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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-9-11 01:56:51 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-9-9 23:47
既然有g16,就没必要用g09了,g09的报错不谈也罢。

用stable=opt,它不仅能检测波函数稳定性,还能自动 ...

谢谢大神!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-11 02:23:55 | 只看该作者 Only view this author
shine 发表于 2021-9-10 17:07
好的,谢谢老师,想用有限场的原因是为了避免审稿人问为什么不用多种方法计算超计划率,只用CPKS或者SOS ...

对于DFT算(超)极化率,本来CPKS就是最严格的,显然如果没有特殊原因就没必要用其它的
用FF(直接用关键词,或者手动实现)的情况仅在于当前没有相应阶的解析导数,或者你算高阶超极化率的时候并不打算得到所有张量分量,而只需要某个分量(如ZZZ),这时候单独靠FF算这一个分量可能耗时比直接polar关键词算出来整个张量更低。
PS:当年听一个报告,报告人用DFT算第一超极化率,明明有CPKS基于解析导数不用,竟然用FF,被我抨击了一通... 这种胡算瞎算的行为真不少见,连解析导数和数值导数都分不清楚

用SOS的好处在于能分析(超)极化率的主要内在来源、做一些解释,可以方便地一次性算一大批频率下的(超)极化率甚至做频率的扫描,并且算大体系有可能比CPKS更快,但需要测试考虑的态数的收敛性。相关内容看
使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率
http://sobereva.com/232
谈谈计算第一超极化率的双能级公式
http://sobereva.com/361http://bbs.keinsci.com/thread-5102-1-1.html
使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析
http://sobereva.com/512http://bbs.keinsci.com/thread-14501-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-11 02:32:36 | 只看该作者 Only view this author
iiiDonghae 发表于 2021-9-10 20:39
老师,我想请问一下,离子的原子化能该如何计算?比如OH+,计算方法与中性体系有区别吗,

双原子离子就说解离能就完了
你得说清楚解离后的原子带电荷的是哪个,或者你把中性状态的原子化和电离能/电子亲和能都给出。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-11 02:35:30 | 只看该作者 Only view this author
cinnabar0321 发表于 2021-9-11 01:55
谢谢老师!我能不能问另外一个问题:用fragment指定自旋的时候,如何指定其中一个fragment为low spin 而 ...

你想怎么设就怎么设,原理上只要保证各个片段的alpha(beta)电子数加和等于整体的alpha(beta)电子数就完了。
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发表于 Post on 2021-9-11 21:36:42 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问使用Shermo计算焓熵时候,是否对于只要是Gaussian优化+振动分析后都可以计算呢,即使此物质是合成物,在使用频率校正因子时,都直接根据选择的基组找对应的校正因子使用对么(http://bbs.keinsci.com/thread-3805-1-1.html)

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发表于 Post on 2021-9-11 22:55:49 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-11 14:36
各位老师,请问使用Shermo计算焓熵时候,是否对于只要是Gaussian优化+振动分析后都可以计算呢,即使此物质是合 ...

没看懂你要问什么
“即使此物质是合成物”,这和是否是“合成物”没有半点关系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-9-11 23:19:28 | 只看该作者 Only view this author
想请问一下,分子激发态的原子化能实验值没有具体给出,可以用基态的原子化能实验值加某项获得吗

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发表于 Post on 2021-9-11 23:21:56 | 只看该作者 Only view this author

求助Gaussian计算拉曼光谱时任务被自动kill是什么原因?怎么办?

