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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-3-16 21:39:08 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2021-3-16 16:51
请问老师,加了SCF=vshift或SCF=Fermi关键词会导致最终结果存在副作用吗?即加了这个关键词结果可以放心使 ...

不会。对波函数不稳定性出现的概率会有一些影响,但不好说影响是正的还是负的。
如果用改变格点、积分精度的方法帮助收敛,会有能量不可比的问题,但是你列举的这两个不会
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-17 06:09:42 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-16 16:50
谢谢老师,但是我之前用TPSS算过一次,基组用def2_TVPZ或者是6-31G(d). 但是反应几乎不动。因为我现在 ...

谁让你用def2-TZVP了,能不贵么?

6-31G*都算不动明显说明机子太烂,有个20核的机子都不可能优化不动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-17 06:25:28 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-16 18:01
Sob 老师,请问一下(在预优化这个问题上被您怼好几次了),只是很粗略的预优化也一定要用 DFT 而不是半 ...

3-21G预优化大多数情况是多余的,因为优化后的结果质量太差,本身3-21G优化还要花时间,还不如直接就用6-31G*优化
如果初始结构偏离实际情况可能太大,一般用GFN-xTB预优化一次就够了(有机体系可以用半经验)
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发表于 Post on 2021-3-17 14:52:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-17 06:25
3-21G预优化大多数情况是多余的,因为优化后的结果质量太差,本身3-21G优化还要花时间,还不如直接就用6- ...

谢谢老师。那么 3-21G* 怎么样呢?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-3-17 16:53:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-17 06:09
谁让你用def2-TZVP了,能不贵么?

6-31G*都算不动明显说明机子太烂,有个20核的机子都不可能优化不动

谢谢老师,还想问一下怎么查看使用的计算机是几核的呀?用的是系里小型的cluster

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发表于 Post on 2021-3-17 17:13:57 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请教一个小问题。我测试一个体系直接用水做溶剂scrf(SMD,solvent=water),和把水的介电常数scrf(SMD,read)拿出来做计算的能量差,发现两者能量差值为6kcal/mol,这是正常的吗?感觉用介电常数算溶剂化能量差有点大呢?

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发表于 Post on 2021-3-17 17:46:06 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2021-3-17 16:53
谢谢老师,还想问一下怎么查看使用的计算机是几核的呀?用的是系里小型的cluster

cat /proc/cpuinfo
会把每个核的情况列举出来,多少个物理核、多少个逻辑核、CPU型号等等都有
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发表于 Post on 2021-3-17 19:15:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-17 17:46
cat /proc/cpuinfo
会把每个核的情况列举出来,多少个物理核、多少个逻辑核、CPU型号等等都有

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-3-17 19:23:49 | 只看该作者 Only view this author
用高斯做TDDFT,想算电荷转移的激发能,如果电荷转移前后的spin multiplicity不同,那在高斯的输入文件里应该写转移前的还是转移后的spin multiplicity?

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发表于 Post on 2021-3-17 22:53:34 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2021-3-17 19:23
用高斯做TDDFT,想算电荷转移的激发能,如果电荷转移前后的spin multiplicity不同,那在高斯的输入文件里应 ...

原则上哪个都可以,既可以设成转移前的,也可以设成转移后的,如果设成转移后的,把激发能取个负号就行了。
受高斯软件功能限制,激发态的多重度必须大于等于基态的多重度才能算(如果基态是闭壳层,要加triplets关键字,如果基态是开壳层,不需要加任何关键字,但是要手动从输出文件里挑出自旋多重度变大的态),如果不满足这个条件,那么可以考虑把激发态当成基态,把基态当成激发态来算。此外受TDDFT理论的限制,两个态的自旋多重度最多差1,如果差得不止1,需要选一个或若干个自旋态居中的态来“接力”计算。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-18 05:18:59 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2021-3-17 17:13
老师们好,请教一个小问题。我测试一个体系直接用水做溶剂scrf(SMD,solvent=water),和把水的介电常数scrf( ...

大抵read的时候你没定义非极性部分参数所致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-18 05:19:48 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-17 14:52
谢谢老师。那么 3-21G* 怎么样呢?

比3-21G强点,起码对第三周期的有极化函数了,但是对N、O等特别需要极化函数的还是没有极化,所以结果还是特烂
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发表于 Post on 2021-3-18 08:43:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-18 05:19
比3-21G强点,起码对第三周期的有极化函数了,但是对N、O等特别需要极化函数的还是没有极化,所以结果还 ...

明白了,谢谢老师指正
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-3-18 08:48:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,小弟有一个问题,在研究A吸附到B团簇上时,发现B吸附前后发生形变

然后想用SAPT进行能量分解,发现SAPT计算出来的能量(金标准)与吸附能(单体优化)对应不好,如果单体的能量用最后吸附复合物中的A和B单独拿出来计算(不优化),这样计算出来的吸附能与SAPT的能量就吻合的非常好,能不能将最开始的吸附能分解为形变能和相互作用能(就是单独抠出来计算得到的吸附能,不知道这样叫法是否得当),然后再拿这个相互作用能与SAPT的能量进行比较,说明SAPT计算出的能量分解是可靠的?

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发表于 Post on 2021-3-18 11:31:34 | 只看该作者 Only view this author

求助:CPHF failed to converge in LinEq1出错

优化出错,加上qc以后出现以下错误:CPHF failed to converge in LinEq1使用的输入是:#P b3lyp/genecp opt freq scale=0.9804 scf=qc
                                                。。。
                            lanl2dz基组
输出文件见附件,文件太大 不能直接上传,压缩了一下,给大家造成大麻烦很抱歉。
在附件里还上传了输出文件的最后几行截图

第一次没加qc时,出错。后来尝试过的方法有:1、能级移动SCF=vshift=500  。 2、SCF=NoVarAcc   。3、使用小基组的chk  guess=read  4、scf=gdiss   。5、如上的qc


求大佬指点 ,万分感谢

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