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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-15 18:10:32 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-15 18:00
用pm6优化出来的结构是这样的,但是在这个结构上继续优化,就完全进行不下去了。

文献里计算 PPh3 还有一种常用方法是用 PH3 来代替,既能节约大量计算量,又能回避苯环位阻的问题(但可能导致模型有一定失真),我推荐你试试看。用 PH3 算出来之后,再在这个结构上接上苯基改回 PPh3,我觉得也不失为一种好办法。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-3-15 18:28:51 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-15 18:10
文献里计算 PPh3 还有一种常用方法是用 PH3 来代替,既能节约大量计算量,又能回避苯环位阻的问题(但可 ...

好的,谢谢老师,我去尝试一下

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发表于 Post on 2021-3-15 22:59:15 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian16计算含过渡金属体系,对于502错误的Convergence failure,采用SCF=vshift=400和SCF=Fermi解决问题的原理是否一样?如果选其中之一,优先选哪一个?

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发表于 Post on 2021-3-16 00:10:50 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-3-15 22:59
请问老师,gaussian16计算含过渡金属体系,对于502错误的Convergence failure,采用SCF=vshift=400和SCF=Fe ...

不一样,第一个是把虚轨道抬高,减少占据轨道-虚轨道混合,第二个是允许占据数为非整数。
个人经验前者有效的概率更高。
另外,如何选择SCF收敛方法,一定要结合SCF的迭代行为来判断,不能不加前提条件地列举一个尝试不同收敛方法的顺序,然后一个一个试,那样很可能会浪费很多次尝试才收敛。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-3-16 00:14:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-3-16 00:15 编辑
sxh3231796 发表于 2021-3-15 18:00
用pm6优化出来的结构是这样的,但是在这个结构上继续优化,就完全进行不下去了。

这个结构很奇怪,一般而言配位的三苯基膦都是正四面体构型,你这里有一个三苯基膦配体非常扭曲。
尝试一下把配合物摆成三角双锥?两个三苯基膦在锥顶位。很多人经常把这种5配位的结构画成有一个空配位点的八面体配位,但是这只是一种方便的记号,实际上一般都是三角双锥或者四方锥
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 07:15:25 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-3-15 12:07
请问老师,gaussian 16 的ADMP任务突然断电,如何续算?

ADMP关键词里有个restart选项,看手册
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 07:21:02 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-15 17:08
求教各位老师,最近想做一个铁络合物催化剂的结构优化,在做初始优化时 PM6方法可以用,但是B3LYP或者PBE之 ...

PM6算这个几乎没有可信度,别拿这个预优化,甚至还不如用你的初始结构好
这体系至少用TPSSh或PBE0来优化,配体用6-31G*,Fe用SDD

初始结构下明显有H...H过近不合理接触,应当旋转苯环使之避开

计算时候总记得加上#P监控SCF迭代过程免得蒙在鼓里。
发现难收敛的情况仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

PS:用3-21G预优化这个体系不当。P不仅是第三周期的,而且又有孤对电子,3-21G描述极差,优化出来的键角可能相当离谱。
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发表于 Post on 2021-3-16 09:22:37 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,想请教一下从orca的out文件或者程序计算节点的top可以看出计算是用哪个版本的openmpi吗?我装了313和314两个版本的openmpi

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发表于 Post on 2021-3-16 14:02:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-16 00:10
不一样,第一个是把虚轨道抬高,减少占据轨道-虚轨道混合,第二个是允许占据数为非整数。
个人经验前者 ...

谢谢!请问SCF=vshift=400和SCF=Fermi可以同时使用吗?

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发表于 Post on 2021-3-16 16:47:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-16 00:14
这个结构很奇怪,一般而言配位的三苯基膦都是正四面体构型,你这里有一个三苯基膦配体非常扭曲。
尝试一 ...

谢谢老师,我去重做一下结构

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发表于 Post on 2021-3-16 16:50:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-16 07:21
PM6算这个几乎没有可信度,别拿这个预优化,甚至还不如用你的初始结构好
这体系至少用TPSSh或PBE0来优化 ...

谢谢老师,但是我之前用TPSS算过一次,基组用def2_TVPZ或者是6-31G(d). 但是反应几乎不动。因为我现在只能使用小型的cluster,想问下1700MB的内存是不是太小了呀?

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发表于 Post on 2021-3-16 16:51:16 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,加了SCF=vshift或SCF=Fermi关键词会导致最终结果存在副作用吗?即加了这个关键词结果可以放心使用吗?例如,会不会加和不加这个关键词能量不能放在一起相比较,几何结构异常,容易出现波函数不稳定,轨道或电子密度等异常?

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发表于 Post on 2021-3-16 18:01:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-3-16 18:05 编辑
sobereva 发表于 2021-3-16 07:21
PM6算这个几乎没有可信度,别拿这个预优化,甚至还不如用你的初始结构好
这体系至少用TPSSh或PBE0来优化 ...

Sob 老师,请问一下(在预优化这个问题上被您怼好几次了),只是很粗略的预优化也一定要用 DFT 而不是半经验方法吗?基组还用 6-31G*,这个计算量离直接优化也差不了太多吧(估计最多能低一个数量级,而 PM6 可能一二十分钟就优化好了)?基组用 3-21G* 怎么样呢?我做这种优化(不含最后的高精度单点能计算)一般都是很多步预优化的,计算等级逐级提升,PM6 → B3LYPD3/3-21G → B3LYPD3/6-31G* → 更高等级,算频率一般只会在最后一步最高等级那一步算频率,您如何评价我这种做法呢?
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发表于 Post on 2021-3-16 19:28:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mt13 于 2021-3-16 19:31 编辑
北大-陶豫 发表于 2021-3-16 18:01
Sob 老师,请问一下(在预优化这个问题上被您怼好几次了),只是很粗略的预优化也一定要用 DFT 而不是半 ...

PM6/PM7优化有机体系还大概可以定性准确,但是优化含过渡金属会离谱。所以有机体系可以先用PM6-D3预优化,再用b3lyp-d3/6-31G*优化。含过渡金属的体系可以考虑先用xtb预优化,再用pbe0之类的结合6-31G*优化。可以看这篇http://sobereva.com/421。DFT用的基组底线是6-31G*,3-21一般从来都不会用吧

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发表于 Post on 2021-3-16 21:36:52 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-3-16 14:02
谢谢!请问SCF=vshift=400和SCF=Fermi可以同时使用吗?

可以一起用,但是效果不及两者的效果之和那么好,基本跟只用前者一样
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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