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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-8-28 21:26:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-28 14:07
搞清楚当前并行没有,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http:// ...

感谢您的解答,确实是我没有修改成并行

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发表于 Post on 2021-8-29 17:15:20 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在分析开壳层体系的时候,同时分析了UHF轨道,还有双正交轨道。现在想分析一下哪些UHF轨道和得到的某一条双正交轨道有关联,是什么样的关联关系,想请教一下各位老师这个如何分析,用Multiwfn可以分析吗,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2021-8-30 10:22:59 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问图中的S2 = 0.758 是什么意思呢?S2是指激发态嘛?

屏幕截图 2021-08-30 102033.jpg (181.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

S2 = 0.758

 S2 = 0.758

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-30 10:46:57 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2021-8-29 17:15
各位老师好,在分析开壳层体系的时候,同时分析了UHF轨道,还有双正交轨道。现在想分析一下哪些UHF轨道和得 ...

先用Multiwfn产生记录双正交化轨道的波函数文件,之后用Multiwfn手册3.200.6节说的功能获得记录正交化轨道的波函数文件和记录原先分子轨道的波函数文件二者之间的轨道转化关系。

以后有Multiwfn相关的基础性问题请在本帖1L提到的Multiwfn答疑专贴里发帖。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-30 11:02:33 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-30 10:22
老师好,请问图中的S2 = 0.758 是什么意思呢?S2是指激发态嘛?

S^2算符期望值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-30 15:07:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-30 10:46
先用Multiwfn产生记录双正交化轨道的波函数文件,之后用Multiwfn手册3.200.6节说的功能获得记录正交化轨 ...

好的收到,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2021-8-30 15:47:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tiaotiao 于 2021-8-30 15:56 编辑

各位老师,请问在使用自定义基组时,我是需要把他的数据粘贴到坐标后面,请问原始设置中(就是图中坐标后面那串数),代表什么意思呢,在使用自定义基组时候,我是否需要手动删除它呢,还是在自定义基组前或者后面?有什么影响吗?然后关于gaussian色散校正,16版本应该是直接EmpiricalDispersion=GD3BJ就可以使用了么(看过了帖子就是有些不确认)

202108301544166630..png (22.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

202108301544166630..png

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发表于 Post on 2021-8-30 15:59:36 | 只看该作者 Only view this author

收到,谢谢sob老师
再请教老师一下
下图是一个异构化反应,左边对应的是一个三重态物质,右边是三重态不稳定,俩个双自由基结合成键形成一个稳定的物种
但是学生在找这步异构化反应的时候,在过渡态的寻找上遇到了难题,将N-N距离拉进,并将CH2的角度提高一点。
但是得到的多是和该步反应无关的物种
不知道老师是否有什么建议可以告知学生
此外我在自旋多重度为3和1都设置过进行寻找,但是并没有理想的结果
PS:按理说这步异构化反应的过渡态是不是介于1和3之间啊(这种从三重态到单重态的自旋多重度拿捏不准)

感谢阅读,谢谢老师~~

不同自旋多重度(异构化)_LI.jpg (88.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

不同自旋多重度(异构化)_LI.jpg

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发表于 Post on 2021-8-30 16:17:25 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-30 08:59
收到,谢谢sob老师
再请教老师一下
下图是一个异构化反应,左边对应的是一个三重态物质,右边是三重态 ...

首先应该确定,这个N-N键生成的反应,是不是左边这个物种的能量最低的反应途径。一个体系有两个自由基,不代表这两个自由基必然偶合,可能有其他途径比两个自由基的偶合更容易,比如中间CH2上的一个氢迁移到其中一个N上。如果后者比自由基偶合容易得多的话,不仅很难找到自由基偶合的过渡态,而且找到了用处也不大,因为实验上几乎不发生这个反应。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-8-30 16:25:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-30 16:17
首先应该确定,这个N-N键生成的反应,是不是左边这个物种的能量最低的反应途径。一个体系有两个自由基, ...

收到,谢谢老师,老师说的H转移路径学生找到了,这步反应是为了势能面完整,导师看文献里有提到这个路径,让我去找这个过渡态试一试,老师和我这么一说,学生明白了,即使找到,意义也不大
附图:导师给的这条路径来源

自由基.jpg (38.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

自由基.jpg

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发表于 Post on 2021-8-30 16:37:08 | 只看该作者 Only view this author
Zhangzhihe 发表于 2021-8-30 09:25
收到,谢谢老师,老师说的H转移路径学生找到了,这步反应是为了势能面完整,导师看文献里有提到这个路径 ...

只有当(19)确实远比(18)容易时,找到(18)才意义不大。如果没有任何文献证据表明(19)比(18)容易得多,那么(18)还是有必要找一下,只不过不是必须找到,如果确实经过多次尝试仍然找不到,写文章的时候可以照实说,这样别人也都能理解,虽然没有严格证明这个反应比较难发生,但是大概率不太容易。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-31 11:22:13 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好。我想请教下关于CH4标准生成焓计算问题。计算采用精度很高的CBS-QB3,但是计算结果与实验值相差较大,以下是计算中输入及输出相关信息截图:

微信截图_20210831112132.jpg (55.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

微信截图_20210831112132.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-31 13:41:59 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-8-30 15:47
各位老师,请问在使用自定义基组时,我是需要把他的数据粘贴到坐标后面,请问原始设置中(就是图中坐标后面那串 ...

那是连接关系,此文说了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

删不删随你。如果写了geom=connectivity就不能删,如果删了就把geom=connectivity一起删掉

此文写得没法更清楚了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-31 13:58:51 | 只看该作者 Only view this author
594yy 发表于 2021-8-31 11:22
各位老师好。我想请教下关于CH4标准生成焓计算问题。计算采用精度很高的CBS-QB3,但是计算结果与实验值相差 ...

CBS-QB3本身误差平均就能有一点几kcal/mol,而且石墨的蒸发焓实验误差也不小,即便你的计算方式正确,有这样的差异也不是很意外
你的体系非常小,为了让理论计算层面误差尽可能小,对于Gaussian用户建议用W1
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发表于 Post on 2021-8-31 14:40:34 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想问一下原子化能跟解离能有什么区别呢?计算时有区别吗

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