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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-8-24 13:16:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-23 15:55
可以,不过泛函不是算准这个体系的重点,重点在于显式描述Li的溶剂化,以及对Li的配位模式做构型搜索。把 ...

您好,谢谢您的解答。如何显式描述Li的溶剂化和对其配位模式做构型搜索,您能给我提供一些资料吗?

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发表于 Post on 2021-8-24 16:17:11 | 只看该作者 Only view this author
Grease 发表于 2021-8-24 06:16
您好,谢谢您的解答。如何显式描述Li的溶剂化和对其配位模式做构型搜索,您能给我提供一些资料吗?

http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
你先查一下Li+在你用的溶剂里的配位数,然后加入合适数目的溶剂分子,然后按照上面的办法用molclus做构型搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-8-25 13:16:00 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,同学们好,本人刚接触Gaussian,Multiwfn的使用,主要用于是计算一个物质和水分子形成氢键的键能,由于查询不到这个物质和水分子形成氢键的结构形式,就根据氢键形成的基本原理画出链接图,之后使用Gaussian来进行体系的优化,之后得到的结构是学习sob老师的计算分子内氢键键能的几种方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)帖子中方法使用Multiwfn计算BCP,请问我的这个流程是否正确呢,对于不知道连接方式的物质就根据基本原理连接后进行优化,再进行分析?当然其中也有问题就是有几次优化终止或者是优化后键消失了,前一种情况是不是选取的基组问题,后一种是对最后分析有很大影响么,附件中是我的一次简单尝试,基组选择比较简单,然后图中氢键是我用Gaussian手动连接的,希望各位老师同学能够指出我的错误,给予我一些指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-25 13:42:23 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-8-25 13:16
各位老师,同学们好,本人刚接触Gaussian,Multiwfn的使用,主要用于是计算一个物质和水分子形成氢键的键能 ...

你用的6-311G都没极化函数,结果等于垃圾,完全没法用
仔细看此文再做计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
优化时候6-311G**就够了,而如果通过下文的做法根据BCP性质预测氢键结合能,基组应当用原文里拟合参数时用的ma-def2-TZVPP(去掉弥散,即def2-TZVPP,也可以接受)
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

如果你用B3LYP的时候没带色散校正,记得带上
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

并且仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

当前的氢键作用方式没有问题。你的氢键受体只可能是仅有的那个N的孤对电子位置,所以直接手动摆初猜结构然后优化就行了。对于结合方式比较复杂、手动摆不好考虑周全的情况建议用genmer做二聚体构型搜索
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-25 14:01:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-25 13:42
你用的6-311G都没极化函数,结果等于垃圾,完全没法用
仔细看此文再做计算
谈谈量子化学中基组的选择

万分感谢sob老师的建议

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发表于 Post on 2021-8-25 14:59:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-24 16:17
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
你先查一下Li+在你用的溶剂里的配位数,然后加入合适数目 ...

好的,万分感谢

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发表于 Post on 2021-8-25 15:17:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-23 15:24
任务没算完或者异常终止了,对于后者仔细看输出文件末尾搞清楚原因

谢谢指导

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发表于 Post on 2021-8-26 16:43:22 | 只看该作者 Only view this author

求助 激发态柔性扫描问题

对分子做激发态二面角的柔性扫描,报错如下:The following ModRedundant input section has been read: Wanted a floating point number as input.
Found an integer as input.
D 4 1 6 5 S 9 10                                                               
                 ?
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe at Thu Aug 26 16:33:12 2021.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

输入代码如下:

使用版本高斯09 D01 32位的  想问问大佬们这个问题咋解决

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发表于 Post on 2021-8-26 16:51:29 | 只看该作者 Only view this author
报错写的很清楚。
Wanted a floating point number as input.
Found an integer as input.
把最后一个10换成10.0或者10.
另外,尽量别用32位版本Gaussian,资源太受限制

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发表于 Post on 2021-8-26 17:07:00 | 只看该作者 Only view this author
谢谢问题解决了,我是个计算小白就先用了这个软件,后面再找个64位的

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发表于 Post on 2021-8-27 09:22:13 | 只看该作者 Only view this author
老师,我对一个100多个原子的大体系团簇,通过g16进行优化的时候,log文件中,看到了4个YES,优化结束。但是为什么后面它又进行了一步优化,出现3个YES呢?在GaussView里面看到的Optimization Plot的图也还可以,,没有很奇怪的变化。
始终相信生活美好,万物可爱!

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发表于 Post on 2021-8-27 15:02:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tiaotiao 于 2021-8-27 15:11 编辑
sobereva 发表于 2021-8-25 13:42
你用的6-311G都没极化函数,结果等于垃圾,完全没法用
仔细看此文再做计算
谈谈量子化学中基组的选择

sob老师您好,在使用def2-TZVPP进行优化DIPA跟水分子形成氢键的物质结构时,我是按照http://sobereva.com/60中操作下载好基组后按照自定义基组的方法进行的操作(把基组粘贴到坐标后,即我的附件中),Gaussian在正常的运行没有报错,但是运行了将要两天还只是运行到第五次的循环,这是正常的运行中吗?还是我使用基组的操作有误呢?然后还有一个问题想要请教您,关于计算分子内氢键键能的几种方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的MTA法,是否就是我可以直接使用Gaussian,6-311G**来进行优化DIPA,DIPA和水形成氢键的物质,水分子,三者进行结构优化后再使用Gaussian来进行energy的计算,最后将三者的能量加减呢?实际操作过程中,单优化DIPA,优化DIPA和水形成的物质,两者中的DIPA结构不同,甚至水分子中和DIPA成氢键的H连接O的键长也会有变化(没有其他的特殊键出现),这会影响MTA法计算的氢键强度么,还是说这样没有影响,又或者说我的思路就是错误的呢?还是说应该先单独优化DIPA和水形成氢键的物质后计算能量,然后分别把优化后结构中的DIPA和水分子单独拿出来计算能量?(因为帖子中是用H取代基团,但是DIPA和水是仅有的那个N的孤对电子位置形成的氢键,就是不需要H取代而是直接可以分开

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发表于 Post on 2021-8-27 18:28:57 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-8-27 02:22
老师,我对一个100多个原子的大体系团簇,通过g16进行优化的时候,log文件中,看到了4个YES,优化结束。但 ...

参见http://sobereva.com/278
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-27 19:11:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-27 18:28
参见http://sobereva.com/278

嗯嗯,谢谢老师!我刚刚无意间也看到了卢老师这条博文!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 14:07:49 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-8-27 15:02
sob老师您好,在使用def2-TZVPP进行优化DIPA跟水分子形成氢键的物质结构时,我是按照http://sobereva.com ...

搞清楚当前并行没有,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

本来def2-TZVPP就是内置的

用def2-TZVPP优化太浪费

直接用B3LYP不带色散校正算这个完全无法接受,仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557

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