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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-17 05:48:54 | 只看该作者 Only view this author
AndrewX 发表于 2021-9-16 12:39
请教各位老师,计算气相中氯化铀酰和卤代苯甲酸(X= F, Cl, Br)配合物阴离子的裂解反应势能面时,算X=F和C ...

上传压缩后的输入输出文件,否则没法准确判断
6-311G系列基组原本Pople只定义了前两周期,对Gaussian里它能算其它元素是Gaussian开发者把其它基组冠以了相同名字使之支持更多元素,手册里基组部分都有说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-17 16:22:20 | 只看该作者 Only view this author
15735718156 发表于 2021-9-15 14:36
下面的反应我通过opt=TS,QST2以及柔性扫描都找不出过渡态,不知道该反应是不是错的或者这个反应就没有过渡 ...

老师,我的附件已经上传

scan.zip

313.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2021-9-18 18:01:28 | 只看该作者 Only view this author

新手求助gausiian计算频率顺利完成没报错,但是最终vibration处呈现灰色无法成拉...

各位老师,我在用gaussian计算一个复合结构的拉曼光谱时,计算貌似没有报错,顺利结束。但是在gv里面分析生成谱的时候,vibration选项是灰色选不了,不知道是什么情况,求教。输出文件中最后部分是:No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants. Leave Link  601 at Fri Sep 17 15:32:55 2021, MaxMem=  1073741824
cpu:               7.3 elap:               1.0
(Enter /txk/g16/l9999.exe)



     (ROBERT BURNS 'THE TWA DOGS')
Job cpu time:       8 days  4 hours 18 minutes 48.9 seconds.
Elapsed time:       1 days  0 hours 33 minutes 32.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1004 Int=      0 D2E=      0 Chk=    105 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 16 at Fri Sep 17 15:32:55 2021.


这是我的输入文件和输出文件。


mvr.zip

422.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

输出文件

mvr.gjf

3.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

输入文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-19 05:25:35 | 只看该作者 Only view this author
CohenTang 发表于 2021-9-18 18:01
各位老师,我在用gaussian计算一个复合结构的拉曼光谱时,计算貌似没有报错,顺利结束。但是在gv里面分析生 ...

你都没用赝势写什么pseudo=read你传的输出文件根本就不是这个输入文件直接对应的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-19 05:35:36 | 只看该作者 Only view this author
15735718156 发表于 2021-9-17 16:22
老师,我的附件已经上传

柔性扫描第一步就没成功,看上去是震荡导致的没收敛
把opt里加上loose、recalc=5再试
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发表于 Post on 2021-9-20 15:51:30 | 只看该作者 Only view this author

安装报错

安装gaussian后,g16这个命令根本没有,已经改了bashrc,(按理说关键词都是彩色的,但是这里是灰色的),想对bash进行source (网上教的办法),但是无论source哪个,都说是在提示我,gau-machine找不到,查了很多类似的解决方案,但都是没有实际用处,恳请各位老师赐教!

1.png (40.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

1.png

2.png (72.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2.png

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发表于 Post on 2021-9-20 17:41:30 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/439

如果出错,那么一定是因为你没有严格按照步骤操作
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-20 17:44:06 | 只看该作者 Only view this author
黑色桃花 发表于 2021-9-20 15:51
安装gaussian后,g16这个命令根本没有,已经改了bashrc,(按理说关键词都是彩色的,但是这里是灰色的),想 ...

严格照着操作
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

别说什么网上教的办法,网上很多地方教的都是错的
明显你的g16root设的都不对
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发表于 Post on 2021-9-21 09:01:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-19 05:35
柔性扫描第一步就没成功,看上去是震荡导致的没收敛
把opt里加上loose、recalc=5再试

老师您好,我按照您的建议又做了一次扫描,出现了如下报错,输入输出再附件里面,现在不知道怎么解决
SLEqS3 Cycle:   601 Max:0.492343E-01 RMS:0.113305E-01 Conv:0.137198E-06
SLEqS3 Cycle:   601 Max:0.492343E-01 RMS:0.113305E-01 Conv:0.137198E-06
Iteration  1 RMS(Cart)=  0.00125628 RMS(Int)=  0.28868088
New curvilinear step failed, DQL= 1.20D+00 SP=-9.95D-01.
RedCar failed.

scan.zip

137.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-21 10:27:38 | 只看该作者 Only view this author
15735718156 发表于 2021-9-21 09:01
老师您好,我按照您的建议又做了一次扫描,出现了如下报错,输入输出再附件里面,现在不知道怎么解决
SL ...

把扫描步长减小到原先一半再试
还不行就尝试改成O-H键伸长的扫描
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发表于 Post on 2021-9-21 21:43:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-19 05:25
你都没用赝势写什么pseudo=read你传的输出文件根本就不是这个输入文件直接对应的

sob老师,中秋快乐!pseudo=read确实应该不需要,是我疏忽了。但是我仔细看了下,这个输出文件确实是该输入文件的输出文件,只是之前计算的时候中途断电关机了,恢复后我又续算了,不知道该续算过程有没有啥问题。此外这个体系我算了两遍都是同样的这样的结果,真心不知道哪里出了问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-22 07:05:26 | 只看该作者 Only view this author
CohenTang 发表于 2021-9-21 21:43
sob老师,中秋快乐!pseudo=read确实应该不需要,是我疏忽了。但是我仔细看了下,这个输出文件确实是该输 ...

续算的输入文件和原先的输入文件根本就不同
上传文件的时候必须用原始的输入文件和直接对应的输出文件,否则只会扰乱他人对信息的准确判断,不要在求助时引入诸如“续算”这种其它因素
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发表于 Post on 2021-9-22 09:57:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2021-9-22 10:50 编辑

谢谢各位老师,我在整理一下思路再来提问

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发表于 Post on 2021-9-22 10:13:13 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-22 09:57
各位老师好,本人为计算溶剂和溶质相互作用,对几种分子体系构型进行了尝试设置,使用M062X/6-311G进行结构 ...

(模仿Sob语气)
6-311G这种基组基本就是扯淡,缺乏最基本的常识
http://sobereva.com/336
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-9-22 11:19:33 | 只看该作者 Only view this author
sob,最近就一个问题我和导师产生了分歧。对于这个反应,黑色是DFT能量,红色是吉布斯自由能,我说复合物A-B的自由能比反应物高,可以认为不存在复合物作为双分子反应计算,但是,我导认为既然复合物是一个极小值点,那么反应物到复合物过程中一定存在一个能垒,如果这个能垒大于复合物翻越过渡态的能垒,那这一步将会是整个反应的决速步骤,他一定要我找到这个过渡态,比较一个两个能垒的高度。但是我认为反应物到A-B的过程既没有旧键断裂,也没有新键生成,这个过程是没能垒的。也许有自由能垒,但是对于反应基本是没有影响的。

微信图片_20210922111305.jpg (56 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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