计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

490

帖子

2

威望

5306

eV
积分
5836

Level 6 (一方通行)

13696#
发表于 Post on 2021-9-9 18:24:51 | 只看该作者 Only view this author
这个用高斯就可以计算,通过field关键词加电场,然后利用有限差分方法求极化率和超极化率。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13697#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-9 19:45:41 | 只看该作者 Only view this author
shine 发表于 2021-9-9 15:40
请问各位老师高斯或者结合Multiwfn可以用有限场方法计算极化率吗?

仔细看此文
使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出
http://sobereva.com/231

先明确为什么要用有限场
如果用的理论方法有解析Hessian,就没必要有限场;如果没有解析Hessian,直接按上文说的用polar关键词就完了,自动就会通过有限差分算Hessian,等同于有限场,也用不着自己手算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13698#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-9 20:05:34 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-9-9 11:08
好的,多谢sob老师,那对于TiO2团簇吸附有机分子来说,结合SMD算溶解能用M05-2X/6-31g*吗?还是继续用B3L ...

用B3LYP-D3比用M05-2X更说得过去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13699#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-9 20:07:49 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-9 12:17
感谢楼主 !
新人提问:本人课题溶剂脱硫,最近需要通过量子化学计算探究溶剂与硫醇之间弱相互作用机理, ...

结构比较简单的情况,拿不准就把几个可能的结构都作为初猜分别计算比较最终自由能高低判断用哪种
较为复杂的情况,手摆考虑不周全又麻烦,最适合用genmer+molclus做构型搜索,方便可靠
Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13700#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-9 20:09:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2021-9-9 15:38
我又上传了优化的任务,两台配置一样的电脑(Gaussian的版本也是一样的)结果也不一样(一台正常结束,一 ...

明摆着不一样
wrong的输出文件里直接能看到
Warning!  N  atom    2 has  7 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  N  atom    6 has  7 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  N  atom   14 has  7 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  N  atom   15 has  7 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!

显然有的原子没定义基组,自定义基组部分写错了所致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

13701#
发表于 Post on 2021-9-9 20:33:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-9 20:09
明摆着不一样
wrong的输出文件里直接能看到
Warning!  N  atom    2 has  7 valence electrons but on ...

哎呀,这这犯个低级错误。

18

帖子

0

威望

49

eV
积分
67

Level 2 能力者

13702#
发表于 Post on 2021-9-9 23:00:25 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算内部不稳定

各位老师好,我有一个iron sulfide 的矿物结构,想用高斯计算知道最低能量的自旋状态是什么样的(low spin, antiferromagnetic, ferromagnetic),就想用fragment来指定每个原子的自旋状态,做single point energy计算。按照高斯官方的视频教程,第一步用了guess=(only, fragment=N)来猜测wavefunction; 第二步用stable, guess=read, geom=AllCheck 来检测wavefunction 的稳定性。但是第二步有的计算SCF不收敛,有的显示The wavefunction has an internal instability. 求问这种情况该怎么办?结构不能改变,初猜的话因为用fragment的初猜,所以也不太能改变。
第一步的话,我用g09计算就一直报错,但是g16就没问题,这是为什么?十分感谢!

4290

帖子

4

威望

9556

eV
积分
13926

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

13703#
发表于 Post on 2021-9-9 23:47:49 | 只看该作者 Only view this author
既然有g16,就没必要用g09了,g09的报错不谈也罢。

用stable=opt,它不仅能检测波函数稳定性,还能自动优化波函数至稳定(如果发现不稳定的话)。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13704#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-10 02:17:39 | 只看该作者 Only view this author
cinnabar0321 发表于 2021-9-9 23:00
各位老师好,我有一个iron sulfide 的矿物结构,想用高斯计算知道最低能量的自旋状态是什么样的(low spin, ...

仔细看此文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

不稳定大概率是片段初猜并不很合理,尝试不同的片段初猜方式。或者stable=opt自动给你找稳定的波函数,但是代价比用片段初猜高得多得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

173

帖子

0

威望

1036

eV
积分
1209

Level 4 (黑子)

13705#
发表于 Post on 2021-9-10 11:06:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-9 20:05
用B3LYP-D3比用M05-2X更说得过去

好的多谢sob老师

37

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1264

Level 4 (黑子)

13706#
发表于 Post on 2021-9-10 17:07:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-9 19:45
仔细看此文
使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出
http://sobereva.com/231

好的,谢谢老师,想用有限场的原因是为了避免审稿人问为什么不用多种方法计算超计划率,只用CPKS或者SOS是否具有说服力

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

13707#
发表于 Post on 2021-9-10 18:23:44 | 只看该作者 Only view this author
shine 发表于 2021-9-10 10:07
好的,谢谢老师,想用有限场的原因是为了避免审稿人问为什么不用多种方法计算超计划率,只用CPKS或者SOS ...

用CPKS就行了。SOS是CPKS的近似,基组趋于无穷大且sum的态数趋于无穷大时,结果无限趋近CPKS的结果;而有限场在场强非零时也是CPKS的近似,当场强趋于0时结果无限趋近CPKS的结果。所以只要程序支持CPKS计算超极化率,就应当用CPKS,有限场或SOS只有在程序不支持CPKS,或怀疑程序的CPKS有bug时才需要用
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

37

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1264

Level 4 (黑子)

13708#
发表于 Post on 2021-9-10 19:42:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-10 18:23
用CPKS就行了。SOS是CPKS的近似,基组趋于无穷大且sum的态数趋于无穷大时,结果无限趋近CPKS的结果;而有 ...

好的,感谢老师

13

帖子

0

威望

101

eV
积分
114

Level 2 能力者

13709#
发表于 Post on 2021-9-10 20:39:09 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想请问一下,离子的原子化能该如何计算?比如OH+,计算方法与中性体系有区别吗,

18

帖子

0

威望

49

eV
积分
67

Level 2 能力者

13710#
发表于 Post on 2021-9-11 01:55:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-10 02:17
仔细看此文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

谢谢老师!我能不能问另外一个问题:用fragment指定自旋的时候,如何指定其中一个fragment为low spin 而其它的fragment是high spin? 因为有的fragment有自旋,所以我必须用unrestricted spin, 但是这样的话想让low spin的fragment系统就会自己分配spin,实际上就变成了antiferromagnetic. 谢谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 17:10 , Processed in 0.175015 second(s), 19 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list