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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-1-31 11:06:50 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-31 09:42
那就给你推荐一个小练习吧:找出甲基环己烷从直立键构象到平伏键构象的转变过程中的所有过渡态和中间体。 ...

好的,老师,我先试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-31 12:33:25 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-1-30 22:30
sob老师,请教一下,怎么确认反应有没有势垒,是通过搜索过渡态吗


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-31 12:34:35 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-1-30 20:02
谢谢老师哈!我还想请问一下,在哪里可以找到具体的例子吗?

每次北京科音初级、基础量子化学培训班都给出一大堆找过渡态的例子,学过一遍彻底明白
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

相关知识
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-31 15:14:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-31 12:34
每次北京科音初级、基础量子化学培训班都给出一大堆找过渡态的例子,学过一遍彻底明白
谈谈学量子化学如 ...

谢谢sob老师
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发表于 Post on 2021-1-31 20:11:51 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-31 09:45
一般可以扫描可能的化学反应中变化较大的键长键角吧,如果扫不到的话基本可以认为没有势垒了(但很难确认 ...

多谢老师

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发表于 Post on 2021-1-31 20:14:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-31 11:00
如果扫描过程中每两个相邻结构都足够相似,而且扫描路径连通了反应物和产物,那么不管扫描的是什么坐标, ...

多谢老师,是不是原理上相当于IRC坐标里没有极大值,IRC里,从反应物到生成物都是逐渐变化的,没有拐点

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发表于 Post on 2021-1-31 20:16:40 | 只看该作者 Only view this author

多谢sob老师,是不是原理上相当于势能面没有一阶鞍点

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发表于 Post on 2021-1-31 21:18:04 | 只看该作者 Only view this author
请问如下l508报错信息是什么意思?输入输出文件在附件压缩包中。

Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in /home/xiongzhixin/Program/g09/l508.exe at Tue Jan 26 14:38:53 2021.

Desktop.zip

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发表于 Post on 2021-1-31 22:25:42 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-1-31 20:14
多谢老师,是不是原理上相当于IRC坐标里没有极大值,IRC里,从反应物到生成物都是逐渐变化的,没有拐点

类似这个意思吧
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-1-31 22:31:32 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-1-31 21:18
请问如下l508报错信息是什么意思?输入输出文件在附件压缩包中。

Search did not lower the energy sign ...

scf=qc收敛失败了。
以结构优化最后一步的结构作为初始结构,读最后一步的波函数作为初始猜测,继续做结构优化,但关掉QC,加300左右的vshift,scf迭代步数增加到300,再试试。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-2-1 11:17:27 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-1-31 21:18
请问如下l508报错信息是什么意思?输入输出文件在附件压缩包中。

Search did not lower the energy sign ...

(1)用 GView 的点群功能,设置判断标准 Do u feel lucky 可以识别出 D3 点群。会不会这是个更好的结构呢?
(2)可以用不带弥散函数的基组先尝试,然后逐渐加上弥散。
(3)B3LYP 对这种体系是个合适的泛函吗?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-1 20:50:17 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-1-31 21:18
请问如下l508报错信息是什么意思?输入输出文件在附件压缩包中。

Search did not lower the energy sign ...

没事甭用scf=QC

稀土类体系该怎么搞仔细参考此文,别瞎算
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算
http://sobereva.com/581http://bbs.keinsci.com/thread-21274-1-1.html
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发表于 Post on 2021-2-1 20:51:05 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-1-31 21:18
请问如下l508报错信息是什么意思?输入输出文件在附件压缩包中。

Search did not lower the energy sign ...

给你算好SCF了,是用低等级下收敛的波函数逐级增加弥散函数收敛的。这个结构是在 B3LYP/SDD/6-311+G** 下优化基本收敛了的结构。我为了加速计算,把对称性开到了D3,你可能需要微扰破坏一下对称性。

triC6F5CO2UO2@1.zip

9.29 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-2-1 20:59:33 | 只看该作者 Only view this author

请问gaussian16加电场计算需要的关键词和采用的坐标

请问大家,gaussian 16的官网手册中提到“To perform geometry optimizations in the presence of an electric field, you must use Opt=Z-MatrixNoSymm keywords and define the input geometry either in traditional Z-matrix coordinates or symbolic Cartesian coordinates”,请问加电场做几何优化计算一定要加Opt=Z-Matrix 关键词吗?还有一定要用Z-matrix 坐标或者是symbolic Cartesian coordinates,这个还不是普通的笛卡尔坐标,是symbolic Cartesian coordinates?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-1 22:38:53 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-2-1 20:59
请问大家,gaussian 16的官网手册中提到“To perform geometry optimizations in the presence of an elect ...

这是手册里极度误导性的说法,我在本论坛里已经斧正很多次了。根本不需要在内坐标下优化,此时连电场相对于分子是什么方向都没法预先确定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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