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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-11 23:57:30 | 只看该作者 Only view this author
Ccarnivore 发表于 2021-3-11 21:56
老师您好,我想问一下在几何优化的时候(我用的是B3LYP/6-31G(d))优化结果打开的时候有键断裂了,这个会 ...

参见http://sobereva.com/414
有键断裂不代表结构一定不合理。如果不确定,把结构贴上来,或者说一下断的是什么键,断之后键长是正常共价键的多少倍。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-12 02:08:08 | 只看该作者 Only view this author
Peter_zhong 发表于 2021-3-11 19:27
请问下老师 您提出的IGMH方法 中文翻译成什么比较合适呢

基于Hirshfeld划分的独立梯度模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-12 02:15:39 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2021-3-11 14:06
计算120电子体系的反应路径,用6-311G**基组进行优化,频率和IRC计算是否足够?是否需要更大的基组进行优化 ...

不要说有多少电子,应当说有多少原子,如果给出具体化学组成更好

如果是120原子,这个基组算这个问题很适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-12 09:22:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-11 23:57
参见http://sobereva.com/414
有键断裂不代表结构一定不合理。如果不确定,把结构贴上来,或者说一下断 ...

谢谢老师,是7-8和16-17之间的C-S键断裂了

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发表于 Post on 2021-3-12 11:23:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-12 02:15
不要说有多少电子,应当说有多少原子,如果给出具体化学组成更好

如果是120原子,这个基组算这个问题 ...

sob老师,一共有20个原子

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发表于 Post on 2021-3-12 16:04:13 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2021-3-12 11:23
sob老师,一共有20个原子

那应该还挺合适的
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-3-12 16:28:35 | 只看该作者 Only view this author
Ccarnivore 发表于 2021-3-12 09:22
谢谢老师,是7-8和16-17之间的C-S键断裂了

所谓“断了”的C-S键只比“没断”的C-S键要长0.1埃,没有任何影响,纯粹是那个碳位阻太大了。
仔细读我上个帖子发的那个链接,了解gaussview里面看到键断裂了意味着什么

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-3-13 17:00:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-12 16:28
所谓“断了”的C-S键只比“没断”的C-S键要长0.1埃,没有任何影响,纯粹是那个碳位阻太大了。
仔细读我 ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2021-3-15 12:07:29 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,gaussian 16 的ADMP任务突然断电,如何续算?

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发表于 Post on 2021-3-15 17:08:53 | 只看该作者 Only view this author
求教各位老师,最近想做一个铁络合物催化剂的结构优化,在做初始优化时 PM6方法可以用,但是B3LYP或者PBE之类的都用不了,def2-tzvp基组也没法使用,请问是因为内存不够吗?
结构总是显示 No special actions if energy rises.就停止不动了

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发表于 Post on 2021-3-15 17:16:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-3-15 17:24 编辑
sxh3231796 发表于 2021-3-15 17:08
求教各位老师,最近想做一个铁络合物催化剂的结构优化,在做初始优化时 PM6方法可以用,但是B3LYP或者PBE之 ...

那步是SCF收敛步骤,本来就要算很久啊。
想要它在过程中打出点什么的话,你可以加 #p,比如 #p opt B3LYP/3-21G

另外你这个结构初猜实在是烂,三苯基膦不同苯环的邻位氢之间没有化学键,距离居然只有 1.2几 Å,这种结构肯定是应该用半经验等方法预优化一下然后再用电子方法优化。


现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-3-15 17:29:30 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-15 17:16
那步是SCF收敛步骤,本来就要算很久啊。
想要它在过程中打出点什么的话,你可以加 #p,比如 #p opt B3LY ...

谢谢老师,但之前在计算的时候,就发现算了一晚上还是停留在这步。之前使用过用pm6优化过的结构,也运行不下去,就想着从最初的结构下手优化试试

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发表于 Post on 2021-3-15 18:00:10 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-15 17:16
那步是SCF收敛步骤,本来就要算很久啊。
想要它在过程中打出点什么的话,你可以加 #p,比如 #p opt B3LY ...

用pm6优化出来的结构是这样的,但是在这个结构上继续优化,就完全进行不下去了。

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发表于 Post on 2021-3-15 18:03:52 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-15 17:29
谢谢老师,但之前在计算的时候,就发现算了一晚上还是停留在这步。之前使用过用pm6优化过的结构,也运行 ...
谢谢老师,但之前在计算的时候,就发现算了一晚上还是停留在这步。
程序被杀掉了吗?没有的话就继续算。或者你可以降低基组,从 3-21G 慢慢往上加。另外,可能你昨天晚上看的是初始结构停在 SCF 这步,但今天早上看到的就是优化了很多步之后的结构停在 SCF 这步了。
可以用我这个脚本察看:
【分享】监督高斯结构优化进度的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-21118-1-1.html


之前使用过用pm6优化过的结构,也运行不下去,就想着从最初的结构下手优化试试


初猜结构就应该用pm6优化过的结构。烂结构只会增加 SCF 收敛的难度。


现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-3-15 18:06:53 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-15 18:00
用pm6优化出来的结构是这样的,但是在这个结构上继续优化,就完全进行不下去了。

啊这,怎么还是有两个非键氢距离 1.58 Å
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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