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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-2-1 22:57:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-1 22:38
这是手册里极度误导性的说法,我在本论坛里已经斧正很多次了。根本不需要在内坐标下优化,此时连电场相对 ...

谢谢老师,请问老师加电场算完后的结果如何通过log或fchk文件判断电场是否成功的加上了?还是只能靠gjf输入文件的正确性,根本无法从log或fchk文件判断?

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发表于 Post on 2021-2-2 00:26:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您在公社里曾说溶质在溶剂环境下标况(298.15K、1M)时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型计算的溶解自由能(始末都是1M) + 1.89kcal/mol(标况下1atm→1M自由能变),有没有相关的参考文献推荐几篇呀

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争取学好计算化学!

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发表于 Post on 2021-2-2 00:59:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,Linux版本的G16压缩包在哪里可以找到呢,暂时用来算一下。我感觉我问题可能分错类了
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-2-2 10:46:23 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2021-2-2 00:26
sob老师您在公社里曾说溶质在溶剂环境下标况(298.15K、1M)时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接 ...

这个在帖子第832页(上一页)就有……
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-2 10:51:11 | 只看该作者 Only view this author
想问一下,我在 g09 Rev. E 01 里,用双杂化泛函计算氢分子,B2PLYP/def2tzvp,键长 0.74 埃,能量相关的输出如下:
SCF Done:  E(RB2PLYP) =  -1.15941257022     A.U. after    6 cycles
E2(B2PLYP) =    -0.8926695148D-02 E(B2PLYP) =    -0.11683392653727D+01
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.50126
1\1\GINC-CN05\SP\RB2PLYP-FC\def2TZVP\H2\1600011754\01-Feb-2021\0\\# B2
PLYP/def2tzvp\\B2PLYP Test\\0,1\H,0,0.,0.,0.\H,0,0.,0.,0.74\\Version=E
M64L-G09RevE.01\State=1-SGG\HF=-1.1594126\MP2=-1.1683393\RMSD=3.985e-0
9\PG=D*H [C*(H1.H1)]\\@
手册里说 E(B2PLYP) =    -0.11683392653727D+01 这个才是正确的能量,但 GView 给出的能量是 SCF Done:  E(RB2PLYP) =  -1.15941257022,应该以哪个为准啊?谢谢!
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-2 11:21:15 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-2 10:51
想问一下,我在 g09 Rev. E 01 里,用双杂化泛函计算氢分子,B2PLYP/def2tzvp,键长 0.74 埃,能量相关的输 ...

以E(B2PLYP)为准,SCF Done只有SCF部分的能量,B2PLYP还有MP2的贡献(也就是E2(B2PLYP))
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-2-2 11:22:50 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-2 10:51
想问一下,我在 g09 Rev. E 01 里,用双杂化泛函计算氢分子,B2PLYP/def2tzvp,键长 0.74 埃,能量相关的输 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

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发表于 Post on 2021-2-2 12:25:49 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-2 00:59
老师,Linux版本的G16压缩包在哪里可以找到呢,暂时用来算一下。我感觉我问题可能分错类了

已解决!
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发表于 Post on 2021-2-2 15:55:03 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-2 10:46
这个在帖子第832页(上一页)就有……

谢谢老师,想问这样算溶质在溶液中自由能的计算,有没有参考文献,不是关于1.89的问题

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发表于 Post on 2021-2-2 21:04:27 | 只看该作者 Only view this author

多谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 06:01:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-2-1 22:57
谢谢老师,请问老师加电场算完后的结果如何通过log或fchk文件判断电场是否成功的加上了?还是只能靠gjf输 ...

输出文件里一行行仔细看就能找到相关信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 06:02:22 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-2 00:59
老师,Linux版本的G16压缩包在哪里可以找到呢,暂时用来算一下。我感觉我问题可能分错类了

联系代理花钱买
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-3 11:43:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-3 06:02
联系代理花钱买

嗯嗯!谢谢sob老师!
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发表于 Post on 2021-2-3 11:49:47 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-31 09:42
那就给你推荐一个小练习吧:找出甲基环己烷从直立键构象到平伏键构象的转变过程中的所有过渡态和中间体。 ...

老师,我只知道六元环会存在构型的变化,使得能量降低。但是具体怎么变,还需要老师指导一二
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发表于 Post on 2021-2-3 12:56:19 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-2-3 11:49
老师,我只知道六元环会存在构型的变化,使得能量降低。但是具体怎么变,还需要老师指导一二

构象变化显然是基本不涉及键长变化的,基本只涉及键角和/或二面角的变化。你可以试试柔性扫描,想想扫描哪个角。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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