各位大佬,我在计算一个BDT和缺陷石墨烯复合结构的拉曼光谱,但是计算一半任务自动kill了,能不能帮我看一下出什么问题了?这是输入文件和输出文件。

mvr.out

26.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输出文件

mvr.gjf

3.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

输入文件

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发表于 Post on 2021-9-12 01:29:51 | 只看该作者 Only view this author
iiiDonghae 发表于 2021-9-11 16:19
想请问一下,分子激发态的原子化能实验值没有具体给出,可以用基态的原子化能实验值加某项获得吗

可以,用基态的原子化能和绝热激发能就行了,其中绝热激发能也可以取实验值(如果有的话)
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-12 05:34:11 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-11 21:36
各位老师,请问使用Shermo计算焓熵时候,是否对于只要是Gaussian优化+振动分析后都可以计算呢,即使此物质是合 ...


“合成物”指代不明。不管什么体系,只要Gaussian等量化程序能做振动分析,之后就能结合Shermo算热力学数据

频率校正因子取决于理论方法和基组,和体系没有直接相关性

谈谈谐振频率校正因子
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CohenTang 发表于 2021-9-11 23:21
各位大佬,我在计算一个BDT和缺陷石墨烯复合结构的拉曼光谱,但是计算一半任务自动kill了,能不能帮我看一 ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
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发表于 Post on 2021-9-13 10:37:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-11 22:55
没看懂你要问什么
“即使此物质是合成物”,这和是否是“合成物”没有半点关系

不好意思老师,是我的表述出现问题,因为对于自然界常见物质可以通过查相关手册找到熵焓等性质数据,对于某个尚未有人做过性质测定的非天然物质,不清楚是不是只要经过振动分析后,Shermo必然可以计算出此物质的这类性质

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发表于 Post on 2021-9-13 10:51:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-12 05:34

“合成物”指代不明。不管什么体系,只要Gaussian等量化程序能做振动分析,之后就能结合Shermo算热力 ...

嗯,谢谢sob老师,请问老师在校正因子汇总表格中,有的方法是相同,但是数据不同(它们的source不同),选取的时候应该看哪个呢?然后还有一个小问题,在正常使用Gaussia选取方法或者基组时,是Gaussia版本问题还是说一些方法需要手动修改呢(在Gaussia16内找不到),譬如方法CCSD(T),基组DEF2一类的,TZVPP(自带的是DGTZVP),在基组选择这个文章里也找不着相关内容(接触时间尚短,找不着这类内容,希望老师解惑)

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发表于 Post on 2021-9-13 14:57:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-9-13 08:04 编辑
tiaotiao 发表于 2021-9-13 03:37
不好意思老师,是我的表述出现问题,因为对于自然界常见物质可以通过查相关手册找到熵焓等性质数据,对于某 ...

1. 即使非天然物质,也有一部分是有实验的热化学数据的;即使是天然物质,也有一部分是没有实验的热化学数据的
2. Shermo可以算任何分子的热化学数据,准确地说只要高斯能算出热化学数据的体系,Shermo必然也能算,Shermo相比高斯的优点主要是准,而不是能算某些高斯算不了的体系。即便是已经有实验的热化学数据的体系,Shermo也能算,但因为计算误差,结果不会和实验值严格相同
3. 同一篇文章要么都用实验值,要么都用计算值,除个别有文献先例的特殊情况(如涉及质子的溶解自由能等)以外不得混用。所以但凡你的文章里有一个分子必须用Shermo算,所有的都必须用Shermo算,哪怕是那些能查到实验值的分子也是如此,这样才能误差抵消
所以一定要搞清楚基本的逻辑关系再问问题,你的问题跟是否是天然物质毫无关系


Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-9-13 15:03:50 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-13 03:51
嗯,谢谢sob老师,请问老师在校正因子汇总表格中,有的方法是相同,但是数据不同(它们的source不同),选 ...

你指的是Gaussian里没有,还是GaussView里没有?这是两个概念。
GaussView界面里只允许你选择Gaussian支持的一部分关键字,有的关键字Gaussian支持但GaussView界面里没有,要输入的话必须用文本编辑器打开输入文件然后写进去,或者在GaussView界面底下additional keywords那里写。至于Gaussian都支持哪些关键词,应该查阅Gaussian说明书或者Gaussian官网
Zikuan Wang
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