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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2021-9-15 16:05:34 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-9-15 08:42
社长您好 有一个关于量化计算写作规范性的问题想和您请教一下 我最近在写毕业论文 课题属于干湿实验相结合 ...

不知道你们学校的惯例是怎么样的,但是我们当初不太鼓励放分子坐标,比如我就完全没放,跟我同组的一个人放了十几页的比较重要的分子的坐标,但是我们普遍吐槽觉得是在凑页数。不过话说回来,盲审和答辩的时候也没有老师提出这样不妥
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-9-15 16:06:52 | 只看该作者 Only view this author
15735718156 发表于 2021-9-15 07:36
下面的反应我通过opt=TS,QST2以及柔性扫描都找不出过渡态,不知道该反应是不是错的或者这个反应就没有过渡 ...

有可能,这个反应热力学上很不利,且本征势垒低,有可能是无垒的吸热反应
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-9-15 16:57:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-15 16:05
不知道你们学校的惯例是怎么样的,但是我们当初不太鼓励放分子坐标,比如我就完全没放,跟我同组的一个人 ...

谢谢 我觉得你说的很对 放很多附表我心里也觉得不合适 我们学校没有具体的要求 我查了和我做的类似的论文也很少有放很多坐标文件的 本身论文的页数和字数和大部分国内同领域论文的字数差不多 也没什么凑字数的必要 不怕笑话 我只是想讨好一下审稿专家 因为论文本身的工作量和创新点基本都定死了 尽量想把论文的规范性和严谨性做好 但又担心专家反感这种行为 所以就想问问这个领域的大牛是怎么看待这个事的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-16 06:51:38 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2021-9-15 16:57
谢谢 我觉得你说的很对 放很多附表我心里也觉得不合适 我们学校没有具体的要求 我查了和我做的类似的论文 ...

没必要放。审阅你论文的人看到那些坐标,不会因此对你的论文印象有什么加分之处,更大概率是觉得凑页数。
之前买到的一些国内的量子化学书里经常看到好多页都是原始数据,给我第一印象要么是作者和出版社忽视了读者感受,要么就纯粹是凑页数骗钱,这些数据完全没实际意义。要给完整坐标那也应该是只给很小分子的坐标,或者一些大体系的关键性的坐标。
也可以考虑把原始数据放到比如figshare之类的学术数据的在线分享平台,在论文里给出链接,这便足矣。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-16 08:49:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-15 15:21
cosmo路径前面多空一行或少空一行再试

老师您好  昨天cosmo的问题 您的意见我试了一下 cosmo路径前面多空一行也会出现blank file name read报错,cosmo路径前面少空一行如下
--link1--
%chk=C:\Users\dell\Desktop\1.chk
# opt bvp86/def2tzvp/dga1 geom=checkpoint SCRF=COSMORS SCF=(tight,novaracc) guess=read

bvp86/def2tzvp/dga1 COSMO SINGLE POINT

0 1
C:\Users\dell\Desktop\1.cosmo
则会出现Z-Matrix unexpectedly found in input stream.
请问老师这种情况该怎么改进

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-16 09:03:55 | 只看该作者 Only view this author
zhangyu 发表于 2021-9-16 08:49
老师您好  昨天cosmo的问题 您的意见我试了一下 cosmo路径前面多空一行也会出现blank file name read报错 ...

把坐标完整写进去,直到cosmo文件成功输出之前不要读chk
非要读chk只会把问题搞复杂

另外,甭诸如bvp86/def2tzvp/dga1这么写。DGA1根本就不是专门给def2系列搞的辅助基组,搞清楚原理前别随便效仿别人的写法,很多都是严重错误的,以讹传讹。明明Gaussian里有def2专用的辅助基组。

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发表于 Post on 2021-9-16 12:39:30 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,计算气相中氯化铀酰和卤代苯甲酸(X= F, Cl, Br)配合物阴离子的裂解反应势能面时,算X=F和Cl时的极小点和过渡态很正常,但是在算X=Br时极难收敛,经常报l502或l9999(能量不震荡且在最后几乎一条直线上,优化了上百步,但一直无法满足收敛标准),对U用的是SDD,其他原子都是6-311++G**,昨天看BSE发现6-311++G**不支持Br,所以有些好奇计算含Br体系时的问题是否是这个原因导致的,如果不是那可能是什么原因呢?

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发表于 Post on 2021-9-16 13:43:12 | 只看该作者 Only view this author

仍然是Blank file name read.问题

仍然是Blank file name read.问题 求老师帮助
为了排查生成.cosmo文件报错“Blank file name read.”的问题,我现在单独做了一个.gjf的文件,运行之后虽然能生成.cosmo文件但是仍然会报错Blank file name read.
求助老师们帮我看看是什么原因
3.gjf (1.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 3.out (90.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




0XQMV8FM[6X50$[}[{8VU0E.png (24.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

0XQMV8FM[6X50$[}[{8VU0E.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-16 14:37:33 | 只看该作者 Only view this author
zhangyu 发表于 2021-9-16 13:43
仍然是Blank file name read.问题 求老师帮助
为了排查生成.cosmo文件报错“Blank file name read.”的问 ...

scrf=COSMORS别跟opt一起用
先优化,做单点的时候再加scrf=COSMORS
这应当算是Gaussian的bug
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发表于 Post on 2021-9-16 16:11:18 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,基态为开壳层时,如果跑垂直激发,如何设置自旋多重度呢,比如基态为(0,2)或者(0,3)

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发表于 Post on 2021-9-16 20:36:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-9-16 13:37 编辑
din5g 发表于 2021-9-16 09:11
各位老师,基态为开壳层时,如果跑垂直激发,如何设置自旋多重度呢,比如基态为(0,2)或者(0,3)

激发态计算的自旋多重度永远和基态一致,因为即使是激发态计算,输入文件里指定的自旋多重度也是指定的基态多重度,而不是你要算的那个激发态的自旋多重度
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-9-16 21:10:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-16 20:36
激发态计算的自旋多重度永远和基态一致,因为即使是激发态计算,输入文件里指定的自旋多重度也是指定的基 ...

好的,多谢wzkchem5老师

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发表于 Post on 2021-9-16 21:14:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,如果想知道光催化里催化剂的空穴的产生位置,可以 1,给催化剂加个正电荷然后看自旋密度,还是2,进行激发态计算看空穴产生的位置?这两种方法可以吗

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发表于 Post on 2021-9-16 21:36:09 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2021-9-16 14:14
各位老师,如果想知道光催化里催化剂的空穴的产生位置,可以 1,给催化剂加个正电荷然后看自旋密度,还是2 ...

如果已知空穴和电子会完全分离,1比较合适;如果已知空穴和电子不会完全分离,而是形成长寿命的激子,那么2合适
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-9-16 23:18:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-16 21:36
如果已知空穴和电子会完全分离,1比较合适;如果已知空穴和电子不会完全分离,而是形成长寿命的激子,那 ...

多谢wzkchem5老师

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