简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

liustone · 发表于 Post on 2021-9-22 14:13:25

各位老师好，本人研究胺-硫醇相互作用体系，最多三十个原子，前期对体系不同构型使用M062X/6-311+g(d）泛函/基组进行了结构优化和振动分析，比较单点能找到了能量最低的构型，请问下一步用6-311+g(d)的结果进行相互作用分析够用吗？还是需要提升基组为6-311++g**或者def2-TZVP？是否提升结果相差会很大嘛？

CohenTang · 发表于 Post on 2021-9-22 14:27:00

sobereva 发表于 2021-9-22 07:05
续算的输入文件和原先的输入文件根本就不同
上传文件的时候必须用原始的输入文件和直接对应的输出文件， ...

好的，sob老师，谢谢提醒

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2021-9-22 15:30:26

请问一下高斯计算出来的结构，用什么软件绘图比较好看？感觉GaussView做出来不好看

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 15:34:26

huyongxin 发表于 2021-9-22 04:19
sob，最近就一个问题我和导师产生了分歧。对于这个反应，黑色是DFT能量，红色是吉布斯自由能，我说复合物A- ...

你导师是对的，自由能上坡的非共价复合反应，不保证无能垒。举个例子：如果A和B各带一个正电荷，但是两者的复合物足够强，可以克服静电斥力，那么当A和B足够近时，两者是吸引的，但当两者足够远时是排斥的，所以必然存在一个能垒。
建议先做一个柔性扫描，看看A+B -> A-B到底是不是无垒过程。“既没有旧键断裂，也没有新键生成”不能严格保证无能垒。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 15:39:00

mfdsrax2 发表于 2021-9-22 08:30
请问一下高斯计算出来的结构，用什么软件绘图比较好看？感觉GaussView做出来不好看

这种问题太主观了，你至少得各给一个你觉得好看的例子和你觉得不好看的例子，我们才能知道你的审美，进而针对你的审美推荐软件

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 15:43:06

liustone 发表于 2021-9-22 07:13
各位老师好，本人研究胺-硫醇相互作用体系，最多三十个原子，前期对体系不同构型使用M062X/6-311+g(d）泛函 ...

如果涉及氢键，建议优化时再给氢加上p极化函数。
对于波函数分析，6-311+G(d,p)够了

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2021-9-22 16:04:16

比如说这些图片是用什么软件做出来的，或者有哪些常用的软件推荐

liustone · 发表于 Post on 2021-9-22 16:06:52

wzkchem5 发表于 2021-9-22 15:43
如果涉及氢键，建议优化时再给氢加上p极化函数。
对于波函数分析，6-311+G(d,p)够了

好的，感谢，请问我继续在我第一步比选出来的能量最低的构型的基础下更改6-311+g(d,p)基组计算新的文件就可以是吧。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 16:12:10

liustone 发表于 2021-9-22 09:06
好的，感谢，请问我继续在我第一步比选出来的能量最低的构型的基础下更改6-311+g(d,p)基组计算新的文件就 ...

严格来说最好重新比一遍，尤其假如计算耗时不多的话。不然文章没法写，你要是写你用6-311+G(d)挑的最稳定构型，后面改用6-311+G(d,p)，肯定会被质疑

liustone · 发表于 Post on 2021-9-22 16:28:02

wzkchem5 发表于 2021-9-22 16:12
严格来说最好重新比一遍，尤其假如计算耗时不多的话。不然文章没法写，你要是写你用6-311+G(d)挑的最稳定 ...

好的，感谢。时间说长不长，再来两个周。

VincenzoChen · 发表于 Post on 2021-9-22 17:02:47

wzkchem5 发表于 2021-6-29 21:24
这说明COO- NH3+的能量太高，以至于不能稳定存在，质子会自发转移回去。这和氢键的本质是什么没有关系。 ...

老师我也遇到了类似的情况，我在优化结构的时候发现带氮上面的质子转移到了旁边的羧基上，这种情况下我是需要限制键长重新优化吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 19:18:42

VincenzoChen 发表于 2021-9-22 10:02
老师我也遇到了类似的情况，我在优化结构的时候发现带氮上面的质子转移到了旁边的羧基上，这种情况下我是 ...

这取决于你要研究的是真实情况，还是质子没有转移的假想情况。
如果你要研究的就是真实情况，而计算表明质子不转移的状态不存在，那就老老实实在文章里写，计算表明质子不转移的状态不存在。
如果你要研究的是假想情况，比如“假如质子不转移，那么这个氢键的强度会是多少”，那可以限制键长

Yin · 发表于 Post on 2021-9-22 19:47:20

Sob老师好，我看到molpro例子中计算HCHO的例子，其中OCC设置为OCC；7，2，3。说明书中说7，2，3对应C2v对称性中的a1, b1, b2，我不懂的地方是为什么分别是7，2，3个占据轨道数呢，应该怎么理解？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-9-22 20:42:25

Yin 发表于 2021-9-22 12:47
Sob老师好，我看到molpro例子中计算HCHO的例子，其中OCC设置为OCC；7，2，3。说明书中说7，2，3对应C2v对称 ...

把上下文都说全，“molpro例子中计算HCHO的例子”，例子原文在哪？算的是中性、单重态的HCHO的基态吗？HF计算还是CASSCF计算？如果是CAS计算，选的多大的活性空间？
就算sob老师知道你的上下文，你也应该把上下文都说全，让别人也能知道你说的是什么。

huyongxin · 发表于 Post on 2021-9-22 21:06:42

wzkchem5 发表于 2021-9-22 15:34
你导师是对的，自由能上坡的非共价复合反应，不保证无能垒。举个例子：如果A和B各带一个正电荷，但是两者 ...

好的，看来我还是不够严谨的，感谢大佬。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

浏览过的版块