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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-9-13 15:45:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-11 02:23
对于DFT算(超)极化率,本来CPKS就是最严格的,显然如果没有特殊原因就没必要用其它的
用FF(直接用关 ...

好的,感谢卢老师

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发表于 Post on 2021-9-13 18:28:05 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算出现Severe Error Message # 2070

%chk=C:\Users\dell\Desktop\Thiophene2.chk
# opt bvp86/def2tzvp geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                  0.00285428    1.24028335   -0.00008287
C                  1.27283780    0.71210678    0.00004351
C                  1.27283570   -0.71210739    0.00001705
C                  0.00285343   -1.24028312   -0.00006763
S                 -1.19149564    0.00000030    0.00004174
H                 -0.29553173    2.28416259   -0.00013666
H                  2.17335368    1.32392023    0.00008157
H                  2.17335087   -1.32392224    0.00003909
H                 -0.29552985   -2.28416302   -0.00011218

1 2 2.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.5 7 1.0
3 4 2.0 8 1.0
4 5 1.0 9 1.0
5
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9

--link1--
%chk=C:\Users\dell\Desktop\Thiophene1.chk
# opt bvp86/def2tzvp geom=checkpoint SCRF=(CPCM,Read) SCF=(tight,novaracc)

bvp86/def2tzvp CPCM OPTIMIZATION WITH COSMO-RADII

0 1

RADII=KLAMT

--link1--
%chk=C:\Users\dell\Desktop\Thiophene1.chk
# opt bvp86/def2tzvp geom=checkpoint SCRF=COSMORS SCF=(tight,novaracc) guess=read

bvp86/def2tzvp COSMO SINGLE POINT

0 1

C:\Users\dell\Desktop\Thiophene2.cosmo



想试着生成一个cosmo文件练练,结果计算出现Severe Error Message # 2070 报错了   查看是因为Blank file name read.Error termination via Lnk1e in E:\g09C01window\G09W\l502.exe at Mon Sep 13 18:16:28 2021.

找了几次原因都没解决 各位老师帮帮忙

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 03:15:12 | 只看该作者 Only view this author
zhangyu 发表于 2021-9-13 18:28
%chk=C:%users\dell\Desktop\Thiophene2.chk
# opt bvp86/def2tzvp geom=connectivity

Gaussian用熟之前不要用多步任务,也甭read
一个一个任务单独做,具体哪个任务有问题把相应输入输出文件上传
别写=(tight,novaracc)这种多余关键词
bvp86对于有机体系是很差的选择

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-14 03:18:03 | 只看该作者 Only view this author
tiaotiao 发表于 2021-9-13 10:51
嗯,谢谢sob老师,请问老师在校正因子汇总表格中,有的方法是相同,但是数据不同(它们的source不同),选 ...

取哪个source的都行

Q:为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文件?
A:这个界面纯粹是给外行人用的,非常弱,设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选,非常常用的def2系列基组在里面也没法用,用混合基组也很麻烦,Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面,至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写,是所有量子化学程序里最简单的,用这个界面创建输入文件完全多此一举,远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的,总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。内行Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构,之后保存成gjf文件,自己用文本编辑器打开并手写关键词,然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就是用QST2、QST3方法找过渡态的情况,由于这类任务的输入文件格式比较麻烦,所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。
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发表于 Post on 2021-9-14 09:20:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 03:15
Gaussian用熟之前不要用多步任务,也甭read
一个一个任务单独做,具体哪个任务有问题把相应输入输出文件 ...

谢谢老师 问题已经找到并解决了

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发表于 Post on 2021-9-14 14:56:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-13 15:03
你指的是Gaussian里没有,还是GaussView里没有?这是两个概念。
GaussView界面里只允许你选择Gaussian支 ...

明白了,感谢老师

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发表于 Post on 2021-9-14 14:58:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-14 03:18
取哪个source的都行

Q:为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-9-14 19:00:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wy标点人生 于 2021-9-14 19:04 编辑

老师,这种图是用什么软件作出来的呢?

截图20210914185830.png (45.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

截图20210914185830.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 01:34:29 | 只看该作者 Only view this author
wy标点人生 发表于 2021-9-14 19:00
老师,这种图是用什么软件作出来的呢?

多了去了,比如很常用的VMD就能得到严格相同的效果
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发表于 Post on 2021-9-15 11:07:18 | 只看该作者 Only view this author

gaussian 计算出现Blank file name read.报错

不好意思各位老师 我又来打扰了  上次出现Blank file name read.的时候我当时解决了这个报错的问题 现在我用同样的方法做另一个物质的计算时又出现了跟上次同样的问题,并且这次没问题所在解决不了了  我把计算产生的文件上传了 Dibenzothiophene1.out就是出问题的输出文件 希望老师们能帮我检查一下
Dibenzothiophene1.gjf (2.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

Dibenzothiophene1.out (232.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)



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发表于 Post on 2021-9-15 13:08:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-15 01:34
多了去了,比如很常用的VMD就能得到严格相同的效果

好的,谢谢老师,我试试!
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发表于 Post on 2021-9-15 14:36:42 | 只看该作者 Only view this author

过度态搜索问题

下面的反应我通过opt=TS,QST2以及柔性扫描都找不出过渡态,不知道该反应是不是错的或者这个反应就没有过渡态,求助各位老师

202109151436332832..png (21.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202109151436332832..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 15:21:47 | 只看该作者 Only view this author
cosmo路径前面多空一行或少空一行再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 15:29:46 | 只看该作者 Only view this author
15735718156 发表于 2021-9-15 14:36
下面的反应我通过opt=TS,QST2以及柔性扫描都找不出过渡态,不知道该反应是不是错的或者这个反应就没有过渡 ...

柔性扫描本来就不是找过渡态用的,只是判断是否有可能有过渡态、寻找一个基本合适的初猜

把柔性扫描的输入输出文件压缩后上传,否则别人没法判断你是否犯了低级错误
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发表于 Post on 2021-9-15 15:42:34 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 有一个关于量化计算写作规范性的问题想和您请教一下 我最近在写毕业论文 课题属于干湿实验相结合的课题 在量化计算部分 比如涉及到分子的构象搜索 我有必要把除了主要出现构象的其他构象的分子坐标以及对应结构的热力学数据加入论文附表吗 不加感觉可信度不高 因为之后的很多计算都是基于这个稳定构象做的 加了又有点担心在送盲审时被评审专家认为是凑数据的行为
还有一部分数据 包括CDFT的相关数据 蛋白口袋簇模型的过渡态搜索的坐标数据 在进行GMX与Plumed联用时的plumed.dat之类的输入文件 这些我也不太清楚是否需要加入论文附表 想听一下您的建议 谢谢

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