定的外电势情况下,才能讨论不同价态的稳定性。不 ...

感谢,再请教一下,如果体系只有水呢,能判断其带电荷的稳定性吗

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发表于 Post on 2021-1-28 11:56:08 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-1-28 10:56
感谢,再请教一下,如果体系只有水呢,能判断其带电荷的稳定性吗

不能,必须要么加了外电势,要么有一个氧化还原电对。比如O2/H2O就算一个氧化还原电对
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2021-1-29 16:29:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 阿甘 于 2021-1-29 16:36 编辑

请问老师,计算物质在溶剂环境下标况时(298.15K、1M)的自由能时,△G(1atm→1M)=+1.89kcal/mol是通过
(1). △G(1atm→1M)=RT×ln(RT/p)=8.314×298.15×ln(8.314×298.15/101.325)

(2). 把1的单位从J/mol换算成kcal/mol得到的吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-29 19:35:37 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-1-26 21:37
感谢Sob老师回复,我们组里机器%chk这一行都是根据作业名字自己写的,单独算freq时不会有跟opt+freq时重 ...

适合加D3
Gaussian自身的bug不要算在理论方法上
换个版本估计就没问题了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-29 19:46:02 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2021-1-29 16:29
请问老师,计算物质在溶剂环境下标况时(298.15K、1M)的自由能时,△G(1atm→1M)=+1.89kcal/mol是通过
(1 ...


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发表于 Post on 2021-1-30 17:45:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,初学者想问一下,对于一个反应存在多个中间体、过渡态,能量怎么找呢?画出来的有些中间体和过渡态也报错,可能是结构不合理的原因。
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-1-30 19:25:44 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-1-30 17:45
老师,初学者想问一下,对于一个反应存在多个中间体、过渡态,能量怎么找呢?画出来的有些中间体和过渡态也 ...

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-30 19:48:18 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-1-30 17:45
老师,初学者想问一下,对于一个反应存在多个中间体、过渡态,能量怎么找呢?画出来的有些中间体和过渡态也 ...

当成一个一个基元步骤分别去找反应物和过渡态,直到把整个“拼图”拼出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-30 20:02:08 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-30 19:25
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44

谢谢老师哈!我还想请问一下,在哪里可以找到具体的例子吗?
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发表于 Post on 2021-1-30 21:16:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-30 19:48
当成一个一个基元步骤分别去找反应物和过渡态,直到把整个“拼图”拼出来

好的,谢谢sob老师!老师,那能量怎么找的,怎么计算的呢?也是一步一步来计算吗?
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发表于 Post on 2021-1-30 22:30:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教一下,怎么确认反应有没有势垒,是通过搜索过渡态吗

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发表于 Post on 2021-1-31 09:42:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-31 09:45 编辑
wy标点人生 发表于 2021-1-30 20:02
谢谢老师哈!我还想请问一下,在哪里可以找到具体的例子吗?

那就给你推荐一个小练习吧:找出甲基环己烷从直立键构象到平伏键构象的转变过程中的所有过渡态和中间体。(答案先不告诉你,嘿嘿)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-1-31 09:45:13 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-1-30 22:30
sob老师,请教一下,怎么确认反应有没有势垒,是通过搜索过渡态吗

一般可以扫描可能的化学反应中变化较大的键长键角吧,如果扫不到的话基本可以认为没有势垒了(但很难确认找不到势垒是真的没有还是你水平不行没找到)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-1-31 11:00:22 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-31 09:45
一般可以扫描可能的化学反应中变化较大的键长键角吧,如果扫不到的话基本可以认为没有势垒了(但很难确认 ...

如果扫描过程中每两个相邻结构都足够相似,而且扫描路径连通了反应物和产物,那么不管扫描的是什么坐标,都可以证明反应没有势垒
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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