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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-9-6 13:56:38 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我的IRC总是跑了3步就正常收敛了,而我想要的是H和Cl反应成HCL,远远未达到我想的中间体,默认应该是20步呀。过渡态和IRC的输出文件上传了,请老师帮忙指导下

irc.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 15:22:12 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2021-9-6 10:15
请问老师,我用ORCA进行优化的时候出现报错:[file orca_main/mainfcts.cpp, line 624]: Error : multiplic ...

电子数是奇数时不可能自旋多重度为1,这是量化最基本常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 15:22:27 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2021-9-6 13:56
请问老师,我的IRC总是跑了3步就正常收敛了,而我想要的是H和Cl反应成HCL,远远未达到我想的中间体,默认应 ...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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发表于 Post on 2021-9-6 16:02:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-6 15:22
电子数是奇数时不可能自旋多重度为1,这是量化最基本常识

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-9-8 13:09:39 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师,我用B3LYP-D3/def-TZVP对TiO2团簇吸附有机分子构型优化完后,计算单点用B3LYP-D3/def2-TZVP合适还是M06-2X/def2-TZVP?

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发表于 Post on 2021-9-8 22:50:07 | 只看该作者 Only view this author
为什么同样的结构在不同的电脑上运行计算,结果不一样啊(一个正常结束,一个错误)?附件中的10right是正常的结果,10wrong是不正常结果。计算的是irc路径,但是中间结构的能量就不一样。这是为啥?是不是需要重新安装Gaussian,还是硬件的问题。这台电脑在计算其他结构是都无一例外的是不正常结束。
链接:https://pan.baidu.com/s/1W3nfuLpWlTJGIlo7qoVn7A
提取码:e9m1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-8 23:14:41 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-9-8 13:09
请教一下各位老师,我用B3LYP-D3/def-TZVP对TiO2团簇吸附有机分子构型优化完后,计算单点用B3LYP-D3/def2-T ...

都不特别合适
算过渡金属配合物用B3LYP不是上佳的选择
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

不过鉴于你都已经优化完了,就凑合用B3LYP-D3继续算单点吧

M06-2X绝对不能用于算过渡金属体系,上面泛函选择的文章说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-8 23:15:41 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-9-8 22:50
为什么同样的结构在不同的电脑上运行计算,结果不一样啊(一个正常结束,一个错误)?附件中的10right是正常 ...

先确保程序版本(具体到修订版)完全相同。如果能确保,就是巧合
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-9 11:08:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-8 23:14
都不特别合适
算过渡金属配合物用B3LYP不是上佳的选择
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

好的,多谢sob老师,那对于TiO2团簇吸附有机分子来说,结合SMD算溶解能用M05-2X/6-31g*吗?还是继续用B3LYP-D3

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发表于 Post on 2021-9-9 12:17:37 | 只看该作者 Only view this author
感谢楼主 !
新人提问:本人课题溶剂脱硫,最近需要通过量子化学计算探究溶剂与硫醇之间弱相互作用机理,在使用Gaussian做结构优化和振动分析时,请问我的溶剂分子中同时存在羟基和胺基时,我构建溶剂溶质分子初始位置的文件时,硫醇应该对着羟基还是应该对着胺基?

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发表于 Post on 2021-9-9 15:38:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2021-9-9 15:42 编辑
sobereva 发表于 2021-9-8 23:15
先确保程序版本(具体到修订版)完全相同。如果能确保,就是巧合
数值误差对计算化学结果重现性的影响
...

我又上传了优化的任务,两台配置一样的电脑(Gaussian的版本也是一样的)结果也不一样(一台正常结束,一台错误),可能不是巧合。尤其能量值更不在一个数量级。之前计算的时候就发现提交的任失败居多。检查错误的那个优化文件(16wrong.log)发现,有些原子都重叠在一起了。请老师查看对比这两个文件。
链接:https://pan.baidu.com/s/1jswzrPQ6m1XWnZdpazLunQ
提取码:krdt

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发表于 Post on 2021-9-9 15:40:32 | 只看该作者 Only view this author

计算超极化率

请问各位老师高斯或者结合Multiwfn可以用有限场方法计算极化率吗?

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发表于 Post on 2021-9-9 15:49:58 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-9 05:17
感谢楼主 !
新人提问:本人课题溶剂脱硫,最近需要通过量子化学计算探究溶剂与硫醇之间弱相互作用机理, ...

最好两者都试,取自由能较低的。估计对着氨基更稳定,但是为了说服审稿人,对着羟基的早晚也要算,只有算出来发现对着羟基确实更不稳定,才能说明对着氨基算是合理的。更严格的做法是用molclus做构型搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-9-9 16:14:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-9 15:49
最好两者都试,取自由能较低的。估计对着氨基更稳定,但是为了说服审稿人,对着羟基的早晚也要算,只有算 ...

好的,谢谢老师
麻烦再请教一个问题,在构建溶剂-溶质体系后进行构型优化和振动分析,请问使用M062X/6-311+g*泛函基组时,添加色散矫正em=gd3与否的两种结果是否会有明显差距,哪种结果更好?

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发表于 Post on 2021-9-9 17:17:27 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-9 09:14
好的,谢谢老师
麻烦再请教一个问题,在构建溶剂-溶质体系后进行构型优化和振动分析,请问使用M062X/6-3 ...

加GD3改进不大但没有坏处,如果体系比较大(比如大于50个原子),远程色散作用比较明显的情况,个人建议还是加
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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