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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-23 05:49:30 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-22 16:04
比如说这些图片是用什么软件做出来的,或者有哪些常用的软件推荐

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
http://sobereva.com/453http://bbs.keinsci.com/thread-11760-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-23 05:56:08 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-22 14:13
各位老师好,本人研究胺-硫醇相互作用体系,最多三十个原子,前期对体系不同构型使用M062X/6-311+g(d)泛函 ...

说清楚“相互作用分析”具体指什么

如果是能量相减方式算相互作用能,才区区30个原子,普通泛函,没理由不用更大的基组。诸如ma-def2-TZVP结合counterpoise

如果是诸如Multiwfn做IRI分析,当前基组足矣
如果是诸如Multiwfn做CDA分析,应当去掉弥散

def2-TZVP跟6-311+G*根本没有可比性,前者都没有弥散。相对于6-311+G*提升档次那也是诸如6-311+G(2d,p)或ma-def2-TZVP

别试图给氢加弥散
谈谈弥散函数和“月份”基组
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发表于 Post on 2021-9-23 08:32:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-23 05:56
说清楚“相互作用分析”具体指什么

如果是能量相减方式算相互作用能,才区区30个原子,普通泛函,没理 ...

好的,谢谢sob老师,我的主要目的是做RDG分析展示相互作用类型,之前看文献使用的6-311+g(d),我使用了同样的基组,看帖子您最近推荐使用IRI,我会学习使用IRI进行相互作用展示,可是目前经验上使用IRI的文献还没有RDG多,在需要说明的地方我该如何引用文献说明?

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发表于 Post on 2021-9-23 09:29:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-22 20:42
把上下文都说全,“molpro例子中计算HCHO的例子”,例子原文在哪?算的是中性、单重态的HCHO的基态吗?HF ...


抱歉老师,没有说清楚。我是在molpro官网的手册收看到的,这个例子是cas计算中的,算的是中性、单重态的HCHO的基态。我不理解的地方就是为什么这里occ会设置成7,2,3,应该如何理解这3个数字?

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发表于 Post on 2021-9-23 10:08:10 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,针对CH3这种开壳层体系的解离过程应该如何选取活性空间?

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发表于 Post on 2021-9-23 15:19:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Marc0 于 2021-9-23 15:21 编辑

请教老师一个简单问题:使用gauss view直接画共轭稠环分子,如苯并噻吩,化学键的规范画法是怎样的?谢谢。
a. 像苯环那样,每一个键(不论碳碳键,碳硫键)都画成一个实线一个虚线那样的共轭形式
b. 整个分子按照单双键交替的形式去画
c. ab都不对
这个问题困扰我有段时间了,身边很多人也说不清楚,而谷歌了一圈也确实没有找到有效的答案(可能我搜索的姿势不对)。

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发表于 Post on 2021-9-23 15:35:13 | 只看该作者 Only view this author
本人量化新手小白,想请教老师一个关于用gaussian找过渡态的问题。
对于有机物的单电子的转移的反应(R -> R•+ + e-)的过渡态应该怎样去找?由于这类反应中不涉及到断键,也不涉及到其他反应物或者自由基的攻击,只涉及到电子的转移,所以我不太清楚应该怎样去找这类反应的过渡态。希望老师百忙之中可以抽空帮忙指导一下。谢谢!


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发表于 Post on 2021-9-23 15:54:08 | 只看该作者 Only view this author
美泽虎 发表于 2021-9-23 08:35
本人量化新手小白,想请教老师一个关于用gaussian找过渡态的问题。
对于有机物的单电子的转移的反应(R -> ...

这种反应应该用Marcus理论计算,一般不能用过渡态理论计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-9-23 16:21:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-23 15:54
这种反应应该用Marcus理论计算,一般不能用过渡态理论计算

好的好的,多谢解答!

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发表于 Post on 2021-9-24 05:22:21 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算Modeling Antiferromagnetic


各位大神好,高斯官方网站介绍怎么算Antiferromagnetic的时候,说是先算ferromagnetic,然后用 the resulting wavefunction as the initial guess for the antiferromagnetic singlet. 但是在做Job5的时候,用了guess=(fragment=4,only),这里完全没有用之前的结果啊?麻烦用过的指点一二。谢谢
https://gaussian.com/afc/

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-24 07:24:10 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2021-9-23 08:32
好的,谢谢sob老师,我的主要目的是做RDG分析展示相互作用类型,之前看文献使用的6-311+g(d),我使用了同 ...

没什么可说明的
直接用IRI,引IRI原文就完了
如果审稿人对相关部分有疑问,你不会回答,到时候可以在论坛里再问我
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Marc0 发表于 2021-9-23 15:19
请教老师一个简单问题:使用gauss view直接画共轭稠环分子,如苯并噻吩,化学键的规范画法是怎样的?谢谢。 ...

没那么严格,都可以
a能更充分体现电子离域路径,b符合经典Lewis结构。这就像苯画成单双键交替,还是中间画一个圆圈表示共轭,这都无所谓,没什么可较真的。
只有遇到特殊情况,比如做一些理论层面讨论,想通过结构图明确体现离域路径,那么a是适合的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-24 07:28:23 | 只看该作者 Only view this author
joeson 发表于 2021-9-23 10:08
请问老师,针对CH3这种开壳层体系的解离过程应该如何选取活性空间?

体系这么小,直接把价层轨道都纳入活性空间就完了
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cinnabar0321 发表于 2021-9-24 05:22
各位大神好,高斯官方网站介绍怎么算Antiferromagnetic的时候,说是先算ferromagnetic,然后用 the resul ...

别看那个,看这个
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
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发表于 Post on 2021-9-24 15:37:21 | 只看该作者 Only view this author
大家好,Gview中的这个设置应该对光谱数据没啥影响吧,只是影响光谱图的观感,自己设置个数只要光谱图看起来好看点就行吧

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