计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13801#
发表于 Post on 2021-9-24 15:49:28 | 只看该作者 Only view this author
wangy0822 发表于 2021-9-24 08:37
大家好,Gview中的这个设置应该对光谱数据没啥影响吧,只是影响光谱图的观感,自己设置个数只要光谱图看起 ...

对,同一篇文章里的每张图尽量设成同一个数,如果必须设成不同的数,建议把每张图的峰宽都给出来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

117

帖子

0

威望

422

eV
积分
539

Level 4 (黑子)

13802#
发表于 Post on 2021-9-24 15:58:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-9-24 15:49
对,同一篇文章里的每张图尽量设成同一个数,如果必须设成不同的数,建议把每张图的峰宽都给出来

感谢您的解答

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

13803#
发表于 Post on 2021-9-24 17:20:36 | 只看该作者 Only view this author
我有一个  A+B --> C  的反应,想用QST2找过渡态,原料的结构应该怎么画,把A和B画在一起吗?

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13804#
发表于 Post on 2021-9-24 17:42:33 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-24 10:20
我有一个  A+B --> C  的反应,想用QST2找过渡态,原料的结构应该怎么画,把A和B画在一起吗?

根据化学常识,把A和B以合适的角度和距离放在一起,让彼此反应的原子互相朝着对方,但是不能放太近,A的任何一个原子和B的任何一个原子之间的距离都不能小于范德华半径之和
不过强烈不建议做QST2,一般建议用opt=ts,最次也得用QST3。QST2只有当你对过渡态结构一无所知时才可以用,但是如果你对过渡态结构一无所知,首先要做的显然是查文献,看类似反应的过渡态长什么样,而你一旦查到文献,知道过渡态的大致样子,就可以用QST3或者opt=ts了,比QST2收敛快得多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

13805#
发表于 Post on 2021-9-24 18:36:30 | 只看该作者 Only view this author
我查了一下表,C是172,N是150,我想A和B通过C-N键连接,那么它们的距离不能小于3.22?

202109241834344788..png (245.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

202109241834344788..png

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13806#
发表于 Post on 2021-9-24 20:12:09 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-24 11:36
我查了一下表,C是172,N是150,我想A和B通过C-N键连接,那么它们的距离不能小于3.22?

对,如果放得太近,有可能会错过过渡态(也就是过渡态的键长比你摆的还长)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

13807#
发表于 Post on 2021-9-24 20:38:14 | 只看该作者 Only view this author
再请问一个问题,反应机理里面,产物的能量一定是最低的吗

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13808#
发表于 Post on 2021-9-24 20:45:06 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-24 13:38
再请问一个问题,反应机理里面,产物的能量一定是最低的吗

不一定。
建议看一下这篇文章 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

13809#
发表于 Post on 2021-9-24 23:20:26 | 只看该作者 Only view this author

求助:为什么高斯做结构优化一直没有优化起来?

我用高斯计算一个苯胺寡聚物和三价铁离子的复合物做结构优化,可是总是中途报错,而且也没有出现结构优化的过程,请问这个什么原因呢?输入输出文件在附件里,麻烦老师们帮我看看,谢谢!

输入输出文件.rar

31.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 33

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13810#
发表于 Post on 2021-9-25 03:36:25 | 只看该作者 Only view this author
Convergence criterion not met.
这么大字看不见吗?
结构不合理(没有做显式溶剂化),导致SCF不收敛。先给铁做显式溶剂化,再算。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13811#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 07:36:37 | 只看该作者 Only view this author
wangy0822 发表于 2021-9-24 15:37
大家好,Gview中的这个设置应该对光谱数据没啥影响吧,只是影响光谱图的观感,自己设置个数只要光谱图看起 ...

看此文关于FWHM的说明
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13812#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 07:37:22 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-24 17:20
我有一个  A+B --> C  的反应,想用QST2找过渡态,原料的结构应该怎么画,把A和B画在一起吗?

把此文看了,别优先考虑QST2
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

13813#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-25 07:44:09 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-9-24 23:20
我用高斯计算一个苯胺寡聚物和三价铁离子的复合物做结构优化,可是总是中途报错,而且也没有出现结构优化的 ...

这种老生常谈问题把报错提示放论坛首页google框搜,搜不到再问

仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

410

帖子

0

威望

2519

eV
积分
2929

Level 5 (御坂)

13814#
发表于 Post on 2021-9-25 08:32:44 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-24 17:20
我有一个  A+B --> C  的反应,想用QST2找过渡态,原料的结构应该怎么画,把A和B画在一起吗?

还是这个反应,A和B分别是阴离子和阳离子,找了很久过渡态都没有找到,这种会不会不存在过渡态

1万

帖子

0

威望

9895

eV
积分
22145

Level 6 (一方通行)

13815#
发表于 Post on 2021-9-25 16:29:07 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2021-9-25 01:32
还是这个反应,A和B分别是阴离子和阳离子,找了很久过渡态都没有找到,这种会不会不存在过渡态

按我说的方法摆反应物,做结构优化(步长设得比默认的小一些),如果自动优化到了产物,那可以认为没有过渡态。
如果没有自动优化到产物,那么过渡态必然存在,还需要接着找
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 19:58 , Processed in 0.367639 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list